GAMESS

 GAMESSやGaussianに対する有用なGUIを下記に紹介する。ここでは、GAMESSやopenMOPAC及び下記のGUIの導入が容易なWindows OSに対して解説を行う。
------------------------------------------------------------------------------
※1 研究資金があれば、計算速度の速いGaussianを購入するほうが良い。資金が無くLinux OSを扱うことができれば、GAMESSをコンパイルして使用。windowsしか扱えなければ、Fireflyを選択し、それでも駄目であればGAMESSを選択する。
※2 NMRの結果は系にもよるがGaussianの方が計算速度が110倍程度早い。Gaussianで3分の計算もGAMESSでは350分程度かかる。Gaussianは周期系の計算も行え、特定の原子を固定しての構造最適化もし易い。
※3 それでもGAMESSおよびFireflyを選択したい方のために色々と記述していきます。
------------------------------------------------------------------------------
無償で利用可能なGUI

a) Winmostar : http://winmostar.com/
  マニュアルも読んでおくと良いし、下記のソフトも導入しておくと良い。
  openMOPAC : http://openmopac.net/index.html
  Youtube では操作方法も公開されている。
  http://www.youtube.com/watch?v=ajdGnlLr2y4

b) Facio : http://www1.bbiq.jp/zzzfelis/

c) Ascalaph Quantum : http://jaist.dl.sourceforge.net/project/ascalaphquantum/AscalaphQuantum.zip 
CP2kが即座に利用可能。PC GAMESS / Firefily, CP2k, NWChemに対応

d) GaussSum : http://gausssum.sourceforge.net/
  GaussianやGAMESSで計算した結果から状態密度分布(DOS)や全エネルギーの変化をプロットできる。

以下のコードも手に入れておくと便利であろう。
a) Molworks : http://www.molworks.com/en/

参考文献 :
http://www.jstage.jst.go.jp/article/cicsj/23/5/139/_pdf/-char/ja/
http://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/5/1/23/_pdf/-char/ja/
http://j-molsci.jp/np/NP009.pdf

WinGAMESS QM/MM計算
参考HP : http://pc-chem.info/a00/a02gamess/wingamessqmmm_2.html
------------------------------------------------------------------------------
GAMESSのコンパイル
セットアップから使用方法まで下記のHPの方が私のHPよりも詳しい(感謝)。
[1] https://sites.google.com/site/octaphyrin/documents/gamess/getgamess
[2] https://sites.google.com/site/beiwangluzhendongwunonetazhang/gamess-dao-ru-shi-yong-fa-guan-lian 
[3] http://www3.u-toyama.ac.jp/kihara/cc/wm/
[4] https://sites.google.com/site/harano2011/mu-ci/windows7-64-bit-degamess-bing-lie-chu-li
[5] https://sites.google.com/site/harano2011/cccccc/saba/firefly
[6] http://www.sccj.net/publications/JCCJ/v4n1/a11/document.pdf
[7] http://staff.aist.go.jp/d.g.fedorov/fmo/GAMESS-FMO_J.pdf
[8] http://winmostar.com/pio/pio_man.pdf
[9] http://pc-chem.info/a00/a02gamess/
[10] http://excelqc.web.fc2.com/index.html
[11] http://beken.cc.miyakonojo-nct.ac.jp/wordpress/md/2008/10/19/wingamess%EF%BC%88%E9%9D%9E%E7%B5%8C%E9%A8%93%E7%9A%84%E5%88%86%E5%AD%90%E8%BB%8C%E9%81%93%E8%A8%88%E7%AE%97%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%A0%EF%BC%89%E3%81%AE%E3%82%BB%E3%83%83%E3%83%88/
------------------------------------------------------------------------------
GAMESSの利用
『すぐできる 量子化学計算ビギナーズマニュアル 』
『Gaussianプログラムによる量子化学計算マニュアル 計算入力法から実験値との比較まで 』(NMRの計算に関する記述がある)
  使用方法は上記の文献を参考にすれば良いが、Raman分光の計算をする方法については詳細に解説さていない。そのため、本解説では、特にWinmostarを用いたRaman分光の計算方法を採り上げる。
  さらにアドヴァンスドとして、情報機構主催の『GAMESS実践Q&Aセミナー』や『Gaussian実践Q&Aセミナー』に参加すると良いだろう。講師の株式会社 クロスアビリティ 代表取締役社長の古賀氏や株式会社 Transition State Technology 代表取締役社長 山口氏、株式会社 テンキューブ研究所 代表取締役社長 千田氏が丁寧に回答して下さる。
右記のHPも良い: http://pc-chem.info/a00/a02gamess/

WinmostarによるRaman分光の結果の得方
1) RUNTYP=OPTIMIZEで計算
2) RUNTYP=HESSIANで計算
3) case.pun(case=ファイル名)にある$HESS 〜 $ENDまでをコピーして、
  GAMESS Setupの一番上の空欄にペースト
4) $STARTでHESSをREADにする
5) RUNTYP=RAMANで計算

FacioWinmostarによるRaman分光の結果の得方
計算方法は下記のHPに記載されている。
(下記のまとめは、参考文献 http://egfinal.jp/another/gamess.html より作成)
「 振動解析:File>Load new gamess output for optimized geometry→$CONTROLのRUNTYPをHessianに変更して計算。
Raman:Hessian演算後、File>Get HESS grout from gamess punchでHessian演算の結果を読み取り→RUNTYPをRAMANに変更して計算」

TDDFTを用いた紫外・可視光吸収スペクトルの計算方法(編集中)

電場の掛け方(調査中)
下記を入力ファイルに加える。(a.u. 単位)
$EFIELD EVEC=0.0 0.0 0.001 $END
参考HP : http://phoenix.liu.edu/~nmatsuna/gamess/input/EFIELD.html

GAMESSとTINKERの併用
参考HP : http://blog.3016.net/2006/04/gamesstinkerqmmm.html

GAMESSによるFMO計算
参考HP : http://ccinfo.ims.ac.jp/nanogc/coop/coop2.html

GAMESS 関係のGUI
http://www.msg.ameslab.gov/graphics/other.html

------------------------------------------------------------------------------
QRコード
携帯用QRコード
アクセス数
ページビュー数
[無料でホームページを作成] [通報・削除依頼]