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Ubuntu 11.04 (32bit)

 ここでは、VMware Player上で Ubuntu 11.04 をインストールし、第一原理計算コードをセットアップするまでを解説する。 (64bitはOSをx86_64にして、intel compiler において、ia32 を intel64にし、ライブラリを64bitのタイプに指定することで可能になる)
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VMware Player
  1) google で「VMware Player 」と入力して検索すると、下記のHPが得られる。
    https://www.vmware.com/jp/tryvmware/?p=player&lp=1 にて 無償ダウンロード登録に必要事項を記入する。
  2) VMware Player (32 ビットおよび 64 ビット版 Windows 用)で、クリックして手動でダウンロード を選択すれば良いだろう。
  3) ダウンロードしたファイルを実行する。
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Ubuntu 11.04  のインストール
  1) google で 「riken linux」と入力して検索すると、下記のHPが得られる。
    http://ftp.riken.go.jp/Linux/
  2) 「ubuntu-iso/」→「CDs-Ubuntu/」→「Ubuntu 11.04 (Natty Narwhal) 」→「ubuntu-11.04-desktop-i386.iso」
  3) 「ubuntu-11.04-desktop-i386.iso」をirvine1_3_0などでダウンロードする。
  4) VMware Player を立ち上げて、「新規仮想マシンの作成(N)」を選択する。
  5) 「インストーラ ディスク イメージ ファイル (M)(iso): 」で「参照(R)...」を押して、先ほどダウンロードしたisoファイル「ubuntu-11.04-desktop-i386.iso」を選択し、次へを押す。
  6) 今後使用するパスワードをなどを設定していけばインストールは完了する。
  7) ubuntu login: と Passwordを入力。
  8) sudo apt-get update と入力し、パスワードを入力する。
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Ubuntu 11.04 の終了と再起動
  1) 「System」→「Shut Down...」
  2) 「Shut Down」を選択すれば終了。「Restart」を選択すれば再起動される。
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仮想マシン設定の編集
  1) 左欄からインストールしたLinux OSを選択する。
  2) 右下にある「仮想マシン設定の編集」を選択する。
  3) メモリを推奨最大メモリに設定する。
  4) プロセッサを選択し、プロセッサ コアの数を設定する。(Core 2 Quadであれば、2や4)を選択する。
  5) 設定が終われば 「OK」を押す。
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仮想マシンの再生(Ubuntu10.04 の起動)
  1) 左欄からインストールしたUbuntu10.04 を選択する。
  2) 右下にある「仮想マシンの再生」を選択する。
  3) 上記で起動する。
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第一原理計算に必要なソフトのダウンロードT(「Terminal」上)
  1) 「Applications」→「Accessories」→「Terminal」
  2) sudo apt-get install csh
  3) 以後、この「Terminal」で、下記のようにコマンドを入力していく。
  
  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
  1) sudo apt-get install gfortran

  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  1) sudo apt-get install kwrite
  2) cd /etc/apt
  3) sudo kwrite sources.list
  4) deb http://ftp.nara.wide.ad.jp/debian squeeze main を最後の行に入力してSAVE
  5) Applications を開いて、Ubuntu Software Center にて libstdc++5 を検索する
または sudo apt-get install libstdc++5 と入力
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第一原理計算に必要なソフトのダウンロードU(Compiler install)

  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  Intel Compiler
  1) google で 「Non-commercial Intel」と入力して検索すると下記のHPが得られる。
http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-development/
  2) Accept を押して、必要事項を記入する。
  3) Product for x86_64-bit development にチェックを入れて、Download Now を押す。(最新版で上手くいかない場合は、右下にある version の選択を 11.0 にすると良い)
  4) 必要事項を記入したときのメールアドレスに添付されている ライセンスファイルをダウンロードして、「Places」→「Home folder」の中に置く。
  5) 「Applications」→「System Tools」→「Terminal」 でコマンドを入力できるようにする
  6) tar zxvf と入力後、「Downloads」のフォルダを開いて、ダウンロードしたファイルをマウスで左クリックしながら「Terminal」 へ入れる。その後に、Enterを押す。
  7) 「Applications」→「System Tools」→「Terminal」 
  8) cd と入力後、「parallel_studio_xe_2011...」のファイルを左クリックしながら「Terminal」 へ入れる。
  9) ./install.sh
  10) 「3. Install as current user to limit access to user level* 」を選択。
  11) 「Press "Enter" key to continue or "q" to quit: 」でEnterを入力。
  12) 「1. Skip prerequisites [default] 」を選択。
  13) 「space」 を押し続け、最後に 「accept」と入力してEnterを押す。
  14) 「3. I want to activate either remotely, or by using a license file, or by using a
license manager」を選択。
  15) 「2. Use a license file」 を選択。
  16) 「Applications」→「System Tools」→「Terminal」 で新しく開いた「Terminal」の中に、ライセンスファイルを入れる。' 'の中をコピーする。
  17) 前の「Terminal」に戻って、ペーストし、Enter を押す。
  18) 「Press "Enter" key to continue:」でEnterを押す。
  19) 「1. Start installation Now」を選択。
  20) 「Would you like to overwrite this directory? ( Yes/No ) [ Yes ] :」でEnterを押す。
  21) 「1. Skip prerequisites [default]」を選択。
  22) 「Please type a selection or press "Enter" to accept default choice [q]:」でqを押す。
    この後に表示されている。/home/...以後の情報をメモしておく。
  23) cd $home
  24) emaces .bashrc にて最後の行に下記を書き入れる(user_nameのところが人により異なる)。
    export PATH=$PATH:/home/user_name/intel/vtune_amplifier_xe_2011
    export PATH=$PATH:/home/user_name/intel/inspector_xe_2011
    source /home/user_name/intel/bin/compilervars.sh ia32
※ version 11.0 などでは、左欄のコンパイラの設定の Intel Fortran : を参考にすると良い。
  25) bash にて変更を反映させる(再起動させてもよい)。
  26) ifort -v にてFortran コンパイラの動作確認を兼ねてVersion情報を表示させる。
  27) icc -v にてC コンパイラの動作確認を兼ねてVersion情報を表示させる。

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第一原理計算に必要なライブラリの設定T(Parallel set up)
  ◇ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)

  MPICH
  1) 「Applications」→「Ubuntu Software Center」で、右上にある検索の欄で、「MPICH」を入力して対応するソフトをインストール。

  または、sudo apt-get install を用いてインストール。(左欄のandLinuxを参照)

  MPICH2

  1) 「Applications」→「Ubuntu Software Center」で、右上にある検索の欄で、「MPICH2」を入力して対応するソフトをインストール。

   またh、sudo apt-get install を用いてインストール。(左欄のandLinuxを参照)

  OpenMPI

  1) 「Applications」→「Ubuntu Software Center」で、右上にある検索の欄で、「OpenMPI」を入力して対応するソフトをインストール。

  または、sudo apt-get install を用いてインストール。(左欄のandLinuxを参照)

  LAM

  1) 「Applications」→「Ubuntu Software Center」で、右上にある検索の欄で、「LAM」を入力して対応するソフトをインストール。

  または、sudo apt-get install を用いてインストール。(左欄のandLinuxを参照)

  PVM

  1) 「Applications」→「Ubuntu Software Center」で、右上にある検索の欄で、「PVM」を入力して対応するソフトをインストール。

  または、sudo apt-get install を用いてインストール。(左欄のandLinuxを参照)

  ◇ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  MPICH
  1) googleで「mpich」と入力して検索する。下記のHPが得られる。
    http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/
  2) 「Downloads Page >>」に向かう。
  3) 一番下にあるMPICH-1をクリックして、ダウンロードする。
  4) tar zxvf と入力後、「Downloads」のフォルダを開いて、ダウンロードしたファイルをマウスで左クリックしながら「Terminal」 へ入れる。その後に、Enterを押す。
  5) cd と入力後、「Downloads」のフォルダを開いて、ダウンロードしたファイルをマウスで左クリックしながら「Terminal」 へ入れる。その後に、Enterを押す。
  6) ./configure -prefix=/usr/local/mpich -opt=-O2 -c++=icpc -cc=icc -fc=ifort -f90=ifort -f77=ifort --with-arch=LINUX
  7) make
  8) sudo su
  9) make install
  10) 各コンパイルでのコマンドは下記のようになる。
    Fortran 77: /usr/local/mpich/bin/mpif77
    Fortran 90: /usr/local/mpich/bin/mpif90
    C : /usr/local/mpich/bin/mpicc

  OpenMPI (インストール後は再起動すること!)
  1) googleで「openmpi」と入力して検索する。下記のHPが得られる。
    http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.4/ 
  2) openmpi-1.4.3.tar.gz をダウンロードする。
  3) tar zxvf openmpi-1.4.3.tar.gz
  4) cd openmpi-1.4.3
  5) ./configure -prefix=/usr/local/openmpi CXX=icpc CC=icc FC=ifort F90=ifort F77=ifort
  6) make
  7) sudo su
  8) make all install
  9) 各コンパイルでのコマンドは下記のようになる。
    Fortran 77: /usr/local/openmpi/bin/mpif77
    Fortran 90: /usr/local/openmpi/bin/mpif90
   C : /usr/local/openmpi/bin/mpicc
   C++ : /usr/local/openmpi/bin/mpicxx

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並列計算を実行する前に必要なrshの設定
  1) 「Applications」→「Ubuntu Software Center」

  2) 右上にある検索の欄で、「rsh-server」を入力して対応するソフトを探す。
  3) 下側にインストールするソフトの候補が現れるので、それをクリックして現れる「Install」を押してインストールする。

  4) 右上にある検索の欄で、「rsh-client」「rsh-redone-client」を入力して、先と同様にインストールする。
  5) rpm -qa rsh-server, rpm -qa xinetd
    rsh-server, eintedがインストールされていることを確認する
  6) sudo apt-get install sysv-rc-conf
  7) sysv-rc-conf rsh on
    ブート時に rsh を自動的に起動するように設定する
  8) sysv-rc-conf rlogin on
    ブート時にrloginを自動的に起動するように設定する
  9) /sbin/service xinetd restart
    ブート時にxinetd を自動的に起動するように設定する
  10) ホームディレクトリに .rhosts ファイルへ通信するマシン全てとlocalhost.localdomain を記述
    kwrite ~/.rhosts または emacs ~/.rhosts
    localhost.localdomain
    localhost
    host1
    host2
  11) .rhosts のパーミッションを600にする。chmod 600 ~/.rhosts
  12) rsh の動作確認
    rsh localhost.localdomain hostname
    rsh localhost hostname
参考HP : http://mase.itc.nagoya-u.ac.jp/~hirano/pukiwiki/index.php?CentOS5%A4%C7rsh%A4%F2%CD%AD%B8%FA%A4%CB%A4%B9%A4%EB
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第一原理計算に必要なライブラリの設定U(Library set up)
  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)

  A) 「Applications」→「Ubuntu Software Center」で、右上にある検索の欄で、下記の項目を入力して対応するソフトをインストール。

    1) 「build-essential」

    2) 「libblas-dev」

    3) 「liblapack-dev」

    4) 「fftw2」

    5) 「fftw-dev」

    6) 「libfftw3-3」

    7) 「libfftw3-dev」

    ◇ 並列化

    1) 「blacs」 ※ -test 付いたものはインストールしなくてよい

    2) 「scalapack」 ※ -test 付いたものはインストールしなくてよい
  B) 「Applications」→「Accessories」→「Terminal」
    1) sudo apt-get install build-essential
    2) sudo apt-get install libblas-dev
    3) sudo apt-get install liblapack-dev
    4) sudo apt-get install fftw2
    5) sudo apt-get install fftw-dev
    6) sudo apt-get install libfftw3-3
    7) sudo apt-get install libfftw3-dev

    ◇ 並列化

    1) sudo apt-get install libblacs-mpi1

    2) sudo apt-get install libblacs-mpi-dev

    3) sudo apt-get install libscalapack-mpi1

    4) sudo apt-get install libscalapack-mpi-dev

    PVM

    1) sudo apt-get install blacs1-pvm

    2) sudo apt-get install blacs-pvm-dev

    3) sudo apt-get install libscalapack-pvm1

    4) sudo apt-get install libscalapack-pvm-dev


  最速の設定を目指す場合はGotoBLASやATLASでScalapackを作成する

  FFT: 左欄の「ライブラリの設定」を参照
  BLACS: 左欄の「ライブラリの設定」を参照
  ScaLapack: 左欄の「ライブラリの設定」を参照

  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  ◇ 並列化
  FFT: 左欄の「ライブラリの設定」を参照
  BLACS: 左欄の「ライブラリの設定」を参照
  ScaLapack: 左欄の「ライブラリの設定」を参照

付録:MKL FFTW3(Phase のインストールマニュアルを参考)
1) cd opt/intel/Compiler/11.0/084/mkl/interfaces/fftw3xf
2) make lib32
3) ライブラリファイルのlibfftw3xf_intel.a は /opt/intel/Compiler/11.0/084/mkl/lib/32 にある。
※ 管理者権限が必要ないところにインストールすると上手く動作している。mkl を home にコピーしてコンパイルしてみるとよい。
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第一原理計算のセットアップ PWscf
  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
  ◇ 並列化

  MPICH2 version 1.2.1
  1) tar zxvf expresso-4.3.2.tar.gz
  2) cd expresso-4.3.2
  3) ./configure MPIF90=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 CXX=g++ CC=gcc FC=gfortran F77=gfortran F90=gfortran BLAS_LIBS="-L/usr/lib -lblas" LAPACK_LIBS="-L/usr/lib -llapack" FFT_LIBS="-L/usr/lib -lfftw3"
  4) make all
  5) mpirun -machinefile /home/*/hosts -np 2 /home/*/espresso-4.3.2/bin/pw.x <atom.in> atom.out にて計算が成功する。

  ◇ 並列化

  OpenMPI
  1) tar zxvf expresso-4.3.2.tar.gz
  2) cd expresso-4.3.2
  3) ./configure MPIF90=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 CXX=g++ CC=gcc FC=gfortran F77=gfortran F90=gfortran BLAS_LIBS="-L/usr/lib -lblas" LAPACK_LIBS="-L/usr/lib -llapack" FFT_LIBS="-L/usr/lib -lfftw3"
  4) make all
  5) /usr/lib/openmpi/bin/mpirun -machinefile /home/*/hosts -np 2 /home/*/espresso-4.3.2/bin/pw.x <atom.in> atom.out 

  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  ◇ 並列化

  OpenMP
  1) tar zxvf expresso-4.3.2.tar.gz
  2) cd expresso-4.3.2
  3) ./configure CXX=g++ CC=gcc FC=ifort F77=ifort F90=ifort  --enable-openmp --with-internal-blas --with-internal-lapack --with-internal-fftw
  4) make all
  5) /home/*/espresso-4.3.2/bin/pw.x <atom.in> atom.out にて計算が成功する。
  ※ mpi に関するエラーが出る場合は、MPI_LIBS=" " とすると良い。

  ◇ 並列化 

  OpenMPI
  1) tar zxvf expresso-4.3.2.tar.gz
  2) cd expresso-4.3.2
  3) ./configure MPIF90=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 CXX=g++ CC=gcc FC=ifort F77=ifort F90=ifort --with-internal-blas --with-internal-lapack --with-internal-fftw
  4) make all
  5) /usr/local/openmpi/bin/mpirun -machinefile /home/*/hosts -np 2 /home/*/espresso-4.3.2/bin/pw.x <atom.in> atom.out

参考:http://sourceforge.jp/magazine/08/12/24/123237/3
http://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/pukiwiki/index.php?Quantum-Espresso%A4%CE%A5%A4%A5%F3%A5%B9%A5%C8%A1%BC%A5%EBPC
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第一原理計算のセットアップ CPMD
  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
  ◇ 並列化

  CPMD setup
  1) download CPMD : http://cpmd.org/ 
  2) tar zxvf cpmd-v3_15_1.tgz
  3) cd CPMD
  4) CONFIGUREの中から適した環境のファイル名を探す
    ./mkconfig.sh LINUX-i686-FEDORA-MPI > Makefile
    Makefile において
      LFLAGS='-L/usr/lib/ -llapack -lblas -lfftw'

      CC = /usr/local/openmpi/bin/mpicc 
      FC = /usr/local/openmpi/bin/mpif77
      LD = /usr/local/openmpi/bin/mpif77

      CPPFLAGS = -D__Linux -D__PGI -D__GNU -DFFT_FFTW -DPARALLEL -DMYRINET

      mpifcc を /usr/local/openmpi/bin/mpicc へ

      mpif77 を /usr/local/openmpi/bin/mpif90 へ
  5) make
References
[1] https://extras.csc.fi/chem/courses/cpmd/terminal-intro.pdf 

  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  ◇ 並列化

  CPMD setup
  1) download CPMD : http://cpmd.org/
  2) tar zxvf cpmd-v3_15_1.tgz
  3) cd CPMD
  4) CONFIGUREの中から適した環境のファイル名を探す
  5) ./mkconfig.sh PC-IFC-MPI > Makefile
    Makefile において
    FFLAGS で -axM -tpp6 を削除
    LFLAGS = -L/home/*/intel/*/mkl/lib/ia32 -lmkl_blas95 -lmkl_lapack95 -lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lifcore -lguide -lpthread -lsvml -L/usr/lib -lfftw -lfftw_mpi
    mpif77 を /usr/local/openmpi/bin/mpif90 へ
  5) make
References
[1] https://extras.csc.fi/chem/courses/cpmd/terminal-intro.pdf 

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第一原理計算のセットアップ ABINIT
  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
  ◇ 並列化

  MPICH2
  1) tar zxvf abinit-6.8.1.tar.gz
  2) cd abinit-6.8.1
  3) ./configure CC=gcc FC=mpif90 --enable-gw-cutoff --enable-gw-dpc --enable-gw-optimal --enable-gw-wrapper --enable-vdwxc --enable-mpi  LDFLAGS=-L/usr/lib LIBS="-llapack -lblas -lfftw3" --with-trio-flavor="none" --with-dft-flavor="none"
  4) make multi multi_nprocs=2
  5) make install
  6) mpirun -machinefile /home/*/hosts -np 2 abinit <case.files> case.log
 
  ◇ 並列化

  OpenMPI
  1) tar zxvf abinit-6.8.1.tar.gz
  2) cd abinit-6.8.1
  3) ./configure --enable-gw-cutoff --enable-gw-dpc --enable-gw-optimal --enable-gw-wrapper --enable-vdwxc --enable-mpi CC=icc FC=/usr/lib/openmpi/bin/mpif90 LDFLAGS="-L/usr/lib" LIBS="-llapack -lblas" --with-trio-flavor="none" --with-trio-flavor="none" --with-dft-flavor="none"
  4) make multi multi_nprocs=2
  5) make install
  6) /usr/lib/openmpi/bin/mpirun -machinefile /home/*/hosts -np 2 abinit <case.files> case.log

  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  ◇ 並列化

  OpenMPI
  1) tar zxvf abinit-6.8.1.tar.gz
  2) cd abinit-6.8.1
  3) ./configure --enable-gw-cutoff --enable-gw-dpc --enable-gw-optimal --enable-gw-wrapper --enable-vdwxc --enable-mpi CC=icc FC=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 LDFLAGS="-L/home/*/intel/*/mkl/lib/ia32" LIBS="-lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread" --with-trio-flavor="none" --with-dft-flavor="none" --prefix=/home/user_name/abinit-6.8.1
  4) make multi multi_nprocs=2
  5) make install
  6) /usr/local/openmpi/bin/mpirun -machinefile /home/*/hosts -np 2 /home/*/abinit-6.8.1/bin/abinit <case.files> case.log

 

Abinit Band Structure maker

  1) cd /home/*/abinit-6.8.1/util/users

  2) python AbinitBandStructureMaker.py case.out

  3) python AbinitBandStructureMaker.py case.out.dbs

  4) xmgrace case.out.dbs.agr

※ manual : /home/*/abinit-6.8.1/doc/users


EXC (準備中)
  OpenMPI
  1) tar zxvf
  2) cd
  3) ./configure F90=mpif90 F90FLAGS="-O2" CC=gcc --with-fftw3="/usr/lib/libfftw3.a" --with-blas="/usr/lib/libblas.a" --with-lapack="/usr/lib/liblapack.a"
  4) make
  5) make tests
  6) make install

DP (準備中)
  OpenMPI
  1) tar zxvf
  2) cd
  3) ./configure
  4) make
  5) make tests
  6) make install

BigDFT (準備中)
  OpenMPI
  1) tar zxvf /home/*/Downloads/bigdft-1.5.2.tar.gz
  2) cd bigdft-1.5.2
◆ gfortranの場合 (gfortran でBLAS, LAPACKをコンパイルすることが必要)
3) ./configure CXX=g++ CC=gcc F77=gfortran FC=mpif90 FCFLAGS="-fbounds-check -O2 -Wall" --with-ext-linalg="-llapack -lblas" --with-ext-linalg-path="-L/usr/lib" --with-libabinit-path="/home/*/abinit-6.8.1/lib"
◆ Intel Fortran Compilerの場合
3) ./configure CXX=icpc CC=icc F77=ifort FC=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 FCFLAGS="-O2" --with-ext-linalg="-lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread" --with-ext-linalg-path="-L/home/*/intel/*/mkl/lib/ia32" --with-libabinit-path="/home/*/abinit-6.8.1/lib"
  4) make
  5) cd tests
  6) export run_parallel='mpirun -np 2'
  7) make check
  8) cd ..
  9) su
  10) make install
※ --with-libabinit-path="/home/*/abinit-6.8.1/lib" は無い方が良いかもしれない。
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第一原理計算のセットアップ Yambo
  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
  (NetCDF無しの場合) (*はユーザー名にして下さい)
  (/home/centos5/PWscfでexpresso-4.3.2を解凍した場合)
1) tar zxvf yambo-3.2.4-rev.17.tar.gz
2) cd yambo-3.2.4-r.855
  3) ./configure F77=gfortran FC=gfortran F90=gfortran MPIF=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 MPICC=/usr/local/openmpi/bin/mpicc --with-iotk='/home/*/espresso-4.3.2/iotk' --with-p2y=4.0
  4) make yambo interfaces ypp
  5) [X] PW (4.0) supportかを確認する。

  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  (NetCDF無しの場合)(*はユーザー名にして下さい)
  (/home/centos5/PWscfでexpresso-4.3.2を解凍した場合)
1) tar zxvf yambo-3.2.4-rev.17.tar.gz
2) cd yambo-3.2.4-r.855
  3) ./configure F77=ifort FC=ifort F90=ifort MPIF=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 MPICC=/usr/local/openmpi/bin/mpicc --with-iotk='/home/*/espresso-4.3.2/iotk' --with-p2y=4.0
  4) make yambo interfaces ypp
  5) [X] PW (4.0) supportかを確認する。

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第一原理計算のセットアップ SPRKKR
  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)

 ◇ 並列化

  OpenMPI (下記で試したが、エラーが出る。コード自体を書き換えないと修正が無理のように思えた)
  1) tar zxvf PUB*
  2) 並列化のソフトによって下記のようにmake.incを書き換える
    LIB = -L/usr/local/lib -lblas -llapack -lpthread
    INCLUDE = -I/usr/local/openmpi/include

    FFLAGS = -O3
    FC = /usr/local/openmpi/bin/mpif90 -c $(FFLAGS) $(INCLUDE)
    LINK = /usr/local/openmpi/bin/mpif90 $(FFLAGS) $(INCLUDE)
  3) make scfmpi (並列化しない場合は、make scf)
      上記の作業で binary が作成される。PCが 4 core の場合は下記となる
      mpirun -np 4 kkrscf5.4MPI INPUT>OUTPUT
  4) この他にもプログラムを作成することができる
      a) make all
          gen, scf, embgen, embscf が作成される
      b) make allmpi
          scfmpi, embscfmpi, specmpi が作成される
      c) Makefile を見ると一応下記のコマンドがある
          make genmpi, make embscfmpi, make chi,
          make opm, make opmmpi, make spec
  5) 再度コンパイルする場合には、make clean を用いる

  http://linux.die.net/man/1/gfortran

 

 ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)

  ◇ 並列化

  OpenMPI の場合

  1) tar zxvf PUB*
  2) 並列化のソフトによって下記のようにmake.incを書き換える
    LIB = -L/home/*/intel/*/mkl/lib/ia32 -lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread
    INCLUDE = -I/usr/local/openmpi/include
    FC = /usr/local/openmpi/bin/mpif90 -c $(FFLAGS) $(INCLUDE)
    LINK = /usr/local/openmpi/bin/mpif90 $(FFLAGS) $(INCLUDE)
  3) make scfmpi (並列化しない場合は、make scf)
      上記の作業で binary が作成される。PCが 4 core の場合は下記となる
      mpirun -np 4 kkrscf5.4MPI INPUT>OUTPUT
  4) この他にもプログラムを作成することができる
      a) make all
          gen, scf, embgen, embscf が作成される
      b) make allmpi
          scfmpi, embscfmpi, specmpi が作成される
      c) Makefile を見ると一応下記のコマンドがある
          make genmpi, make embscfmpi, make chi,
          make opm, make opmmpi, make spec
  5) 再度コンパイルする場合には、make clean, make reset を用いる
      よく分からなければ、再度コンパイルする前に make clean を入力しておけばよい。

 

 ◇ 並列化

  OpenMPI +Scalapack の場合

  1) tar zxvf PUB*
  2) 並列化のソフトによって下記のようにmake.incを書き換える
    LIB = -L/home/centos6/intel/composerxe-2011.4.191/mkl/lib/ia32 -lmkl_intel -lmkl_scalapack_core -lmkl_blacs_openmpi -lmkl_solver -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_cdft_core -lpthread

    INCLUDE = -I/usr/local/openmpi/include
    FC = /usr/local/openmpi/bin/mpif90 -c $(FFLAGS) $(INCLUDE)
    LINK = /usr/local/openmpi/bin/mpif90 $(FFLAGS) $(INCLUDE)
  3) make scfmpi (並列化しない場合は、make scf)
      上記の作業で binary が作成される。PCが 4 core の場合は下記となる
      mpirun -np 4 kkrscf5.4MPI INPUT>OUTPUT
  4) この他にもプログラムを作成することができる
      a) make all
          gen, scf, embgen, embscf が作成される
      b) make allmpi
          scfmpi, embscfmpi, specmpi が作成される
      c) Makefile を見ると一応下記のコマンドがある
          make genmpi, make embscfmpi, make chi,
          make opm, make opmmpi, make spec
  5) 再度コンパイルする場合には、make clean, make reset を用いる
      よく分からなければ、再度コンパイルする前に make clean を入力しておけばよい。

参考文献:http://ebert.cup.uni-muenchen.de/index.php?option=com_remository&Itemid=4&func=startdown&id=155&lang=de

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第一原理計算のセットアップ WIEN2k
◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
◇ 並列化 

  1) tar -xvf WIEN2k_11.tar
  2) gunzip *.gz
  3) chmod +x ./expand_lapw
  4) ./expand_lapw
  5) ./siteconfig_lapw
  6) V gfortran + gotolib を選択
  7) gfortran, gcc を入力
  8) r を押して、-llapack_lapw -lblas_lapw -lblas -llapack

    l を押して、$(FOPT) -L../SRC_lib

  9) shared Memory Architecture? (y/n): n

  10)  Remote shell (defaults is ssh) = rsh
  11) ./userconfig_lapw 
  12) bash
  13) w2web

 

  ◆ gfortran + Intel MKLの場合(業者様向け & 学生様向け)
  ◇ 並列化 

  OpenMPI
  1) tar -xvf WIEN2k_11.tar
  2) gunzip *.gz
  3) chmod +x ./expand_lapw
  4) ./expand_lapw
  5) ./siteconfig_lapw
  6) V gfortran + gotolib を選択
  7) gfortran, gcc を入力

  8) O   specify compiler options, BLAS and LAPACK

    O   Compiler options: -ffree-form -O2

     L   Linker Flags: $(FOPT) -L$(MKLROOT)/lib/$(MKL_TARGET_ARCH) -pthread
     P   Preprocessor flags '-DParallel'
     R   R_LIB (LAPACK+BLAS): -lmkl_intel -lmkl_lapack95 -lmkl_blas95 -lmkl_core -lmkl_sequential -lmkl_gf

  9) shared Memory Architecture? (y/n): y

  10) Do you have MPI and Scalapack installed and......(y/n): y
    Your compiler: /usr/lib/openmpi/bin/mpif90
    RP  RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS): -lmkl_scalapack_core -lmkl_solver -lmkl_blacs_openmpi -L/usr/lib -lfftw_mpi -lfftw $(R_LIBS)
    FP  FPOPT(par.comp.options): -ffree-form -O2

    MP  MPIRUN commando: mpirun -np _NP_ -machinefile _HOSTS_ _EXEC_
  11) ./userconfig_lapw 
  12) bash
  13) w2web

 
  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  ◇ 並列化

  OpenMP

  1) tar -xvf WIEN2k_11.tar
  2) gunzip *.gz
  3) chmod +x ./expand_lapw
  4) ./expand_lapw
  5) ./siteconfig_lapw
  6) ヴァージョンに合わせてI, J, K, K1 を選択(ここでは12 のIを選択してみる)
  7) ifort, icc を入力
  8) Current settings:
    O Compiler options: -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML -traceback
    L Linker Flags: $(FOPT)  -L$(MKLROOT)/lib/$(MKL_TARGET_ARCH) -pthread

    P Preprocessor flags '-DParallel'
    R R_LIB (LAPACK+BLAS): -lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lpthread -openmp
  9) Shared Memory Architecture? (y/n): y
  10) Do you have MPI and Scalapack installed and......(y/n): n
  11) ./userconfig_lapw 
  12) bash
  13) w2web
  ※ ./userconfig_lapwの後、.bashrc を開いて、export OMP_NUM_THREADS= の後にスレッドの数 を書き入れる。
参考HP : http://xinhuolin.web.officelive.com/Wien2kinUbuntu.aspx
参考文献 : http://www.ghfecher.de/Fecher_CompileIntel.pdf 

 

 ◇ 並列化

  OpenMPI 

  1) tar -xvf WIEN2k_11.tar
  2) gunzip *.gz
  3) chmod +x ./expand_lapw
  4) ./expand_lapw
  5) ./siteconfig_lapw
  6) ヴァージョンに合わせてI, J, K, K1 を選択(ここでは 12 のIを選択する)
  7) ifort, icc を入力
  8) Current settings:
    O Compiler options: -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML -traceback
    L Linker Flags: $(FOPT) $(FOPT) -L$(MKLROOT)/lib/$(MKL_TARGET_ARCH) -pthread

    P Preprocessor flags '-DParallel'
    R R_LIB (LAPACK+BLAS): -lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -openmp -lpthread
  9) Shared Memory Architecture? (y/n): y
  10) Do you have MPI and Scalapack installed and......(y/n): y
    Your compiler: /usr/local/openmpi/bin/mpif90
    RP RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS): -lmkl_scalapack_core -lmkl_solver -lmkl_blacs_openmpi -L/usr/local/lib -lfftw_mpi -lfftw $(R_LIBS)

  FP FPOPT(par.comp.options): $(FOPT) -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML -traceback 

  11) ./userconfig_lapw 
  12) bash
  13) w2web

 

  BoltzTraP 

  1) tar xvf BoltzTraP_1.20.tar.bz2 

  2) cd boltztrap-1.2.0
  3) cd src

  4) 解凍されたファイルで、src と書かれたファイルを開く
  5) Makefileを書き換える
     A) gfortran

        a) Netlib

          LDFLAGS = -L/usr/lib

          LIBS = -llapack -lblas

        b) ATLAS

          LDFLAGS = -L/usr/local/atlas/lib

          LIBS = -llapack_netlib_atlas -lblas_atlas -latlas

       c) GotoBLAS

          LDFLAGS = -L/usr/local/lib

          LIBS = -lgoto2 -lpthread

     B) Intel compiler (調査中)

        FC = ifort

        FOPT = -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML
        LDFLAGS =  $(FOPT) -L/home/*/intel/mkl/lib/ia32 -pthread -i-static

        LIBS = -lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread
  6) make
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 第一原理計算のセットアップ exciting (FLAPW)

    ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
    ◇ 並列化

   1) tar zxvf exciting.helium.2010.12.17.gz

   2) cd exciting

   3) make

   4) 5 gfortran を選択

     Enter the number of the platform that suites your system best:  5

   5) Build MPI binary ? yes

     Select the mechanism to include MPI interface variables
     1 use MPI module (f90 interfaces) recommended if available

     にて 1 を入力

   6) Build SMP lib binary (yes/No) yes

   bin の中には、excitingmpi, excitingser が生成されている。

     
  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  ◇ 並列化
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第一原理計算のセットアップ CASINO
  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
  ◇ 並列化

  CASINO(CASINO_v2.6_standard.tar.tar)
  1) tar zxvf CASINO*
  2) cd CASINO
  3) .bashrc にて下記を加える。QMC_ARCH ではREADME_ARCHから選択する。
CASINO/arch/make.inc の中にも対応する名称が.inc付きで書かれている。
       export QMC_ARCH="linuxpc-gcc-parallel"
       export PATH=$PATH:$HOME/CASINO/bin_qmc
  4) bash
  5) make

  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  ◇ 並列化

  CASINO(CASINO_v2.6_standard.tar.tar)
  1) tar zxvf CASINO*
  2) cd CASINO
  3) .bashrc にて下記を加える。QMC_ARCH ではREADME_ARCHから選択する。
CASINO/arch/make.inc の中にも対応する名称が.inc付きで書かれている。
       export QMC_ARCH="linuxpc-ifort-parallel"
       export PATH=$PATH:$HOME/CASINO/bin_qmc
  4) bash
  5) make
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ubuntuの利用には下記参考文献が役に立つかもしれない(未調査)。

http://xenolith.image.coocan.jp/ubuntu_linux.html

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