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Ubuntu 12.04 LTS (64bit)

   ここでは、Ubuntu 12.04 LTS amd64 (64 bit版)をインストールし、第一原理計算コードをセットアップするまでを解説する。
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■ 2016年1月追記
最新のPCで Ubuntu12.04.5 LST を使用したい場合
0. ifconfig
 lo しかなく、eth0の記述がないと思う。NIC(Network Interface Card)を認識していないことを示す。
1. lspci | grep ‘Ethernet\|Network’
 Intel Corporation Device 15b8 と表示されたのでIntelからドライバをインストールする。
2. ネットで"Intel Corporation Device 15b8"を検索すると"Ethernet Connection (2) I219-V"が出てくるので、これで再度検索する。
3. "Intel® Ethernet Connection I218-V - ドライバーおよびソフトウェア" > *PCI-E ギガビット・ネットワーク・コネクション (Linux*) 用ネットワーク・アダプター・ドライバー
4. e1000e-3.3.3.tar をダウンロードして、USBなどに入れる
5. Ubuntuに e1000e-3.3.3.tar を入れる
6. tar e1000e-3.3.3.tar
7. cd e1000e-3.3.3/src
8. sudo make install
9. sudo modprobe -r e1000e
10. sudo modprobe e1000e
11. lsmod | grep e1000e
e1000e xxxxxxx 0 などと表示されればドライバーがダウンロードされている。
参考:http://rainbowdevil.jp/?p=1164
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■ PC
(※ Gigabitタイプ以上のネットワークカードが付けられると良い。オンボードでもGigabitになっていることもあるので、10 Gigabit以上でなければ特にネットワークカードを購入することもない場合もある)
(※ http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html , http://www.wien2k.at/reg_user/benchmark/で調査してみると良い)

DOSPARA Monarch 64GB
0. モニタ:none
1. OS: none
2. CPU: Intel Core i7-3820
3. CPUファン: 静音まんぞくコース
4. グリス:ダイヤモンドグリス
5. メモリ: DDR3 PC3-12800 8GB × 8枚
6. グラフィック: NVIDIA GeForce GT620 1GB
7. ハードディスク: 500 GB HDD
8. パーティション分割: none
9. 追加ハードディスク: none
10. 光学ドライブ: DVDスーパーマルチ
11. マザーボード:インテルX79 Express チップセットATXマザーボード
12. ブロードバンドポート:INTEL製LAN EXPI9301CT(これは必要ないかもしれない)
13. カードリーダー:none
14. Silverstone ST-ST75F-P (750W 静音電源 80PLUS SILVER)
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■ PC
DOSPARA Slim Magnate GE Windows 7 model : 99,900 (tax 4,757) yen
0. モニタ:none
1. OS: none
2. CPU: Intel Core i7-4770S
3. CPUファン: 静音まんぞくコース
4. グリス:ダイヤモンドグリス, OC7
5. メモリ: DDR3 PC3-12800 4GB × 2枚
6. ハードディスク: SATA3 1 TB 7200rpm 32MB
7. パーティション分割: none
8. 追加ハードディスク: none
(Ubuntu 12.04.3 LTS amd64)
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※ お上の方には、研究者が購入するPCを15〜20万円程度まで消耗品扱いして頂けるようにして頂けると嬉しいです。3年程度経過すると陳腐化が激しいこの業界なので、購入したPCが10〜20年の間、最新機器として扱えるというのであればよいのですが……。大型計算機でも約4年に1度は設備を更新するというところもあるので、備品扱いする種類と金額をさらに合理的に細分化して頂けますと、緊急の場合に、研究をよりスムーズに進められるので嬉しいです。(現在はSSDやGPUがまだ高い……。これが安くなれば……)
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並列計算のためのハブとケーブル
1. Giga スイッチングハブ。BUFFALO製の5ポートタイプを購入してみた。最新鋭のLANカードでないと10G BASEにならないので、広く普及していて最速の1000Mbps(1G BASE)が対応可能なハブにした。
2. LANケーブルはカテゴリー5e以後が良いとのこと。伝送帯域のHzが大きくノイズ対策が出来ている方が良さそうなので、Cat6a以後のものを選択。ここでは、奮発してCAT6を購入してみた。机の横にハブを置いて、PCを机の下や上に数台並べる場合には、ハブの位置を調節することでケーブルの長さが0.5mでも対処できたが、1m以上程度でも良かった気がした。
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◆ Ubuntu 12.04 のインストール
1) google で 「riken linux」と入力して検索すると、下記のHPが得られる。
  http://ftp.riken.go.jp/Linux/ 
2) 「ubuntu-iso/」→「CDs-Ubuntu/」→「ubuntu-12.04-desktop-amd64.iso」
3) 「ubuntu-12.04-desktop-amd64.iso」をダウンロードする。
4) Deep Burner (http://www.forest.impress.co.jp/lib/sys/hardcust/cddvdburn/deepburner.html)などのISO形式で書き込みが可能なライティングソフトを用いて、ISO形式のOSインストールCDを作成する。
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This setting is not usually need.
パーティションの分割(swap area がPCに搭載したメモリと同じ容量では足りない場合)
1. Install Ubuntu
2. Continue
3. advanced partitioning tool
4. /dev/sda1 を選択し、changeを押して範囲を小さくする。
  (Primary)
  ext4 jounrnaling file system
  format the partition: check
  Mount point: /
OKを押して続ける。新しいウインドウが出てもOKかcontinueで問題なく動作する。
5. swap areaを削除してfree spaceを大きくする。
6. 大きくしたfree spaceを選択してaddを押す。
  Logical
  Beginning
  swap area
7. log in automatically
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◆ Ubuntu 12.04 の終了と再起動
1) 「System」→「Shut Down...」
2) 「Shut Down」を選択すれば終了。「Restart」を選択すれば再起動される。
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◆ Classic mode
1. sudo apt-get install gnome-session-fallback
2. sudo reboot
3. ログイン時に歯車のマークで GNOME Classic を選択
※ 筆者の場合、GNOME Classic  → GNOME Classic (No effects) でclassic 表示に変わった。その後、GNOME Classic を選択するようにした。
Reference: http://pekotano.blogspot.jp/2012/03/ubuntu-1204-beta-1gnome-classic.html 
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◆ install needed ab-initio calculation soft
1) 「Applications」→「Accessories」→「Terminal」
1.5) sudo apt-get update
2) sudo apt-get install csh
3) sudo apt-get install tcsh
4) sudo apt-get install g++
5) sudo apt-get install gcc-multilib
6) sudo apt-get install gnuplot
7) sudo apt-get install tcl
8) sudo apt-get install tk
9) sudo apt-get install kwrite
10) sudo apt-get install kate
11) sudo apt-get install grace
* sudo apt-get install libstdc++5

◆ install gfortran ( for company )
1) sudo apt-get install gfortran

◆ recommend periodic table data
1) Periodic Table
2) Periodic table of the elements
3) Kalzium
4) Hephaestus

◆ old version Intel Compiler install( for student)
http://tech.ckme.co.jp/icc.shtml 
http://software.intel.com/en-us/articles/using-intel-compilers-for-linux-with-ubuntu/ 
Please, select intel compiler version, and download it.
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◆ Compiler : l_fcompxe_intel64_2011.13.367.tgz, l_ccompxe_intel64_2011.13.367.tgz
(Fortran : ifort, C : gcc )
1. tar zxvf l_fcompxe_intel64_2011.13.367.tgz
2. cd  l_fcompxe_intel64_2011.13.367
3. ./install.sh
l_ccompxe_intel64_2011.13.367.tgz, too.

in /home/.bashrc,
export PATH=$PATH:/home/user_name/intel/vtune_amplifier_xe_2011
export PATH=$PATH:/home/user_name/intel/inspector_xe_2011
source /home/user_name/intel/bin/compilervars.sh intel64
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◆ Compiler : parallel_studio_xe_2013_update1_intel64.tgz
(Fortran : ifort, C : gcc )
1. tar zxvf parallel_studio_xe_2013_update1_intel64.tgz
2. cd  parallel_studio_xe_2013_update1_intel64
3. ./install.sh

in /home/.bashrc,
export PATH=$PATH:/home/user_name/intel/vtune_amplifier_xe_2013
export PATH=$PATH:/home/user_name/intel/inspector_xe_2013
source /home/user_name/intel/bin/compilervars.sh intel64
------------------------------------------------------------------------------
◆ Compiler : parallel_studio_xe_2013_update3_intel64.tgz
(Fortran : ifort, C : icc )
□ インストール
1. tar zxvf parallel_studio_xe_2013_update3_intel64.tgz
2. cd parallel_studio_xe_2013_update3_intel64
3. sudo ./install.sh
4. 後は表示される英文に従っていく。
  Please, select license file.
5. ifort -help > ifort_option.txt
6. Please, see ifort_option.txt
□ 環境設定1 ( .bashrc in home)
# Intel Compiler ( Fortran & C++ ) environmental setting
export PATH=$PATH:/opt/intel/vtune_amplifier_xe_2013
export PATH=$PATH:/opt/intel/inspector_xe_2013
source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
□ 環境設定2 ( .bashrc in root)
1. sudo emacs /root/.bashrc
  or sudo kwrite /root/.bashrc ,etc.
# Intel Compiler ( Fortran & C++ ) environmental setting
export PATH=$PATH:/opt/intel/vtune_amplifier_xe_2013
export PATH=$PATH:/opt/intel/inspector_xe_2013
source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
□ fftw3xf_intel.a compiling
0. bash
1. sudo bash
2. cd /opt/intel/composer_xe_2013/mkl/interfaces/fftw3xf/
3. make libintel64 compiler=intel
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◆ Compiler : l_fcompxe_intel64_2013.5.192.tgz
(Fortran : ifort, C : gcc )
Non-Commercial Software Development: https://registrationcenter.intel.com/RegCenter/NComForm.aspx?ProductID=1523
see: Additional downloads, updates and versions.
1. tar zxvf l_fcompxe_intel64_2013.5.192.tgz
2. cd  l_fcompxe_intel64_2013.5.192
3. ./install.sh
4. 3
5. Enter
6. accept
7.  1 ( using a serial number)
8.  1 ( Input [Your product serial number is: ] in e-mail to terminal)
9.  1 (Recommended)
10. Enter

in /home/.bashrc,
export PATH=$PATH:$HOME/intel/vtune_amplifier_xe_2013
export PATH=$PATH:$HOME/intel/inspector_xe_2013
source $HOME/intel/bin/compilervars.sh intel64
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◆ intel compiler 2016
fftw3xf compile
cd '/opt/intel/compilers_and_libraries_2016.2.181/linux/mkl/interfaces/fftw3xf'
sudo gedit makefile
which icc
-----before
_CC_intel = icc
-----after
_CC_intel = /opt/intel/compilers_and_libraries_2016.2.181/linux/bin/intel64/icc
-----
sudo make libintel64

using
/opt/intel/compilers_and_libraries_2016.2.181/linux/mkl/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a
or
-L/opt/intel/compilers_and_libraries_2016.2.181/linux/mkl/interfaces/fftw3xf -lfftw3xf_intel
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■ OpenMPI
OpenMPI version 1.4.5
□ インストール
1) http://www.open-mpi.org/
2) tar zxvf openmpi-1.4.5.tar.gz
3) cd openmpi-1.4.5
4) Intel Compiler case
  ./configure -prefix=/usr/local/openmpi CXX=icpc CC=icc FC=ifort F90=ifort F77=ifort
or ./configure -prefix=/home/user_name/openmpi CXX=icpc CC=icc FC=ifort F90=ifort F77=ifort
5) make
6) sudo make install
or  make install
□ 環境設定 ( .bashrc in home  )
# OpenMPI environmental setting
export MPIROOT=/usr/local/openmpi
export PATH=$MPIROOT/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$MPIROOT/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=$MPIROOT/share/man:$MANPATH
or
export MPIROOT=/home/user_name/openmpi
export PATH=$MPIROOT/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$MPIROOT/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=$MPIROOT/share/man:$MANPATH
Please, change user_name
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■ XCrySDen install
1) download: http://www.xcrysden.org/Download.html
2) tar zxvf xc-1.5.25-linux_x86_64-semishared.tar.gz
3) cd XCrySDen-1.5.25-bin-semishared
4) ./xcConfigure
5) Enter
6) Enter
7) Enter
8) Do you have a CRYSTAL package ([y]es/[n]o): n
9) Is this correct ([y]es/[n]o): y
10) Enter
11) Would you like to add xcrysden icon to the desktop ([y]es/[n]o): n
12) space
13) Enter
14) space
15) Enter
16) bsah
* command: xcrysden
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■ WIEN2k install
◆ OpenMP ( ifort and icc version 13.1.1 )
1) mkdir WIEN2k_12
2) cd WIEN2k_12
3) cp $HOME/Downloads/WIEN2k_12.tar .
4) tar -xvf WIEN2k_12.tar
5) gunzip *.gz
6) chmod +x ./expand_lapw
7) ./expand_lapw
8) ./siteconfig_lapw
9) I Linux (Intel ifort 12.0 compiler + mkl)
10) ifort, icc
11) Current settings:
  O Compiler options: -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -align -DINTEL_VML -traceback -axAVX2,AVX,SSE4.2,SSE4.1,SSSE3,SSE3
12) Shared Memory Architecture? (y/n): y
13) Do you have MPI and Scalapack installed and......(y/n): n
14) NMATMAX=18000、NUME=4000
  formula
  NMATMAX=√(62 900 000 000 /10)/√2=56080
    but I set up 18000.
  NUME=NMATMAX/10=5608
    but I set up 4000
15) ./userconfig_lapw
16) .bashrc
  export OMP_NUM_THREADS=4
17) bash
18) w2web
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◆ WIEN2k install(with ACML)

◆ ACML install
1) mkdir ACML_5_2_0
2) cd ACML_5_2_0
3) tar zxvf acml-5-2-0-gfortran-64bit.tgz
4) sudo ./install-acml-5-2-0-gfortran-64bit.sh
5) .bashrc にて
    export LD_LIBRARY_PATH=/opt/acml5.2.0/gfortran64/lib
  OpenMP case
    export LD_LIBRARY_PATH=/opt/acml5.2.0/gfortran64_mp/lib
6) bash

◆ WIEN2k install(with ACML)
1) mkdir WIEN2k_11
2) cd WIEN2k_11
3) cp /home/username/Downloads/WIEN2k_12.tar .
4) tar -xvf WIEN2k_11.tar
5) gunzip *.gz
6) chmod +x ./expand_lapw
7) ./expand_lapw
8) ./siteconfig_lapw
9) V
10) gfortran, gcc
11) Current settings:
   O   Compiler options: -ffree-form -O2 -m64 -ffree-line-length-none
   L   Linker Flags: $(FOPT) -L/opt/acml5.2.0/gfortran64/lib
   P   Preprocessor flags: '-DParallel'
   R   R_LIB (LAPACK+BLAS): -lacml
12) Shared Memory Architecture? (y/n): y
13) Do you have MPI and Scalapack installed and......(y/n): n
14) ./userconfig_lapw
15) bash
16) w2web

◆ WIEN2k install ( with ACML )
OpenMP
1) tar -xvf WIEN2k_11.tar
2) gunzip *.gz
3) chmod +x ./expand_lapw
4) ./expand_lapw
5) ./siteconfig_lapw
6) V
7) gfrotran, gcc
8) Current settings:
   O   Compiler options: -ffree-form -O2 -m64 -ffree-line-length-none -fopenmp
   L   Linker Flags: $(FOPT) -L/opt/acml5.2.0/gfortran64_mp/lib
   P   Preprocessor flags: '-DParallel'
   R   R_LIB (LAPACK+BLAS): -lacml_mp
9) Shared Memory Architecture? (y/n): y
10) Do you have MPI and Scalapack installed and......(y/n): n
11) ./userconfig_lapw
12) .bashrc
  export OMP_NUM_THREADS= 4
13) bash
14) w2web
※ 上記だとSO計算用のコンパイルでエラーが表示される。SOの計算をしなけば問題無さそうだ。
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■ WIEN2k install ( install fftw3 )
FFTW3 for WIEN2k
1) tar zxvf fftw-3.3.3.tar.gz
2) cd fftw-3.3.3
4) export CC="icc -m64 -O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2"
5) export MPICC="mpicc -m64 -O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2"
6) export F77="ifort -mcmodel=large -O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2"
7) ./configure --enable-mpi --enable-threads --enable-openmp
8) make
9) sudo make install
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■ WIEN2k install
OpenMP + OpenMPI + FFTW3
1) mkdir WIEN2k_12
2) cd WIEN2k_12
3) cp /home/username/Downloads/WIEN2k_12.tar .
4) tar -xvf WIEN2k_12.tar
5) gunzip *.gz
6) chmod +x ./expand_lapw
7) ./expand_lapw
8) ./siteconfig_lapw
  1. I Linux (Intel ifort 12.0 compiler + mkl)
  2. ifort, icc
  3. O Compiler options: -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -align -DINTEL_VML -traceback -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSSE3,SSE3
OpenSSH and OpenMPI setting
  4. Shared Memory Architecture? (y/n):y
  5. (like taskset -c). Enter N / your_specific_command:
  6. Set MPI_REMOTE to 0 / 1:
  7. Your compiler: mpif90
  8. RP RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS): -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64 -L/usr/local/lib -lfftw3_mpi -lfftw3_omp -lfftw3_threads -lfftw3 $(R_LIBS)
  9. NMATMAX=18000、NUME=1800
   formula
     NMATMAX=√(62 900 000 000 /10)/√2=56080
       but I set up 18000.
     NUME=NMATMAX/10=5608
       but I set up 1800.
6) ./userconfig
7) bash
8) w2web
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■ VASP install
OpenMP+OpenMPI
A. vasp.5.lib compiling
1. tar zxvf vasp.5.lib.tar.gz
2. cd vasp.5.lib
3. cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
4. kwrite makefile
 or emacs makfeifle, etc.
   change gcc to icc
   change ifc to ifort
   add CC = icc
   CFLAGS = -O -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2
   FFLAGS = -O0 -FI -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2
5. make

B. vasp.5.2 compiling
1. tar zxvf vasp.5.2.12.tar.gz
2. cd vasp.5.2
3. cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
4. kwrite makefile
  or emacs makefile, etc.
  1) change ifc to ifort
  2) FFLAGS = "-free -names lowercase -assume byterecl "
  3) OFLAG=-O2 -ip -ftz -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2
  4) BLAS= -L/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/lib/intel64/em64t \
-lmkl_blas95_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core \
-liomp5 -lpthread -lm
  5) LAPACK= -L/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/lib/intel64/em64t \
-lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core \
-liomp5 -lpthread -lm
  6) FFT3D= fftw3d.o fftw3dlib.o \
/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a

  under # fortran linker for mpi
  7) FC= mpif90 -openmp
  8) FCL= $(FC) -mkl
  9) CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \
-DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \
-DMPI_BLOCK=8000 -DPROFILING
# -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV
  10) SCA= /opt/intel/composer_xe_2013/mkl/lib/intel64/libmkl_scalapack_lp64.a \
/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/lib/intel64/libmkl_blacs_openmpi_lp64.a
  11) LIB= -L../vasp.5.lib -ldmy \
../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \
$(SCA) $(BLAS)
  12) FFT3D= fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o \
/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a
5. make

C. pseudo potential (PAW)
a. LDA
1) mkdir potpaw_LDA
2) cd potpaw_LDA
3) cp $HOME/Downloads/potpaw_LDA.tgz .
4) tar zxvf potpaw_LDA.tgz
b. GGA (PBE)
1) mkdir potpaw_PBE
2) cd potpaw_PBE
3) cp $HOME/Downloads/potpaw_PBE.tgz .
4) tar zxvf potpaw_PBE.tgz

* comment
※ link option: Please, see
/opt/intel/composer_xe_2013/Documentation/ja_JP/mkl/mkl_link_line_advisor.htm
or
file:///opt/intel/composer_xe_2013/Documentation/ja_JP/mkl/mkl_userguide/index.htm#GUID-F6E3AD73-ED3F-499E-A125-9570533F7B53.htm
※ -axCORE-AVX-I,CORE-AVX2,AVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2 は自動で、そのCPUに最適なSSE命令の設定を行ってくれるオプションの指定方法。SSE: http://sourceforge.jp/magazine/09/09/07/0257257, AVX: http://www.isus.jp/article/compileroptimization/avx_part1/  などに説明がある。
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■ phonopy install
http://phonopy.sourceforge.net/install.html

1) install Phthon libraries
sudo apt-get install python-dev
sudo apt-get install python-numpy
sudo apt-get install python-matplotlib
sudo apt-get install python-tk
sudo apt-get install python-lxml
sudo apt-get install pythonyaml
sudo apt-get install python-scipy
sudo apt-get install texlive
2) download phonopy source code: https://sourceforge.net/projects/phonopy/
3) tar zxvf $HOME/Downloads/phonopy-1.6.4.tar.gz
4) kwrite .bashrc
  export PYTHONPATH=$HOME/phonopy-1.6.4/lib64/python
5) bash
6) cd phonopy-1.6.4
7) python setup.py install  --home=.
------------------------------------------------------------------------------
■ WIEN2PHON & PHON

◆ WIEN2PHON
1) mkdir WIEN2PHON
2) cd WIEN2PHON
3) tar zxvf $HOME/Downloads/WIEN2PHON.tgz
4) cd WIEN2POSCAR
5) kwrite Makefile
  change ifc to ifort
  LDFLAGS = #-L/usr/local/Linux_P4SSE2/lib/ -Vaxlib
6) make
7) cd ..
8) cd cellconv
9) kwrite Makefile
  change ifc to ifort
  LDFLAGS = #-L/usr/local/Linux_P4SSE2/lib/ -Vaxlib
10) make
* run
1) cp case.struct $HOME/WIEN2PHON/WIEN2POSCAR
2) WIEN2POSCAR ./case

◆ PHON
http://www.homepages.ucl.ac.uk/~ucfbdxa/phon/
1) mkdir PHON
2) cd PHON
3) tar xvf $HOME/Downloads/phon.1.35.tar.Z
4) cp ./incs/make.inc.linux_ifort ./make.inc
5) kwrite make.inc
  OFLAG  = -O3 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2
6) make
* $HOME/PHON/src/phon
------------------------------------------------------------------------------
■ BoltzTraP install
1. rewrite boltztrap-1.2.2/src/makefile
   FC=ifort
   FOPT = -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -align -DINTEL_VML -traceback -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSSE3,SSE3
   LDFLAGS = $(FOPT) -L$(MKLROOT)/lib/$(MKL_TARGET_ARCH) -pthread
   LIBS = -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -openmp -lpthread
2. make
------------------------------------------------------------------------------
◆ cif2cell
sudo apt-get install python-setuptools
sudo apt-get install python-dev
sudo apt-get install imagemagick
sudo apt-get install graphicsmagick-imagemagick-compat

PyCifRW library
PyCifRW-3.3.tar.gz
1) tar zxvf PyCifRW-3.3.tar.gz
2) cd PyCifRW-3.3
3) sudo python setup.py install

cif2cell 
1) tar zxvf cif2cell-1.0.10.tar.gz
2) cd cif2cell-1.0.10
3) sudo python setup.py install

cif2cell environmental setting
.bashrc
#cif2cell
export CIF2CELL=$HOME/cif2cell-1.0.10
PATH="$PATH:$CIF2CELL"

using
a) VASP: cif2cell -p vasp -f Ni20Mn3P6.cif --setup-all --no-reduce --vasp-print-species --vasp-cartesian-lattice-vectors --vasp-pseudo-libdir=$HOME/vasp/potpaw_PBE --vasp-format=5.
b) ABINIT: cif2cell -p abinit -f SrTiO3.cif -o SrTiO3.in
------------------------------------------------------------------------------
■ SPRKKR install

■ xband
0) install
  sudo apt-get install tclx
  sudo apt-get install xterm
  sudo apt-get install rasmol
1) mkdir sprkkr
2) cd sprkkr
3) mkdir band
4) cp $HOME/Downloads/xband_6.3.tar.gz ./band
3) cd band
4) tar -zxvf xband_6.3.tar.gz
5) .bashrc に下記を加える
# xband environment setting
export XBANDPATH=$HOME/sprkkr/band
export PATH=$PATH:$XBANDPATH:
export XLIB_SKIP_ARGB_VISUALS=1
6) bash
7) xband

■ SPRKKR 6.3
1) unpack
   cp $HOME/Downloads/sprkkr6.3.2pub20121219.tgz ./sprkkr
   cd sprkkr
   tar -zxvf sprkkr6.3.2pub20121219.tgz
2) cp make.inc_example make.inc
3) kwrite make.inc
  ■ non parallel case
  □ Intel compiler version 2013 (64bit type)
    LIB=-L/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/lib/intel64/em64t \
-lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_intel_lp64 \
-lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread -lm
    INCLUDE = -I/usr/local/openmpi/include
    FFLAGS = -O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2 \
-diag-disable remark ### for ifort
    FC = ifort -c $(FFLAGS) $(INCLUDE)
    LINK = ifort $(FFLAGS) $(INCLUDE)
  ■ parallel case
  □ OpenMPI case
    LIB=-L/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/lib/intel64/em64t \
-lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_intel_lp64 \
-lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread -lm
    INCLUDE = -I/usr/local/openmpi/include
    FFLAGS = -O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2 \
-diag-disable remark ### for ifort
    FC = mpif90 -c $(FFLAGS) $(INCLUDE)
    LINK = mpif90 $(FFLAGS) $(INCLUDE)
4) make scfmpi(single type: make scf )
  mpirun -np 4 kkrscf6.3MPI *.inp > OUTPUT
5) この他にもプログラムを作成することができる
  a) make all
    gen, scf, embgen, embscf が作成される
  b) make allmpi
    scfmpi, embscfmpi, specmpi が作成される
  c) Makefile を見ると一応下記のコマンドがある
    make genmpi, make embscfmpi, make chi
    make opm, make opmmpi, make spec
※ 再度コンパイルする場合には、再度コンパイルする前に make clean を入力。


■ SPRKKR 6.3 (Intel compiler 2016)
1) unpack
   cp $HOME/Downloads/sprkkr6.3.2pub20121219.tgz ./sprkkr
   cd sprkkr
   tar -zxvf sprkkr6.3.2pub20121219.tgz
2) cp make.inc_example make.inc
3) kwrite make.inc
  ■ parallel case
  □ OpenMPI case (Dynamic link case)
    LIB =     ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_blas95_lp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_lapack95_lp64.a -L${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lpthread -lm -ldl
    LIBMPI =   ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_blas95_lp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_lapack95_lp64.a -L${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lpthread -lm -ldl
    INCLUDE = -qopenmp -I${MKLROOT}/include/intel64/lp64 -I${MKLROOT}/include
    FFLAGS = -O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2 \
-diag-disable remark ### for ifort
    FC   = mpiifort -c $(FFLAGS) $(INCLUDE)
    LINK = mpiifort    $(FFLAGS) $(INCLUDE)
  □ OpenMPI case (Static link case)
    LIB =     ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_blas95_lp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_lapack95_lp64.a -Wl,--start-group ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_core.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_intel_thread.a -Wl,--end-group -lpthread -lm -ldl
#LIB = $(LIB_MKL)
    LIBMPI =   ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_blas95_lp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_lapack95_lp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_scalapack_lp64.a -Wl,--start-group ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_core.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_intel_thread.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a -Wl,--end-group -lpthread -lm -ldl
    INCLUDE = -qopenmp -I${MKLROOT}/include/intel64/lp64 -I${MKLROOT}/include
    FFLAGS = -O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2 \
-diag-disable remark ### for ifort
    FC   = mpiifort -c $(FFLAGS) $(INCLUDE)
    LINK = mpiifort    $(FFLAGS) $(INCLUDE)
4) make scfmpi(single type: make scf )
  mpirun -np 4 kkrscf6.3MPI *.inp > OUTPUT
5) この他にもプログラムを作成することができる
  a) make all
    gen, scf, embgen, embscf が作成される
  b) make allmpi
    scfmpi, embscfmpi, specmpi が作成される
  c) Makefile を見ると一応下記のコマンドがある
    make genmpi, make embscfmpi, make chi
    make opm, make opmmpi, make spec
※ 再度コンパイルする場合には、再度コンパイルする前に make clean を入力。

Reference
file:///opt/intel/documentation_2016/en/mkl/common/mkl_link_line_advisor.htm
-----
Intel® Math Kernel Library (Intel® MKL) Link Line Advisor v4.6   
Select Intel® product:     Intel(R) Parallel Studio XE 2016
Select OS:     Linux*
Select usage model of Intel® Xeon Phi™ Coprocessor:     Automatic Ofload
Select compiler:     Intel(R) Fortran
Select architecture:     Intel(R) 64
Select dynamic or static linking: Static or Dynamic
Select interface layer:     LP64(32-bit integer)
Select threading layer:     OpenMP threading
Select OpenMP library:     Intel(R)(libiomp5)
Select cluster library:     Cluster PARDISO (BLACS required)
  ScaLAPACK (BLACS required)
  BLACS
Select MPI library:     Intel(R) MPI
Select the Fortran 95 interfaces:
  BLAS95
  LAPACK95
Link with Intel® MKL libraries explicitly:     check
-----
------------------------------------------------------------------------------
■ Abinit install
http://www.youtube.com/watch?v=DppLQ-KQA68

◆ OpenMPI + OpenMP
1) tar zxvf abinit-6.8.2.tar.gz
2) cd abinit-6.8.2
3) ./configure --enable-mpi --enable-openmp --enable-64bit-flags --enable-gui FC=mpif90 CC=mpicc CXX=mpicxx LDFLAGS="-L/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/lib/intel64/em64t" LIBS="-lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread -lm" --prefix=$HOME/abinit-6.8.2 FFLAGS="-O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2 -no-ipo" CFLAGS="-O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2 -no-ipo" --with-dft-flavor="none" --with-trio-flavor=netcdf+etsf_io+fox
4) make multi multi_nprocs=2
5) make install
mpirun -np 4 $HOME/abinit-6.8.2/bin/abinit case.log

◆ OpenMPI + OpenMP + FFTW3-MKL
1) tar zxvf abinit-6.8.2.tar.gz
2) cd abinit-6.8.2
3) ./configure --enable-mpi --enable-openmp --enable-64bit-flags --enable-gui FC=mpif90 CC=mpicc CXX=mpicxx LDFLAGS="-L/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/lib/intel64/em64t" LIBS="-lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread -lm" --prefix=$HOME/abinit-6.8.2 FFLAGS="-O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2 -no-ipo" CFLAGS="-O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2 -no-ipo"  --with-dft-flavor="none" --with-fft-flavor=fftw3-mkl --with-fft-libs="-L/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/interfaces/fftw3xf -lfftw3xf_intel" --with-trio-flavor=netcdf+etsf_io+fox
4) make multi multi_nprocs=2
5) make install
mpirun -np 4 $HOME/abinit-6.8.2/bin/abinit case.log

◆ OpenMPI + OpenMP + FFTW3(Netlib)
1) tar zxvf abinit-6.8.2.tar.gz
2) cd abinit-6.8.2
3) ./configure --enable-mpi --enable-openmp --enable-64bit-flags --enable-gui FC=mpif90 CC=mpicc CXX=mpicxx LDFLAGS="-L/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/lib/intel64/em64t" LIBS="-lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread -lm" --prefix=$HOME/abinit-6.8.2 FFLAGS="-O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2 -no-ipo" CFLAGS="-O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2 -no-ipo" --with-dft-flavor="none" --with-fft-flavor=fftw3 --with-fft-libs="-L/usr/local/lib -lfftw3_mpi -lfftw3_omp -lfftw3_threads -lfftw3" --with-trio-flavor=netcdf+etsf_io+fox
4) make multi multi_nprocs=2
5) make install
mpirun -np 4 $HOME/abinit-6.8.2/bin/abinit case.log

◆ OpenMPI + OpenMP (gfrotran)
1) tar zxvf abinit-7.6.4.tar.gz
2) cd abinit-7.6.4
3) ./configure --enable-mpi --enable-openmp --enable-64bit-flags FC=mpif90 CC=mpicc CXX=mpicxx  --with-trio-flavor=netcdf+etsf_io+fox
4) make multi multi_nprocs=4
5) sudo make install
mpirun -np 4 /usr/local/bin/abinit case.log

◆ OpenMPI + OpenMP (gfrotran)
libxc-2.0.3
0) sudo apt-get install dh-autoreconf
1) tar zxvf libxc-2.0.3
2) ./condifure
3) make
4) sudo make install
Libraries have been installed in: /opt/etsf/lib
Abinit
1) tar zxvf abinit-7.8.1.tar.gz
2) cd abinit-7.8.1
3) ./configure --enable-mpi --enable-openmp --enable-64bit-flags FC=mpif90.openmpi CC=mpicc CXX=mpicxx  --with-trio-flavor=netcdf+etsf_io+fox --with-dft-flavor=libxc
4) make multi multi_nprocs=4
5) sudo make install
mpirun.openmpi -np 4 /usr/local/bin/abinit case.log

CPU: Intel® Core™ i7-3820 CPU (SSE4.2, AVX, AES)
◆ OpenMPI + gfrotran
+Abinit
1) tar zxvf abinit-7.8.1.tar.gz
2) cd abinit-7.8.1
3) ./configure --enable-mpi --enable-64bit-flags FC=mpif90 CC=mpicc CXX=mpicxx  --with-trio-flavor="netcdf+etsf_io+fox" --with-dft-flavor="atompaw+libxc+wannier90"
4) make multi multi_nprocs=4
5) sudo make install
mpirun.openmpi -np 4 /usr/local/bin/abinit case.log

-----
http://forum.abinit.org/viewtopic.php?f=2&t=1391&p=4330&hilit=binaries#p4330
Core-i7 / ubuntu 12.04 (64bits) / abinit 7.8.1 ( NO setting atlas, but it is very safety)

sudo apt-get -y install gcc g++ gfortran
sudo apt-get -y install patch
sudo apt-get -y install libnetcdf-dev
sudo apt-get -y install fftw3 libfftw3-dev
sudo apt-get -y install libatlas-base-dev  libatlas3gf-base
sudo apt-get -y install liblapack3gf liblapack-dev
sudo apt-get -y install libblas3gf libblas-dev
sudo apt-get -y install openmpi-bin openmpi-common libopenmpi-dev

create a "ubuntu.ac" file :

#prefix="/usr/local"
enable_mpi="yes"
enable_mpi_io="yes"
with_mpi_prefix="/usr"
with_trio_flavor="netcdf+etsf_io+fox"
#with_netcdf_incs="-I/usr/include"
#with_netcdf_libs="-L/usr/lib -lnetcdf -lnetcdff"
#with_etsf_io_incs="-I/usr/include"
#with_etsf_io_libs="-L/usr/lib -letsf_io_low_level -letsf_io_utils -letsf_io"
with_fft_flavor="fftw3"
with_fft_incs="-I/usr/include/"
with_fft_libs="-L/usr/lib/x86-64-linux-gnu/ -lfftw3 -lfftw3f"
with_linalg_flavor="atlas"
with_linalg_libs="-L/usr/lib64 -llapack -lf77blas -lcblas -latlas"
with_dft_flavor="atompaw+libxc"
#with_dft_flavor="atompaw+bigdft+libxc+wannier90"
enable_gw_dpc="yes"
enable_maintainer_checks="no"
#enable_test_timeout="yes"
#enable_gui_build="no"

./configure --with-config-file="./ubuntu.ac"
make mj4
make install

cd tests
./runtests.py -j 4 fast

./runtests.py paral -n 2 -j 2

-----
http://forum.abinit.org/viewtopic.php?f=2&t=1391&p=4330&hilit=binaries#p4330
Core-i7 / ubuntu 12.04 (64bits) / abinit 7.8.1 + atlas
Intel® Core™ i7-3820 CPU @ 3.60GHz × 8
Release 12.04 (precise) 64-bit

sudo apt-get -y install gcc g++ gfortran
sudo apt-get -y install patch
sudo apt-get -y install libnetcdf-dev
sudo apt-get -y install fftw3 libfftw3-dev
sudo apt-get -y install libatlas-base-dev  libatlas3gf-base
sudo apt-get -y install liblapack3gf liblapack-dev
sudo apt-get -y install libblas3gf libblas-dev
sudo apt-get -y install openmpi-bin openmpi-common libopenmpi-dev

create a "ubuntu.ac" file :

#prefix="/usr/local"
enable_mpi="yes"
enable_mpi_io="yes"
with_mpi_prefix="/usr"
with_trio_flavor="netcdf+etsf_io+fox"
with_netcdf_incs="-I/usr/include"
with_netcdf_libs="-L/usr/lib -lnetcdf -lnetcdff"
#with_etsf_io_incs="-I/usr/include"
#with_etsf_io_libs="-L/usr/lib -letsf_io_low_level -letsf_io_utils -letsf_io"
with_fft_flavor="fftw3"
with_fft_incs="-I/usr/include/"
with_fft_libs="-L/usr/lib -lfftw3 -lfftw3f"
with_linalg_flavor="atlas"
with_linalg_libs="-L/usr/lib/atlas-base -llapack_atlas -lf77blas -lcblas -latlas -L/usr/lib -lblas -llapack"
with_dft_flavor="atompaw+libxc"
#with_dft_flavor="atompaw+bigdft+libxc+wannier90"
enable_gw_dpc="yes"
enable_maintainer_checks="no"
#enable_test_timeout="yes"
#enable_gui_build="no"

./configure --with-config-file="./ubuntu.ac"
make mj4
make install

cd tests
./runtests.py -j 4 fast

./runtests.py paral -n 2 -j 2

./runtests.py -j 4 fast case:
Test suite completed in 8.81 s (average time for test = 1.89 s, stdev = 1.89 s)

./runtests.py paral -n 2 -j 2 case:
Test suite completed in 81.28 s (average time for test = 1.75 s, stdev = 4.87 s)
t06, t53, absolute error

-----
http://forum.abinit.org/viewtopic.php?f=2&t=1391&p=4330&hilit=binaries#p4330
Core-i7 / ubuntu 12.04 (64bits) / abinit 7.8.1 + atlas + openmp
Intel® Core™ i7-3820 CPU @ 3.60GHz × 8
Release 12.04 (precise) 64-bit

sudo apt-get -y install gcc g++ gfortran
sudo apt-get -y install patch
sudo apt-get -y install libnetcdf-dev
sudo apt-get -y install fftw3 libfftw3-dev
sudo apt-get -y install libatlas-base-dev  libatlas3gf-base
sudo apt-get -y install liblapack3gf liblapack-dev
sudo apt-get -y install libblas3gf libblas-dev
sudo apt-get -y install openmpi-bin openmpi-common libopenmpi-dev

create a "ubuntu.ac" file :
 

#prefix="/usr/local"
enable_openmp="yes"
enable_mpi="yes"
enable_mpi_io="yes"
with_mpi_prefix="/usr"
with_trio_flavor="netcdf+etsf_io+fox"
with_netcdf_incs="-I/usr/include"
with_netcdf_libs="-L/usr/lib -lnetcdf -lnetcdff"
#with_etsf_io_incs="-I/usr/include"
#with_etsf_io_libs="-L/usr/lib -letsf_io_low_level -letsf_io_utils -letsf_io"
with_fft_flavor="fftw3"
with_fft_incs="-I/usr/include/"
with_fft_libs="-L/usr/lib -lfftw3 -lfftw3f -lfftw3_threads -lfftw3f_threads"
with_linalg_flavor="atlas"
with_linalg_libs="-L/usr/lib/atlas-base -llapack_atlas -lf77blas -lcblas -latlas -L/usr/lib -lblas -llapack"
with_dft_flavor="atompaw+libxc+wannier90"
enable_gw_dpc="yes"
enable_maintainer_checks="no"
#enable_test_timeout="yes"
#enable_gui_build="no"

./configure --with-config-file="./ubuntu.ac"
make mj4
make install

cd tests
./runtests.py -j 4 fast

./runtests.py paral -n 2 -j 2

./runtests.py -j 4 fast case:
Test suite completed in 8.74 s (average time for test = 1.84 s, stdev = 1.94 s)
t14, absolute error

./runtests.py paral -n 2 -j 2 case:
Test suite completed in 81.95 s (average time for test = 1.76 s, stdev = 5.01 s)
t06, t53, t73, t75, absulute error

-----
error
http://forum.abinit.org/viewtopic.php?f=2&t=1391&p=4330&hilit=binaries#p4330
Core-i7 / ubuntu 12.04 (64bits) / abinit 7.8.1 + acml (acml-5-3-1-gfortran-64bit.tgz )
Intel® Core™ i7-3820 CPU @ 3.60GHz × 8
Release 12.04 (precise) 64-bit

ACML
mkdir acml5.3.1
cd acml5.3.1
tar xvf  acml-5-3-1-gfortran-64bit.tgz
sudo ./install-acml-5-3-1-gfortran-64bit.sh

sudo apt-get -y install gcc g++ gfortran
sudo apt-get -y install patch
sudo apt-get -y install libnetcdf-dev
sudo apt-get -y install fftw3 libfftw3-dev
sudo apt-get -y install libatlas-base-dev  libatlas3gf-base
sudo apt-get -y install liblapack3gf liblapack-dev
sudo apt-get -y install libblas3gf libblas-dev
sudo apt-get -y install openmpi-bin openmpi-common libopenmpi-dev

create a "ubuntu.ac" file :

#prefix="/usr/local"
enable_mpi="yes"
enable_mpi_io="yes"
with_mpi_prefix="/usr"
with_trio_flavor="netcdf+etsf_io+fox"
with_netcdf_incs="-I/usr/include"
with_netcdf_libs="-L/usr/lib -lnetcdf -lnetcdff"
#with_etsf_io_incs="-I/usr/include"
#with_etsf_io_libs="-L/usr/lib -letsf_io_low_level -letsf_io_utils -letsf_io"
with_fft_flavor="fftw3"
with_fft_incs="-I/usr/include/"
with_fft_libs="-L/usr/lib -lfftw3 -lfftw3f"
with_linalg_flavor="acml"
with_linalg_libs="-L/opt/acml5.3.1/gfortran64/lib -lacml -L/usr/lib -lblas -llapack"
with_dft_flavor="atompaw+libxc"
#with_dft_flavor="atompaw+bigdft+libxc+wannier90"
enable_gw_dpc="yes"
enable_maintainer_checks="no"
#enable_test_timeout="yes"
#enable_gui_build="no"

./configure --with-config-file="./ubuntu.ac"
make mj4

cd tests
./runtests.py -j 4 fast

./runtests.py paral -n 2 -j 2

make install

-----
http://forum.abinit.org/viewtopic.php?f=2&t=1391&p=4330&hilit=binaries#p4330
Core-i7 / ubuntu 10.04 or 12.04 (64bits) / abinit 6.8.x

sudo apt-get -y install gcc g++ gfortran
sudo apt-get -y install patch
sudo apt-get -y install libnetcdf-dev
sudo apt-get -y install fftw3 libfftw3-dev
sudo apt-get -y install libatlas-base-dev  libatlas3gf-base
sudo apt-get -y install liblapack3gf liblapack-dev
sudo apt-get -y install libblas3gf libblas-dev
sudo apt-get -y install openmpi-bin openmpi-common libopenmpi-dev

create a "ubuntu.ac" file :

prefix="/usr/local"
enable_mpi="yes"
enable_mpi_io="yes"
with_mpi_prefix="/usr"
with_netcdf_incs="-I/usr/include"
with_netcdf_libs="-L/usr/lib64 -lnetcdf -lnetcdff"
with_fft_flavor="fftw3"
with_fft_incs="-I/usr/include/"
with_fft_libs="-L/usr/lib64 -lfftw3"
with_linalg_flavor="atlas"
with_linalg_libs="-L/usr/lib64 -llapack -lf77blas -lcblas -latlas"
with_dft_flavor="atompaw+bigdft+libxc+wannier90"
enable_gw_dpc="yes"
enable_maintainer_checks="no"
enable_test_timeout="yes"
enable_gui_build="no"

./configure --with-config-file="./ubuntu.ac"
make mj4
make install


-----
http://forum.abinit.org/viewtopic.php?f=2&t=2639&p=8080&hilit=binaries#p8080
Recipe for a x86-64 / ubuntu 13.04 (64bits) / abinit 7.6.3 :

sudo apt-get -y install gcc g++ gfortran
sudo apt-get -y install patch
sudo apt-get -y install libetsf-io-dev
sudo apt-get -y install libnetcdf-dev
sudo apt-get -y install libfftw3-dev
sudo apt-get -y install libatlas-base-dev  libatlas3gf-base
sudo apt-get -y install liblapack3gf liblapack-dev
sudo apt-get -y install libblas3gf libblas-dev
sudo apt-get -y install openmpi-bin openmpi-common libopenmpi-dev


create a "ubuntu.ac" file :

prefix="/usr/local"
enable_mpi="yes"
enable_mpi_io="yes"
with_mpi_prefix="/usr"
with_trio_flavor="netcdf+etsf_io"
with_netcdf_incs="-I/usr/include"
with_netcdf_libs="-L/usr/lib -lnetcdf -lnetcdff"
with_etsf_io_incs="-I/usr/include"
with_etsf_io_libs="-L/usr/lib -letsf_io_low_level -letsf_io_utils -letsf_io"
with_fft_flavor="fftw3"
with_fft_incs="-I/usr/include/"
with_fft_libs="-L/usr/lib/x86-64-linux-gnu/ -lfftw3 -lfftw3f"
with_linalg_flavor="atlas"
with_linalg_libs="-L/usr/lib64 -llapack -lf77blas -lcblas -latlas"
with_dft_flavor="atompaw+libxc"
#with_dft_flavor="atompaw+bigdft+libxc+wannier90"
enable_gw_dpc="yes"
enable_maintainer_checks="no"
enable_test_timeout="yes"
enable_gui_build="no"

./configure --with-config-file="./ubuntu.ac"
make mj4

cd tests
./runtests.py -j 4 fast

./runtests.py paral -n 2 -j 2

make install
-----
http://forum.abinit.org/viewtopic.php?f=3&t=2728&p=8397&hilit=7.0.5+binary#p8397
Abinit-7.0.5
export FC=$MPICH/bin/mpiifort
export CC=$MPICH/bin/mpiicc
export CXX=$MPICH/bin/mpiicpc
./configure --prefix=/opt/abinit-$VER --enable-mpi --enable-mpi-io \
--with-linalg-incs="-I$INTEL_COMP/mkl/include" \
--with-fft-flavor="fftw3-mkl" --with-fft-incs="-I$INTEL_COMP/mkl/include/fftw" \
--with-fft-libs="-L$INTEL_COMP/mkl/lib/intel64 -lfftw3xf_intel" \
--with-linalg-flavor="mkl" \
--with-linalg-libs="-L$INTEL_COMP/mkl/lib/intel64  -Wl,--start-group  -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -Wl,--end-group -liomp5 -lpthread -limf -lsvml -lirc" \
--with-linalg-incs="-I$INTEL_COMP/mkl/include" \
--with-dft-flavor="atompaw+bigdft+libxc+wannier90"


ifort 13.1.3
--with-fft-flavor="fftw3"  \
--with-fft-libs="-L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -Wl,--start-group  -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -Wl,--end-group"  \
--with-linalg-flavor="mkl"  \
--with-linalg-libs="-L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -Wl,--start-group  -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -Wl,--end-group"  \


-----
http://forum.abinit.org/viewtopic.php?f=3&t=2071&p=7264&hilit=acml#p7264

Linux 6.4, Intel Parallel Studio XE 2013 Update 3, OpenMPI-1.6.4.
 

./configure FC=/usr/local/bin/mpif90 CC=icc --with-trio-flavor="none" --with-dft-flavor="none" --with-linalg-flavor="mkl" --with-linalg-libs="-L/opt/intel/mkl/lib/intel64/ -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64" --with-linalg-incs="-I/opt/intel/mkl/lib/intel64/" --enable-mpi --with-fft-flavor="fftw3-mkl" --with-fft-incs="-I/opt/intel/mkl/include/fftw" --with-fft-libs="-L/opt/intel/mkl/interfaces/fftw3xf -lfftw3xf_intel"

/opt/intel/mkl/interfaces/fftw3xf
make libintel64 compiler=intel

enable_gw_dpc = yes
enable_mpi = yes
enable_mpi_io = yes
with_mpi_prefix = /usr/local/openmpi_intel13
with_dft_flavor = atompaw+bigdft+libxc+wannier90
with_trio_flavor = netcdf+etsf_io+fox
fcflags_opt_66_wfs = -O1 -xHost -g -extend-source -vec-report0 -noaltparam -nofpscomp
with_fft_flavor = fftw3
with_fft_libs = -L/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl/lib/intel64 -Wl,--start-group  -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -Wl,--end-group
with_linalg_flavor = mkl
with_linalg_libs = -L/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl/lib/intel64 -Wl,--start-group  -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -Wl,--end-group


./configure --with-config-file=./build.ac
-----

◆ Memo
◆ ? OpenMPI + gfrotran + ACML(acml-5-3-1-gfortran-64bit-int64.tgz )
+ACML-5-3-1
1) mkdir acml
2) cd acml
3) tar zxvf acml-5-3-1-gfortran-64bit-int64.tgz
4) sudo ./install-acml-5-3-1-gfortran-64bit-int64.sh
5) accept
6) /opt/acml5.3.1
7)  .bashrc
  export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/acml5.3.1/gfortran64_int64/lib
8) bash
+Abinit
1) tar zxvf abinit-7.8.1.tar.gz
2) cd abinit-7.8.1
3) ./configure --enable-mpi --enable-64bit-flags FC=mpif90 CC=mpicc CXX=mpicxx  --with-trio-flavor="netcdf+etsf_io+fox" --with-dft-flavor="atompaw+libxc+wannier90" --with-linalg-flavor=acml --with-linalg-incs="-I/opt/acml5.3.1/gfortran64_int64/include" --with-linalg-libs="-L/opt/acml5.3.1/gfortran64_int64/lib -lacml"
4) make multi multi_nprocs=4
5) sudo make install
mpirun.openmpi -np 4 /usr/local/bin/abinit case.log

CPU: Intel® Core™ i7-3820 CPU (SSE4.2, AVX, AES)
◆ ? OpenMPI + OpenMP + gfrotran + ACML(acml-5-3-1-gfortran-64bit-int64.tgz )
+ACML-5-3-1
1) mkdir acml
2) cd acml
3) tar zxvf acml-5-3-1-gfortran-64bit-int64.tgz
4) sudo ./install-acml-5-3-1-gfortran-64bit-int64.sh
5) accept
6) /opt/acml5.3.1
7)  .bashrc
  export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/acml5.3.1/gfortran64_int64/lib
8) bash
+Abinit
1) tar zxvf abinit-7.8.1.tar.gz
2) cd abinit-7.8.1
3) ./configure --enable-mpi --enable-64bit-flags FC=mpif90 CC=mpicc CXX=mpicxx  --with-trio-flavor="netcdf+etsf_io+fox" --with-dft-flavor="atompaw+libxc+wannier90" --with-linalg-flavor=acml --with-linalg-incs="-I/opt/acml5.3.1/gfortran64_int64/include" --with-linalg-libs="-L/opt/acml5.3.1/gfortran64_int64/lib -lacml"
4) make multi multi_nprocs=4
5) sudo make install
mpirun.openmpi -np 4 /usr/local/bin/abinit case.log

maybe standard = -O2 -mtune=native -march=native

OpenMPI + gfrotran + ACML(acml-5-3-1-gfortran-64bit-int64.tgz )+libxc-2.0.3
+ACML-5-3-1
1) mkdir acml
2) cd acml
3) tar zxvf acml-5-3-1-gfortran-64bit-int64.tgz
4) sudo ./install-acml-5-3-1-gfortran-64bit-int64.sh
5) accept
6) /opt/acml5.3.1
7)  .bashrc
  export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/acml5.3.1/gfortran64_int64/lib
8) bash
+libxc-2.0.3: http://www.tddft.org/programs/octopus/wiki/index.php/Libxc:download
0) sudo apt-get install dh-autoreconf
1) tar zxvf libxc-2.0.3
2) ./condifure
3) make
4) sudo make install
Libraries have been installed in: /opt/etsf/lib
+Wannier90: http://www.wannier.org/download.html
0) gziped-tar
1) tar zxvf wannier90-2.0.0.tar.gz
2) wannier90-2.0.0
3) cp ./config/make.sys.gfort ./make.sys
  gedit make.sys
  COMMS  = mpi
  MPIF90 = mpif90
  #LIBDIR = /rscratch/jry20/LIB/gfortran
  #LIBS = -L$(LIBDIR)  -llapack -lblas
  LIBDIR = /opt/acml5.3.1/gfortran64_int64/lib
  LIBS   = -L$(LIBDIR) -lacml
4) make -v
  OK: GNU Make 3.81
5) make
6) make lib
7) make w90vdw
8) make w90pov
recompile: make clean
+Abinit
1) tar zxvf abinit-7.8.1.tar.gz
2) cd abinit-7.8.1
3) ./configure --enable-mpi --enable-64bit-flags FC=mpif90 CC=mpicc CXX=mpicxx  --with-trio-flavor="netcdf+etsf_io+fox" --with-dft-flavor="atompaw+libxc+wannier90" --with-linalg-flavor=acml --with-linalg-incs="-I/opt/acml5.3.1/gfortran64_int64/include"  --with-linalg-libs="-L/opt/acml5.3.1/gfortran64_int64/lib -lacml" --with-wannier90-bins="${HOME}/wannier90-2.0.0"  --with-wannier90-libs="-L${HOME}/wannier90-2.0.0 -lwannier"
4) make multi multi_nprocs=4
5) sudo make install
mpirun.openmpi -np 4 /usr/local/bin/abinit case.log

See ~abinit/doc/build/config-template.ac for information

Abinit Band Structure maker
1) cd $HOME/abinit-6.8.2/util/users
2) python AbinitBandStructureMaker.py case.out
3) python AbinitBandStructureMaker.py case.out.dbs
4) xmgrace case.out.dbs.agr
※ manual : $HOME/abinit-6.8.2/doc/users

+Wannier90 v1.2
1) tar zxvf wannier90-1.2.tar.gz
2) cd wannier90-1.2.tar.gz
3) cp ./config/make.sys.gfort ./make.sys
  gedit make.sys
  #LIBDIR = /usr/local/lib
  #LIBS = -L$(LIBDIR)  -llapack -lblas
  LIBDIR = /opt/acml5.3.1/gfortran64_int64/lib
  LIBS   = -L$(LIBDIR) -lacml
4) make
5) make lib
+Symmetry-Adapted Wannier Functions
0) Amodified version: http://www.wannier.org/download.html
1) tar zxvf w90_symmetry.tar.gz
2) cd w90_symmetry
3) cd src
4) gedit Make.inc
  #FC=ifort
  FC=gfortran
  #DEBUG=-check bounds -traceback -fpe0
  DEBUG=
5) make
+Wannier90: http://www.wannier.org/download.html
0) gziped-tar
1) tar zxvf wannier90-2.0.0.tar.gz
2) wannier90-2.0.0
3) cp ./config/make.sys.gfort ./make.sys
  gedit make.sys
  COMMS  = mpi
  MPIF90 = mpif90
  #LIBDIR = /rscratch/jry20/LIB/gfortran
  #LIBS = -L$(LIBDIR)  -llapack -lblas
  LIBDIR = /opt/acml5.3.1/gfortran64_int64/lib
  LIBS   = -L$(LIBDIR) -lacml
4) make -v
  OK: GNU Make 3.81
5) make
6) make lib
7) make w90vdw
8) make w90pov
recompile: make clean
------------------------------------------------------------------------------
■ BigDFT install ( I can not install it.)
http://bigdft.org/Wiki/index.php?title=BigDFT_website

BigDFT(version 1.7 dev.28)
OpenMPI
1) tar xvf $HOME/Downloads/bigdft-1.7-dev.28.tar.gz2
2) cd bigdft-1.7-dev.28
3)
  ◆ gfortran
  ./configure CXX=g++ CC=gcc F77=gfortran FC=mpif90.openmpi FCFLAGS="-fbounds-check -O2 -Wall" --with-ext-linalg="-llapack -lblas" --with-ext-linalg-path="-L/usr/lib" --with-libabinit-path=$HOME/abinit-6.8.2/lib
  ◆ ifort
  ./configure CXX=mpicxx CC=mpicc F77=mpif90 FC=mpif90 FCFLAGS="-O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2" FFLAGS="-O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2" --with-ext-linalg-path="-L/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/lib/intel64/em64t" --with-ext-linalg="-lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread -lm" --enable-minima-hopping --enable-pseudo --enable-devel-doc=no --prefix=$HOME/bigdft-1.7-dev.28
  ◆ error in compiling with ifort
  ! Font OT1/ptm/m/n/12=ptmr7t at 12.0pt not loadable: Metric (TFM) file not found.
4) make
5) cd tests
6) export run_parallel='mpirun -np 4'
7) make check
8) cd ..
9) sudo make install
※ --with-libabinit-path=$HOME/abinit-6.8.2/lib は無い方が良いかもしれない。

BigDFT(version 1.6.0)
OpenMPI
1) tar zxvf $HOME/Downloads/bigdft-1.6.0.tar.gz
2) cd bigdft-1.6.0
3)
  ◆ gfortran
    ./configure CXX=g++ CC=gcc F77=gfortran FC=mpif90.openmpi FCFLAGS="-fbounds-check -O2 -Wall" --with-ext-linalg="-llapack -lblas" --with-ext-linalg-path="-L/usr/lib" --with-libabinit-path=$HOME/abinit-6.8.2/lib
  ◆ ifort
    ./configure CXX=mpicxx CC=mpicc F77=mpif90 FC=mpif90 FCFLAGS="-O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2"  FFLAGS="-O2 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2" --with-ext-linalg-path="-L/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/lib/intel64/em64t" --with-ext-linalg="-lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread -lm"  --enable-minima-hopping --enable-pseudo --enable-devel-doc=no --prefix=$HOME/bigdft-1.6.0
◆ error in compiling with ifort
  ! Font OT1/ptm/m/n/12=ptmr7t at 12.0pt not loadable: Metric (TFM) file not found.
4) make
5) cd tests
6) export run_parallel='mpirun -np 4'
7) make check
8) cd ..
9) sudo make install
※ --with-libabinit-path=$HOME/abinit-6.8.2/lib は無い方が良いかもしれない。
------------------------------------------------------------------------------
■ PWscf

◆ gfortran
OpenMPI + FFTW3
1) tar zxvf espresso-5.0.2.tar.gz
2) cd espresso-5.0.2
3) export CXX="g++ -m64"
export CC="gcc -m64"
export FC="gfortran -m64"
export F77="gfortran -m64"
export F90="gfortran -m64"
4) ./configure MPIF90="/usr/bin/mpif90.openmpi -m64" --enable-openmp --with-internal-blas --with-internal-lapack FFT_LIBS="-L/usr/lib -lfftw3"
5) make all
実行方法
/usr/bin/mpirun.openmpi -machinefile /home/*/hosts -np 4 /home/*/espresso-5.0.2/bin/pw.x atom.out

◆ ifort
OpenMPI + OpenMP + MKL + FFTW3
1) tar zxvf espresso-4.3.2.tar.gz
2) cd espresso-4.3.2
3) ./configure MPIF90=mpif90 CXX=g++ CC=gcc FC=ifort F77=ifort F90=ifort --enable-openmp BLAS_LIBS="-L/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lifcore -lpthread -lsvml" LAPACK_LIBS="-L/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/lib/intel64 -lmkl_lapack95_lp64" FFT_LIBS="-L/usr/local/lib -lfftw3 -lfftw3_mpi -lfftw3_threads -lfftw3_omp" FFLAGS="-O2 -assume byterecl -g -traceback -par-report0 -vec-report0 -axSSE4.2,SSE4.1,SSSE3,SSE3 -mcmodel=large -i-dynamic -no-ipo" CFLAGS="-O3 -m64"
4) make all
※ この条件で check-pw.x.j を走らせると、551.5 s (Core i7-2600K) となった。Reference が 851.06 なので約1.5倍の速度。
実行方法
1) export OMP_NUM_THREADS=2 を .bashrc に書き入れる。
2) /usr/local/openmpi/bin/mpirun -machinefile /home/*/hosts -np 4 /home/*/espresso-4.3.2/bin/pw.x atom.out
以上で、4 CPU * 2 threads = 8 processor cores の動作となる。

◆ ifort
espresso-5.1.2 (OpenMPI + MKL + FFTW3)
./configure
-----
BLAS_LIBS= -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core
LAPACK_LIBS=
SCALAPACK=-lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64
FFT_LIBS= -lfftw3
-----
make ph
make pwcond
make neb
make pp
make cp
make ld1
make upf
make tddfpt
make xspectra
make pwall
make gipaw
make w90
make want
make yambo
-----
./configure MPIF90=gfortran FC=gfortran
make pw

references (Si, FCC, 2x2x2 supercell)
CPU: Core-i7-4770 (4 core)
qe-6.0
  ./configure MPIF90="mpif90 -axSSE4.2,SSE4.1,SSSE3,SSE3" MPICC=mpicc CXX=icpc CC=icc FC="ifort -axSSE4.2,SSE4.1,SSSE3,SSE3" F77="ifort -axSSE4.2,SSE4.1,SSSE3,SSE3" F90="ifort -axSSE4.2,SSE4.1,SSSE3,SSE3" BLAS_LIBS="-L${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64  -lmkl_sequential -lmkl_core" SCALAPACK_LIBS="-L${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64" FFT_LIBS="-L/opt/intel/compilers_and_libraries_2016/linux/mkl/interfaces/fftw3xf -lfftw3xf_intel"
Si63Cu1 (FCC, 2x2x2 supercell, vc-relax, ecutwfc:50, ecutrho:400): 10h49m (mpirun -np 1)

references (Si, FCC, 2x2x2 supercell)
CPU: E5-2640 v3 (8 core)
qe-6.0
./configure BLAS_LIBS="-L/usr/local/atlas/lib -llapack -lf77blas -lcblas -latlas" LAPACK_LIBS="-L/usr/local/atlas/lib -llapack -lf77blas -lcblas -latlas"  FFT_LIBS="-L/usr/local/lib -lfftw3_mpi -lfftw3"  --without-scalapack
mpirun -np 16 case: 3m08.92s (si 2x2x2 primitive cell)
mpirun -np   8 case: 4m41.07s (si 2x2x2 primitive cell)
mpirun -np   8 case: 1d1h50m (si 3x3x3 primitive cell)
I recommend it.
Si63Co1 (FCC, 2x2x2 supercell, conventional cell, vc-relax, ecutwfc:50, ecutrho:400): 3h18m (mpirun -np 8)
-----
./configure MPIF90="mpif90 -m64 -mavx2" MPICC=mpicc CXX=g++ CC=gcc FC="gfortran -m64 -mavx2" F77="gfortran -m64 -mavx2" F90="gfortran -m64 -mavx2" BLAS_LIBS="-L/usr/local/atlas/lib -llapack -lf77blas -lcblas -latlas" LAPACK_LIBS="-L/usr/local/atlas/lib -llapack -lf77blas -lcblas -latlas"  FFT_LIBS="-L/usr/local/lib -lfftw3_mpi -lfftw3"  --without-scalapack
mpirun -np 16 case: 3m11.81s (si 2x2x2 primitive cell)
There are many errors.
-----
./configure BLAS_LIBS="-L/usr/local/atlas/lib -llapack -lf77blas -lcblas -latlas" LAPACK_LIBS="-L/usr/local/atlas/lib -llapack -lf77blas -lcblas -latlas"  FFT_LIBS="-L/usr/local/lib -lfftw3_mpi -lfftw3_omp -lfftw3"  --without-scalapack --enable-openmp
export OMP_NUM_THREADS=2 + mpirun -np 8 case: 8m26.34s (si 2x2x2 primitive cell)
------------------------------------------------------------------------------
■ Phase install

◆ OpenMPI (gfortran) + ACML 5.3.0 + FFTW3
0) software install
sudo apt-get install openmpi-bin
sudo apt-get install libopenmpi-dev
sudo apt-get install emacs

◆ ACML
a. amcl-5-3-0-gfrotran-64bit.tgz
b. mkdir acml
c. cd acml
d. tar zxvf amcl-5-3-0-gfrotran-64bit.tgz
e. sudo ./install-acml-5-3-0-gfortran-64bit.sh
f. accept
g. /opt/acml5.3.0
h. .bashrc に export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/acml5.3.0/gfortran64/lib を追加し、Terminal 上で bash を入力。

◆ Phase
1. tar zxvf phase_v1100.tar.gz
2. cd phase_v1100
3. install.sh で sh configure を bash configure に書き換える
4. ./install.sh
5. 1) GNU Linux (EM64/AMD64)
6. 0) GNU compiler collection (gfortran)
7. 1) MPI parallel
8. 2) Open MPI
/usr
9. 1) AMD Core Math Library (ACML)
/opt/acml5.3.0/gfortran64/lib
10. 0) Built-in FFT libraries
11. Do you want to use DGEMM.. [no]
12. Do you want to edit the makefile... [yes]
  emacs
  F90 のgfortran をmpif90.openmpi に書き換える0
  CC の gcc を mpicc.openmpi に書き換える
  LINK のgfortran をmpif90.openmpi に書き換える
  F90FLAGS の -I/usr/include を -I/usr/lib/openmpi/include に書き換える
  F90FLAGS 行の最後に 、-O2 -march=nocona -pipe を追加する
  F77FLAGS の -I/usr/include を -I/usr/lib/openmpi/include に書き換える
  F77FLAGS 行の最後に 、-O2 -march=nocona -pipe を追加する
  CFLAGSの -O を -O2 -march=nocona -pipe に書き換える
  LIBS の -I/usr/lib を -I/usr/lib/openmpi/lib に書き換える
13. Do you want to make PHASE now? [yes]
14. Do you want to check the installed programs? [yes]
15. /usr/bin/mpirun.openmpi -machinefile /home/*/hosts -np 4 /home/*/phase_v1100/bin/phase ne=1 nk=4
------------------------------------------------------------------------------
■ GPAW

------------------------------------------------------------------------------
■ exciting

◆ ifort (omposer_xe_2013, update 3, intel64)
0) sudo apt-get install xsltproc
1) tar zxvf $HOME/Downloads/exciting.lithium.tar.gz
2) cd exciting
3) make
4) 7 ifort.XE
5) Build MPI binary ? yes
6) Build SMP lib binary (yes/No) yes
7) make
  I rewrite make.inc with kwrite, because error occur.
8) kwirte make.inc
  F90_OPTS = -O3 -ip -unroll  -scalar_rep -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2
  F77_OPTS = -O3 -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2
#USE_SYS_LAPACK=ture
  LIB_LPK = -L/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/lib/intel64/em64t \
-lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_intel_lp64 \
-lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread -lm
  MPIF90=mpif90
  SMP_LIBS= -mkl=parallel $(LIB_ARP) $(LIB_LPK) $(LIB_FFT) $(LIB_BZINT)
  MPISMPF90_OPTS=$(SMPF90_OPTS)  -DMPI -DMPIRHO -DMPISECBUILDMPI=false \
-axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2
9) make

◆ gfortran ( check Ubuntu 11.04 )
1) tar zxvf exciting.helium.2010.12.17.gz
2) cd exciting
3) make
4) 5 gfortran を選択
Enter the number of the platform that suites your system best: 5
5) Build MPI binary ? yes
Select the mechanism to include MPI interface variables
1 use MPI module (f90 interfaces) recommended if available
にて 1 を入力
6) Build SMP lib binary (yes/No) yes
bin の中には、excitingmpi, excitingser が生成されている。
------------------------------------------------------------------------------
■ CPMD

◆ ifort
1) download CPMD : http://cpmd.org/
2) tar zxvf cpmd-v3_15_3.tgz
3) cd CPMD
4) CONFIGUREの中から適した環境のファイル名を探す
5) ./mkconfig.sh IFORT-AMD64-MPI-SMP-QMMM > Makefile
Makefile において
FFLAGS = -c -pc64  -O2 -unroll -heap-arrays 64 -openmp \
         -axAVX,SSE4.2,SSE4.1,SSE3,SSSE3,SSE2 
LFLAGS = -L/opt/intel/composer_xe_2013/mkl/lib/intel64/em64t \
-lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_intel_lp64 \
-lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread -lm -openmp \
-L/usr/local/lib -lfftw3_mpi -lfftw3_omp -lfftw3_threads -lfftw3
5) make

◆ gfortran ( check Ubuntu 11.04 )
1) download CPMD : http://cpmd.org/
2) tar zxvf cpmd-v3_15_1.tgz
3) cd CPMD
4) CONFIGUREの中から適した環境のファイル名を探す
./mkconfig.sh LINUX-i686-FEDORA-MPI > Makefile
Makefile において
LFLAGS='-L/usr/lib/ -llapack -lblas -lfftw'
CC = /usr/local/openmpi/bin/mpicc
FC = /usr/local/openmpi/bin/mpif77
LD = /usr/local/openmpi/bin/mpif77
CPPFLAGS = -D__Linux -D__PGI -D__GNU -DFFT_FFTW -DPARALLEL -DMYRINET
mpifcc を /usr/local/openmpi/bin/mpicc へ
mpif77 を /usr/local/openmpi/bin/mpif90 へ
5) make
References
[1] https://extras.csc.fi/chem/courses/cpmd/terminal-intro.pdf

◆ ifort ( check Ubuntu 11.04 )
1) download CPMD : http://cpmd.org/
2) tar zxvf cpmd-v3_15_1.tgz
3) cd CPMD
4) CONFIGUREの中から適した環境のファイル名を探す
5) ./mkconfig.sh PC-IFC-MPI > Makefile
Makefile において
FFLAGS で -axM -tpp6 を削除
LFLAGS = -L/home/*/intel/*/mkl/lib/ia32 -lmkl_blas95 -lmkl_lapack95 -lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lifcore -lguide -lpthread -lsvml -L/usr/lib -lfftw -lfftw_mpi
mpif77 を /usr/local/openmpi/bin/mpif90 へ
5) make

References
[1] https://extras.csc.fi/chem/courses/cpmd/terminal-intro.pdf
------------------------------------------------------------------------------
■ CASINO
Plase, read FAQ
◆ ifort
CASINO(CASINO_v2.12.1_standard.tar.gz )
1) tar zxvf CASINO_v2.12.1_standard.tar.gz
2) cd CASINO
3) ./install
  Auto-detect valid CASINO_ARCHs for this machine
  linuxpc-ifort-parallel
4) [q] Save configuration and quit the installer
5) source ~/.bashrc
6) make OpenmpShm

◆ gfortran ( check Ubuntu 11.04 )
CASINO(CASINO_v2.6_standard.tar.tar)
1) tar zxvf CASINO*
2) cd CASINO
3) .bashrc にて下記を加える。QMC_ARCH ではREADME_ARCHから選択する。
CASINO/arch/make.inc の中にも対応する名称が.inc付きで書かれている。
export QMC_ARCH="linuxpc-gcc-parallel"
export PATH=$PATH:$HOME/CASINO/bin_qmc
4) bash
5) make

◆ ifort ( check Ubuntu 11.04 )
CASINO(CASINO_v2.6_standard.tar.tar)
1) tar zxvf CASINO*
2) cd CASINO
3) .bashrc にて下記を加える。QMC_ARCH ではREADME_ARCHから選択する。
CASINO/arch/make.inc の中にも対応する名称が.inc付きで書かれている。
export QMC_ARCH="linuxpc-ifort-parallel"
export PATH=$PATH:$HOME/CASINO/bin_qmc
4) bash
5) make
------------------------------------------------------------------------------
◆ install needed ab-initio calculation soft ( more detail )

◆ Intel Compiler install( for student )
Intel Compiler
1) google で 「Non-commercial Intel」と入力して検索すると、下記のHPが得られる。
 http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-development/ 
2回目以降は下記のHPが便利(Accept を押す必要は無い):https://registrationcenter.intel.com/RegCenter/MySerialNumbers.aspx?sn=NDM4-KTX8LJ9G&EmailID=publicadressinukai%40yahoo.co.jp&Sequence=987190 
2) Accept を押して、必要事項を記入する。
3) Product for x86_64-bit development にチェックを入れて、Download Now を押す。(最新版で上手くいかない場合は、右下にあるversion の選択を 11.0 にすると良い)
4) 必要事項を記入したときのメールアドレスに添付されている ライセンスファイルをダウンロードして、「Places」→「Home folder」の中に置く。
5) 「Applications」→「System Tools」→「Terminal」 でコマンドを入力できるようにする
6) tar zxvf と入力後、「Downloads」のフォルダを開いて、ダウンロードしたファイルをマウスで左クリックしながら「Terminal」 へ入れる。その後に、Enterを押す。
7) 「Applications」→「System Tools」→「Terminal」 
8) cd と入力後、「parallel_studio_xe_2011...」のファイルを左クリックしながら「Terminal」 へ入れる。
9) ./install.sh
10) 「2. Install as current user to limit access to user level* 」を選択。
11) 「Press "Enter" key to continue or "q" to quit: 」でEnterを入力。
12) 「1. Skip prerequisites [default] 」を選択。
13) 「space」 を押し続け、最後に 「accept」と入力してEnterを押す。
14) 「3. I want to activate either remotely, or by using a license file, or by using a
license manager」を選択。
15) 「2. Use a license file」 を選択。
16) 「Applications」→「System Tools」→「Terminal」 で新しく開いた「Terminal」の中に、ライセンスファイルを入れる。' 'の中をコピーする。
17) 前の「Terminal」に戻って、ペーストし、Enter を押す。
18) 「Press "Enter" key to continue:」でEnterを押す。
19) 「1. Start installation Now」を選択。
20) 「Would you like to overwrite this directory? ( Yes/No ) [ Yes ] :」でEnterを押す。
21) 「1. Skip prerequisites [default]」を選択。
22) 「Please type a selection or press "Enter" to accept default choice [q]:」でqを押す。
23) cd $home
24) emaces .bashrc にて最後の行に下記を書き入れる(user_nameのところが人により異なる)。
  export PATH=$PATH:/opt/intel/vtune_amplifier_xe_2011
  export PATH=$PATH:/opt/intel/inspector_xe_2011
  source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
  ※ version 11.0 などでは、左欄のコンパイラの設定の Intel Fortran : を参考にすると良い。
25) bash にて変更を反映させる(再起動させてもよい)。
26) ifort -v にてFortran コンパイラの動作確認を兼ねてVersion情報を表示させる。
27) icc -v にてC コンパイラの動作確認を兼ねてVersion情報を表示させる。

------------------------------------------------------------------------------
◆ 第一原理計算に必要なライブラリの設定T(Parallel set up)
◇ gfortran case
OpenMPI
1) 「Applications」→「Ubuntu Software Center」で、右上にある検索の欄で、「OpenMPI」を入力して対応するソフトをインストール。
または、sudo apt-get install を用いてインストール。(左欄のandLinuxを参照)
------------------------------------------------------------------------------
◆ 並列計算を実行する前に必要なrshの設定
1) 「Applications」→「Ubuntu Software Center」
2) 右上にある検索の欄で、「rsh-server」を入力して対応するソフトを探す。
3) 下側にインストールするソフトの候補が現れるので、それをクリックして現れる「Install」を押してインストールする。
4) 右上にある検索の欄で、「rsh-client」「rsh-redone-client」を入力して、先と同様にインストールする。
5) rpm -qa rsh-server, rpm -qa xinetd
rsh-server, xinetdがインストールされていることを確認する
6) sudo apt-get install sysv-rc-conf
7) sudo sysv-rc-conf rsh on
ブート時に rsh を自動的に起動するように設定する
8) sudo sysv-rc-conf rlogin on
ブート時にrloginを自動的に起動するように設定する
9) /sbin/service xinetd restart
ブート時にxinetd を自動的に起動するように設定する
10) ホームディレクトリに .rhosts ファイルへ通信するマシン全てとlocalhost.localdomain を記述
kwrite ~/.rhosts または emacs ~/.rhosts
localhost.localdomain
localhost
host1
host2
11) .rhosts のパーミッションを600にする。chmod 600 ~/.rhosts
12) rsh の動作確認
  rsh localhost.localdomain hostname
  rsh localhost hostname
上記の設定では、複数台のPCで動作しないので、下記のHPを参考にしながら、対策方法を探す。
/etc/pam.d/rsh /etc/pam.d/rlogin の編集をまず試してみるか?
もし、ファイアーウォールの設定を元に戻したければ、sudo ufw reset とすればよい。VNCは動作するようになる。
参考HP :
[1] http://mase.itc.nagoya-u.ac.jp/~hirano/pukiwiki/index.php?CentOS5%A4%C7rsh%A4%F2%CD%AD%B8%FA%A4%CB%A4%B9%A4%EB
[2] https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=12631
[3] https://wiki.ubuntulinux.jp/UbuntuTips/DedicatedServer/Ufw
[4] http://static.s59.xrea.com/pukiwiki/index.php?Ubuntu%A4%C7%CE%CC%BB%D2%B2%BD%B3%D8%B7%D7%BB%BB%A4%F2%BB%CF%A4%E1%A4%EB(2)
[5] http://www.proton.jp/main/unix/rsh.html
------------------------------------------------------------------------------
◆ hosts
localhost.localdomain cpu=2
localhost cpu=4
host1
host2
------------------------------------------------------------------------------
◆ 並列計算を実行する前に必要な .mpd.conf の設定
ホームフォルダでの設定 (PWscfで必要)
1) mpd &
2) cd $HOME
3) touch .mpd.conf
4) chmod 600 .mpd.conf
5) emacs .mpd.conf で下記を書き入れる。*****はPCにより異なると思う。
   MPD_SECRETWORD=*****
6) mpd &
------------------------------------------------------------------------------
第一原理計算に必要なライブラリの設定U(Library set up)
◆ gfortran case

A) 「Applications」→「Ubuntu Software Center」で、右上にある検索の欄で、下記の項目を入力して対応するソフトをインストール。
1) 「build-essential」
2) 「libblas-dev」
3) 「liblapack-dev」
4) 「libfftw3」
5) 「libfftw3-dev」

◇ parallel calculation for gfortran
1) 「blacs」 ※ -test 付いたものはインストールしなくてよい
2) 「scalapack」 ※ -test 付いたものはインストールしなくてよい
B) 「Applications」→「Accessories」→「Terminal」
1) sudo apt-get install build-essential
2) sudo apt-get install libblas-dev
3) sudo apt-get install liblapack-dev
4) sudo apt-get install libfftw3
5) sudo apt-get install libfftw3-dev
6) sudo apt-get install libblacs-mpi1
7) sudo apt-get install libblacs-mpi-dev
8) sudo apt-get install libscalapack-mpi1
9) sudo apt-get install libscalapack-mpi-dev

PVM
1) sudo apt-get install blacs1-pvm
2) sudo apt-get install blacs-pvm-dev
3) sudo apt-get install libscalapack-pvm1
4) sudo apt-get install libscalapack-pvm-dev

◆ MKL library ( version 11.0 )
fftw3
1) cd opt/intel/Compiler/11.0/084/mkl/interfaces/fftw3xf
2) sudo bash
3) make libem64t
blas95
1) cd /home/mkl/interfaces/blas95
2) sudo bash
3) make libem64t
lapack95
1) cd /home/mkl/interfaces/lapack95
2) sudo bash
3) make libem64t
http://tsubame.gsic.titech.ac.jp/docs/guides/tsubame2/html/programming.html
------------------------------------------------------------------------------
■ EXC (準備中)
OpenMPI
1) tar zxvf 
2) cd 
3) ./configure F90=mpif90 F90FLAGS="-O2" CC=gcc --with-fftw3="/usr/lib/libfftw3.a" --with-blas="/usr/lib/libblas.a" --with-lapack="/usr/lib/liblapack.a" 
4) make 
5) make tests
6) make install
------------------------------------------------------------------------------
■ DP (準備中)
OpenMPI
1) tar zxvf
2) cd 
3) ./configure
4) make
5) make tests
6) make install
------------------------------------------------------------------------------
■ Yambo
◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
(NetCDF無しの場合) (*はユーザー名にして下さい)
(/home/centos5/PWscfでexpresso-4.3.2を解凍した場合)
1) tar zxvf yambo-3.2.4-rev.17.tar.gz
2) cd yambo-3.2.4-r.855
3) ./configure F77=gfortran FC=gfortran F90=gfortran MPIF=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 MPICC=/usr/local/openmpi/bin/mpicc --with-iotk='/home/*/espresso-4.3.2/iotk' --with-p2y=4.0
4) make yambo interfaces ypp
5) [X] PW (4.0) supportかを確認する。

◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
(NetCDF無しの場合)(*はユーザー名にして下さい)
(/home/centos5/PWscfでexpresso-4.3.2を解凍した場合)
1) tar zxvf yambo-3.2.4-rev.17.tar.gz
2) cd yambo-3.2.4-r.855
3) ./configure F77=ifort FC=ifort F90=ifort MPIF=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 MPICC=/usr/local/openmpi/bin/mpicc --with-iotk='/home/*/espresso-4.3.2/iotk' --with-p2y=4.0
4) make yambo interfaces ypp
5) [X] PW (4.0) supportかを確認する。
-----------------------------------------------------------------------------
■ MEMO

PWscf: espresso-5.0.2.tar.gz
PWgui: pwgui-5.0-linux-x86_64.tgz
PAW: http://theossrv1.epfl.ch/Main/Pseudopotentials  -> pbe.0.3.1.tgz

Abinit: ABINIT 7.6.4
PAW: http://www.abinit.org/downloads/PAW2/JTH-TABLE/index.html  -> http://www.abinit.org/downloads/PAW2/JTH-TABLE/index.html

■ Abinit test case
http://www.abinit.org/downloads/PAW2/JTH-TABLE/index.html  -> C.GGA_PBE-JTH-paw.xml

tpaw1_1.files
----------
tpaw1_1.in
tpaw1_1.out
tpaw1_1i
tpaw1_1o
tpaw1_1tmp
./C.GGA_PBE-JTH-paw.xml
----------

tpaw1_2.files (リリース 12.04 (precise) 64-bit, Intel® Core™ i7-2700K CPU @ 3.50GHz × 8 )
◆ OpenMPI + OpenMP (gfrotran) case
highest speed: export OMP_NUM_THREADS=1 + mpirun -np 4 /usr/local/bin/abinit
Resutls
------------------
export OMP_NUM_THREADS=1
mpirun -np 1 /usr/local/bin/abinit    Proc.   0 individual time (sec): cpu=         16.5  wall=         16.6
mpirun -np 2 /usr/local/bin/abinit    Proc.   0 individual time (sec): cpu=         12.1  wall=         12.1
mpirun -np 2 /usr/local/bin/abinit    Proc.   0 individual time (sec): cpu=         11.0  wall=         11.1
mpirun -np 4 /usr/local/bin/abinit    Proc.   0 individual time (sec): cpu=         10.7  wall=         10.7
mpirun -np 5 /usr/local/bin/abinit    Proc.   0 individual time (sec): cpu=         12.6  wall=         12.6
------------------
export OMP_NUM_THREADS=2
mpirun -np 1 /usr/local/bin/abinit    Proc.   0 individual time (sec): cpu=         21.3  wall=         13.8
mpirun -np 2 /usr/local/bin/abinit    Proc.   0 individual time (sec): cpu=         15.8  wall=         11.2
mpirun -np 3 /usr/local/bin/abinit    Proc.   0 individual time (sec): cpu=         15.3  wall=         11.1
mpirun -np 4 /usr/local/bin/abinit    Proc.   0 individual time (sec): cpu=         15.6  wall=         12.2
------------------
export OMP_NUM_THREADS=3
mpirun -np 1 /usr/local/bin/abinit    Proc.   0 individual time (sec): cpu=         26.5  wall=         13.2
------------------
export OMP_NUM_THREADS=4
mpirun -np 1 /usr/local/bin/abinit    Proc.   0 individual time (sec): cpu=         32.4  wall=         12.9
mpirun -np 2 /usr/local/bin/abinit    Proc.   0 individual time (sec): cpu=         27.9  wall=         12.9
------------------
export OMP_NUM_THREADS=6
mpirun -np 1 /usr/local/bin/abinit    Proc.   0 individual time (sec): cpu=         50.8  wall=         13.9
------------------
export OMP_NUM_THREADS=8
mpirun -np 1 /usr/local/bin/abinit    Proc.   0 individual time (sec): cpu=         91.5  wall=         18.3
------------------
ngkpt 6 6 6
nshiftk 4
shiftk 0.5 0.5 0.5
       0.5 0.0 0.0
       0.0 0.5 0.0
       0.0 0.0 0.5
------------------

QE-ABINIT
0. http://qe-forge.org/gf/project/q-e/frs/?action=FrsReleaseBrowse&frs_package_id=32
  or http://qe-forge.org/gf/project/q-e/frs/?action=FrsReleaseBrowse&frs_package_id=32
1. tar zxvf QE-ABINIT.tar.gz
2. cd QE*
3. patch -p0 -d < QE-ABINIT-diff
----------------------------------------------------------------------------
----------------------------------------------------------------------------
PC (for GCC-4.8)
Release 12.04 (precise) 64-bit
Kernel Linux 3.8.0-29-generic
GNOME 3.4.2
Memory: 7.5 GiB
Processor: Intel® Core™ i7-4770S CPU @ 3.10GHz × 8
Available disk space: 856.9 GiB

----------------------------------------------------------------------------
GCC-4.8
sudo apt-get install python-software-properties
sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test
sudo apt-get update sudo apt-get install gcc-4.8
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.8 50
sudo apt-get update sudo apt-get install g++-4.8
sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-4.8 50
sudo apt-get update sudo apt-get install gfortran-4.8
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gfortran gfortran /usr/bin/gfortran-4.8 50
References
[1] http://askubuntu.com/questions/271388/how-to-install-gcc-4-8
[2] http://askubuntu.com/questions/428198/getting-installing-gcc-g-4-9-on-ubuntu
-----------------------------------------------------------------------------
OpenMPI (GCC-4.8)

1. download: http://www.open-mpi.org/

2. tar zxvf $HOME/Downloads/openmpi-1.8.4.tar.gz
3. cd open*
4. ./configure -prefix=/usr/local/openmpi
5. make
6. sudo make install
□ ( gedit ~/.bashrc  )
# OpenMPI environmental setting
export MPIROOT=/usr/local/openmpi
export PATH=$MPIROOT/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$MPIROOT/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=$MPIROOT/share/man:$MANPATH
-----------------------------------------------------------------------------
FFTW3 (GCC-4.8)
1. http://www.fftw.org/download.html -> fftw-3.3.4.tar.gz
2. tar zxvf $HOME/Downloads/fftw-3.3.4.tar.gz
3. cd fft*

4. ./configure  F77="gfortran -m64 -mtune=native -march=native -O2 -fstack-arrays -m64 -fsignaling-nans -funroll-all-loops -ftree-vectorize -ffast-math -fno-protect-parens -mieee-fp" CC="gcc -O2 -ffast-math -m64 -ftree-vectorize -mtune=native -march=native -funroll-all-loops -mieee-fp" MPICC="mpicc -O2 -ffast-math -m64 -ftree-vectorize -mtune=native -march=native -funroll-all-loops -mieee-fp" --enable-silent-rules --enable-sse2 --enable-avx --enable-mpi --enable-openmp --enable-threads
5. make
6. make check
7. sudo make install

4. ./configure  F77="gfortran -m64 -mtune=native -march=native -O2 -fstack-arrays -m64 -fsignaling-nans -funroll-all-loops -ftree-vectorize -ffast-math -fno-protect-parens -mieee-fp" CC="gcc -O2 -ffast-math -m64 -ftree-vectorize -mtune=native -march=native -funroll-all-loops -mieee-fp" MPICC="mpicc -O2 -ffast-math -m64 -ftree-vectorize -mtune=native -march=native -funroll-all-loops -mieee-fp" --enable-silent-rules --enable-sse2 --enable-avx --enable-mpi --enable-openmp --enable-threads --enable-float
5. make
6. make check

7. sudo make install
--enable-float -> libfftw3f.a
-----------------------------------------------------------------------------
LAPACK (GCC-4.8)
1. http://www.netlib.org/lapack/ -> lapack-3.5.0.tgz
2. tar -zxvf $HOME/Downloads/lapack-3.5.0.tgz
3. cp lapack*
4. cp make.inc.example make.inc
5. gedit make.inc

  OPTS     = -O2 -frecursive -m64 -fstack-arrays -fsignaling-nans -funroll-all-loops -ftree-vectorize -ffast-math -fno-protect-parens -mieee-fp -mtune=native -march=native
  CFLAGS = -O3 -ffast-math -m64 -ftree-vectorize -funroll-all-loops -mieee-fp -mtune=native -march=native
6. make blaslib
7. make lapacklib
8. sudo ln -s ~
/lapack-3.5.0/librefblas.a /usr/local/lib/libblas.a
  sudo ln -s ~/lapack-3.5.0/liblapack.a /usr/local/lib/liblapack.a
※ コンパイルし直すときは、その前に make clean を入力する。
------------------------------------------------------------------------------
■ ATLAS (GCC-4.8)
1. download: http://math-atlas.sourceforge.net/
2. tar xvjf $HOME/Downloads/atlas3.10.2.tar.bz2
3. cd ATLAS
4. mkdir BUILD
5. cd BUILD
6. sudo apt-get install cpufrequtils
7. ../configure -b 64  -C ic gcc -F ic '-O3 -fpic' -C if gfortran -F if  '-O3 -fpic' -Fa al -fpic --with-netlib-lapack-tarfile=$HOME/Downloads/lapack-3.5.0.tgz
8. make
9. make check
10. make ptcheck
11. make time
12. sudo make install

□ link
/usr/local/atlas/lib
libatlas.a  libcblas.a  libf77blas.a  liblapack.a  libptcblas.a  libptf77blas.a


□ using
-Wl,-rpath=/usr/local/atlas/lib -L/usr/local/atlas/lib -llapack -lf77blas -latlas


[1] http://www2.rikkyo.ac.jp/web/tokiwa/menu/bioLib/library/python/atlas.html (icc and ifort)
[2] http://sourceforge.net/p/math-atlas/support-requests/856/
[3] http://d.hatena.ne.jp/saket/20121121/1353475324 (Ubuntu12.04)
[4] http://www-als.ics.nitech.ac.jp/~suzumura/dev_tips/dev_tips2.html (Japanese)
[5] http://askubuntu.com/questions/20271/how-do-i-set-the-cpu-frequency-scaling-governor-for-all-cores-at-once (CPU THROTTLING OFF)
[6] http://askubuntu.com/questions/523640/how-i-can-disable-cpu-frequency-scaling-and-set-the-system-to-performance
[7] http://www.jsces.org/Issue/Journal/pdf/nakata-0411.pdf
[8] http://www.abc-lib.org/MyHTML/paper/Taikai2004-03%28Kinoshita%29.pdf
------------------------------------------------------------------------------
■ GotoBLAS (GCC-4.8)
1. download: https://www.tacc.utexas.edu/research-development/tacc-software/gotoblas2
2. tar zxvf $HOME/Downloads/GotoBLAS2-1.13.tar.gz
3. cd GotoBLAS2
4. cat /proc/cpuinfo
5. gedit Makefile.rule
6. ./quickbuild.64bit
7. sudo ln -s ~/GotoBLAS2/libgoto2.a /usr/local/lib/libgoto2.a

□ using
gfortran -o case case.f -L/usr/local/lib -lgoto2 -lpthread

※1 最大スレッド数は goto_set_num_threads(整数)で指定
※2 GotoBLAS include automatically LAPACK
-----------------------------------------------------------------------------
OpenBLAS (GCC-4.8)
1. download: http://www.openblas.net/ -> TAR
2. tar zxvf $HOME/Downloads/xianyi-OpenBLAS-v0.2.13-0-g51ce5ef.tar.gz
3. cd xia*
4. gedit GotoBLAS_02QuickInstall.txt
5. make
6. sudo make install
 or sudo make PREFIX=/usr/local/ install

 OpenBLAS build complete. (BLAS CBLAS LAPACK LAPACKE)

  OS               ... Linux             
  Architecture     ... x86_64               
  BINARY           ... 64bit                 
  C compiler       ... GCC  (command line : gcc)
  Fortran compiler ... GFORTRAN  (command line : gfortran)
  Library Name     ... libopenblas_haswellp-r0.2.13.a (Multi threaded; Max num-threads is 8)

To install the library, you can run "make PREFIX=/path/to/your/installation install".

□ using
gfortran -o case case.f -L/opt/OpenBLAS/lib -lopenblas -lpthread
 or gfortran -o case case.f -L/usr/local/lib -lopenblas -lpthread
-----------------------------------------------------------------------------
ScaLAPACK (+BLACS) (GCC-4.8)
1. download: http://www.netlib.org/scalapack/
2. tar zxvf $HOME/Downloads/scalapack-2.0.2.tgz
3. cd sca*
4. cp SLmake.inc.example SLmake.inc
5. gedit SLmake.inc
  FCFLAGS       = -O3 -fstack-arrays -m64 -fsignaling-nans -funroll-all-loops -mtune=native -march=native -ftree-vectorize -ffast-math -fno-protect-parens -mieee-fp
  CCFLAGS       = -O3 -ffast-math -m64 -ftree-vectorize -mtune=native -march=native -funroll-all-loops -mieee-fp
  BLASLIB       = /usr/local/lib/libblas.a
  LAPACKLIB     = /usr/local/lib/liblapack.a
  or
  BLASLIB       = /usr/local/lib/libgotoblas2.a
  LAPACKLIB     = /usr/local/lib/libgotoblas2.a
  or
  BLASLIB       = /usr/local/lib/libopenblas.a
  LAPACKLIB     = /usr/local/lib/libopenblas.a
6. make lib
7. sudo ln -s ~/scalapack-2.0.2/libscalapack.a /usr/local/lib/libscalapack.a
※ コンパイルし直すときは、その前に make clean を入力する。
-----------------------------------------------------------------------------
ACML
ACML 4.4.0 (gfortran , gcc)
0) download: http://developer.amd.com/tools-and-sdks/cpu-development/amd-core-math-library-acml/ -> Archived Downloads
1) mkdir acml4.4.0
2) cd acml4.4.0
3) tar zxvf $HOME/Downloads/acml-4-4-0-gfortran-64bit1.tgz
4) sudo ./install-acml-4-4-0-gfortran-64bit.sh
6) gedit ~/.bashrc
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/acml4.4.0/gfortran64_mp/lib:$LD_LIBRARY_PATH

ACML 5.3.1 (gfortran , gcc)
1. download: http://developer.amd.com/tools-and-sdks/cpu-development/amd-core-math-library-acml/ -> Downloads -> Get the latest downloads from the table below.
2. mkdir ACML-5.3.1
3. cd ACML-5.3.1
4. tar zxvf $HOME/Downloads/acml-5-3-1-gfortran-64bit.tgz
5. sudo ./install-acml-5-3-1-gfortran-64bit.sh
6. gedit ~/.bashrc
    export LD_LIBRARY_PATH=/opt/acml5.3.1/gfortran64_mp/lib:$LD_LIBRARY_PATH
7. bash
------------------------------------------------------------------------------
■ XcrySDen
1) download: http://www.xcrysden.org/Download.html
2) tar zxvf $HOME/Downloads/xc-1.5.23-linux_x86_64-semishared.tar.gz
3) cd XCr*
4) ./xcConfigure
5) Do you have a CRYSTAL package ([y]es/[n]o): n
6) Is this correct ([y]es/[n]o): y
7) Would you like to add xcrysden icon to the desktop ([y]es/[n]o): n
8) bsah
* command: xcrysden
------------------------------------------------------------------------------
■ VESTA
1. download: http://jp-minerals.org/vesta/jp/
2. tar xjf $HOME/Downloads/VESTA-x86_64.tar.bz2
check
3. ./VESTA
-----------------------------------------------------------------------------
■ WIEN2k (OpenMP + OpenMPI + FFTW3 + Netlib Lapack blas + GotoBLAS + {Scalapack + OpenBLAS}) (GCC-4.8)
1) mkdir WIEN2k_14
2) cd WIEN2k_14
3) cp $HOME/Downloads/WIEN2k_14.2.tar .
4) tar xvf WIEN2k_14.2.tar
5) gunzip *.gz
6) chmod +x ./expand_lapw
7) ./expand_lapw
8) continue (y/n) y
9) ./siteconfig_lapw
10) continue or stop (c/s) c
11) Specify a system
  1. v
  2. gfortran, gcc
  3. Current settings:
 O   Compiler options:        -ffree-form -O2 -ffree-line-length-none -mpc80 -fstack-arrays -m64 -fsignaling-nans -funroll-all-loops -mtune=native -march=native -ftree-vectorize -ffast-math -fno-protect-parens -mieee-fp
 F   FFTW options:            -DFFTW3 -I/usr/local/include
 L   Linker Flags:            $(FOPT) -lfftw3_mpi -lfftw3_omp -lfftw3_threads -lfftw3 -L/usr/local/lib
 P   Preprocessor flags       '-DParallel
 R   R_LIB (LAPACK+BLAS):     -llapack -lblas -lgoto2 -lpthread -fopenmp
 FL  FFTW_LIBS:               -lfftw3_mpi -lfftw3 -L/usr/local/lib
  4. Shared Memory Architecture? (y/n):y
  5. (like taskset -c). Enter N / your_specific_command:
  6. Set MPI_REMOTE to 0 / 1:
  7. Your compiler: mpif90
  8.  Current settings:
         FFTW_LIB + FFTW_OPT    : -lfftw3_mpi -lfftw3 -L/usr/local/lib  +  -DFFTW3 -I/usr/local/include (already set)
     RP  RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS): -L/usr/local/lib -lscalapack $(R_LIBS)
     FP  FPOPT(par.comp.options): -ffree-form -O2 -ffree-line-length-none -mpc80 -fstack-arrays -m64 -fsignaling-nans -funroll-all-loops -mtune=native -march=native -ftree-vectorize -ffast-math -fno-protect-parens -mieee-fp
     MP  MPIRUN commando        : mpirun -np _NP_ -machinefile _HOSTS_ _EXEC_
12) a
13) ./userconfig
14) bash
15) w2web

SRC_lapwso/modules.F
< INTEGER,allocatable :: rc_index(:,:,:)
< integer,allocatable :: rc_index_up(:,:,:),rc_index_dn(:,:,:)
-----
> LOGICAL,allocatable :: rc_index(:,:,:)
> logical,allocatable :: rc_index_up(:,:,:),rc_index_dn(:,:,:)

TiC:  start (Fri Jan 23 22:22:07 JST 2015) with lapw0 (40/99 to go) ->  cycle 9 (Fri Jan 23 22:22:25 JST 2015) (32/91 to go) = 18 s
para:  start (Fri Jan 23 22:24:43 JST 2015) with lapw0 (40/99 to go) ->  cycle 9 (Fri Jan 23 22:25:25 JST 2015) (32/91 to go) = 32 s
export OMP_NUM_THREADS=1 -> export OMP_NUM_THREADS=4:  start (Fri Jan 23 22:27:36 JST 2015) with lapw0 (40/99 to go) -> cycle 9 (Fri Jan 23 22:27:53 JST 2015) (32/91 to go) = 17 s

other success setting ( test TiC: 17 - 18 s )
-----
 L   Linker Flags:            $(FOPT) -lfftw3_mpi -lfftw3_omp -lfftw3_threads -lfftw3 -L/usr/local/lib -Wl,-rpath=/usr/local/lib
 R   R_LIB (LAPACK+BLAS):     -llapack -lblas -lopenblas -lpthread -fopenmp
-----

other success setting ( test TiC: 17 - 18 s )
-----
 L   Linker Flags:            $(FOPT) -L/usr/local/lib -Wl,-rpath=/usr/local/lib
 R   R_LIB (LAPACK+BLAS):     -llapack -lopenblas -lpthread -fopenmp
-----
Cu5Zn8:(export OMP_NUM_THREADS=4 case)  start (Sat Jan 24 09:49:10 JST 2015) with lapw0 (40/99 to go) ->  cycle 15 (Sat Jan 24 10:28:16 JST 2015) (26/85 to go) = 38 m 54 s / 15 cycles = 155.6 / cycle = 3 min / cycle

other success setting ( test TiC: 17 - 18 s )
-----
 L   Linker Flags:            $(FOPT) -L/usr/local/lib -Wl,-rpath=/usr/local/lib -L/usr/local/atlas/lib -Wl,-rpath=/usr/local/atlas/lib
 R   R_LIB (LAPACK+BLAS):     -llapack -lf77blas -latlas
-----


umsuccess
-----
 R   R_LIB (LAPACK+BLAS):     -llapack -lgoto2 -lpthread -fopenmp
-----
 L   Linker Flags:            $(FOPT)  -I/opt/acml5.3.1/gfortran64_mp/include -L/usr/local/lib -Wl,-rpath=/usr/local/lib -L/opt/acml5.3.1/gfortran64_mp/lib -Wl,-rpath=opt/acml5.3.1/gfortran64_mp/lib
 R   R_LIB (LAPACK+BLAS):     -lacml_mp -fopenmp

Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.
Backtrace for this error:
#0 0x2AAEA2F46597
#1 0x2AAEA2F46BAE
#2 0x2AAEA39B214F
#3 0x2AAEA14ED0C5
-----

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