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CentOS 6 i686 (32bit)

 ここでは、VMware Player上で CentOS 6 i686 をインストールし、第一原理計算コードをセットアップするまでを解説する。 (64bitはOSをx86_64にして、intel compiler において、ia32 を intel64に し、ライブラリを64bitのタイプに指定することで可能になる)
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VMware Player
  1) google で「VMware Player 」と入力して検索すると、下記のHPが得られる。
    https://www.vmware.com/jp/tryvmware/?p=player&lp=1 にて 無償ダウンロード登録に必要事項を記入する。
  2) VMware Player (32 ビットおよび 64 ビット版 Windows 用)で、クリックして手動でダウンロード を選択すれば良いだろう。
  3) ダウンロードしたファイルを実行する。
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CentOS 6 i686 のインストール
  1) google で 「riken linux」と入力して検索すると、下記のHPが得られる。
    http://ftp.riken.go.jp/Linux/
  2) 「centos/」→「6.0/」→「isos/」→「i383]
  3) 「CentOS-6.0-i386-bin-DVD.iso」をirvine1_3_0などでダウンロードする。
  4) VMware Player を立ち上げて、「新規仮想マシンの作成(N)」を選択する。
  5) 「インストーラ ディスク イメージ ファイル (M)(iso): 」で「参照(R)...」を押して、先ほどダウンロードしたisoファイル「CentOS-6.0-i386-bin-DVD.iso」を選択し、次へを押す。
  6) 今後使用するパスワードをなどを設定していけばインストールは完了する。
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CentOS 6 i686  の終了と再起動
  1) 「System」→「Shut Down...」
  2) 「Shut Down」を選択すれば終了。「Restart」を選択すれば再起動される。
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仮想マシン設定の編集
  1) 左欄からインストールしたLinux OSを選択する。
  2) 右下にある「仮想マシン設定の編集」を選択する。
  3) メモリを推奨最大メモリに設定する。
  4) プロセッサを選択し、プロセッサ コアの数を設定する。(Core 2 Quadであれば、2や4)を選択する。
  5) 設定が終われば 「OK」を押す。
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仮想マシンの再生(CentOS 6 i686の起動)
  1) 左欄からインストールしたLinux OS(CentOS 6 i686)を選択する。
  2) 右下にある「仮想マシンの再生」を選択する。
  3) 上記で起動する。
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第一原理計算に必要なソフトのダウンロードT(「Add/Remove Software」上)
  1) 「System」→「Administration」→「Add/Remove Software」
  2) 左上にある検索の欄で探したいソフト名を入力する。(例えば、「libstdc」など)
  3) Querying が消えるまで待つ。
  4) 右側にインストールするソフトの候補が現れるので、インストールしたいソフトにチェックを入れて、「Apply」を押してインストールする。
  5) Authenticateの欄が出るので、「Password for root: 」にパスワードを入力し、「Authenticate」を押す。
  6) yum install emacs
  7) 以下、長くなるが、下記に代表的なインストールの例を示す。

◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
  1) 検索で「gfortran」と入力して、「Compatibility Fortran 95 runtime library version 4.1.2」にチェックを入れて、「Apply」を押してインストールする。
  2) 検索で「gnuplot」と入力して、「Minimal version of program for plotting mathematical expressions and data」にチェックを入れて、「Apply」を押してインストールする。

  3) 検索で「numpy」と入力して、「A fast multidimensional array facility for Python」にチェックを入れて、「Apply」を押してインストールする。

  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  1) 検索で「libstdc」と入力して、「Compatibility standard C++ libraries」にチェックを入れて、「Apply」を押してインストールする。
  2) 検索で「gnuplot」と入力して、「Minimal version of program for plotting mathematical expressions and data」にチェックを入れて、「Apply」を押してインストールする。

  3) 検索で「numpy」と入力して、「A fast multidimensional array facility for Python」にチェックを入れて、「Apply」を押してインストールする。
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第一原理計算に必要なソフトのダウンロードU(Compiler install)

  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  Intel Compiler
  1) google で 「Non-commercial Intel」と入力して検索するとHPが得られる。
  2) Accept を押して、必要事項を記入する。
  3) Product for 32-bit development にチェックを入れて、Download Now を押す。(最新版で上手くいかない場合は、右下にある version の選択を 11.0 や 11.1 にすると良い)
  4) 必要事項を記入したときのメールアドレスに添付されている ライセンスファイルをダウンロードして、「Places」→「Home folder」の中に置く。
  5) 「Applications」→「System Tools」→「Terminal」 でコマンドを入力できるようにする
  6) tar zxvf と入力後、「Downloads」のフォルダを開いて、ダウンロードしたファイルをマウスで左クリックしながら「Terminal」 へ入れる。その後に、Enterを押す。
  7) su と入力。(以後、Enterを押す と明記しない)
  8) emacs /etc/sysconfig/selinux
    SELINUX=disabled と入力後、Save。
  9) emacs /etc/sysconfig/grub.conf
    selinux=0 と入力後、Save。
  10) emacs /etc/sysconfig/lilo.conf
    selinux=0 と入力後、Save。
  11) 「System」→「Shut Down...」→「Restart」
  12) 「Applications」→「System Tools」→「Terminal」 
  13) cd と入力後、「parallel_studio_xe_2011...」のファイルを左クリックしながら「Terminal」 へ入れる。(※ cd はカレントディレクトリ{=フォルダ}をどこにするかを指定するコマンド)
  14) ./install.sh
  15) 「3. Install as current user to limit access to user level* 」を選択。
  16) 「Press "Enter" key to continue or "q" to quit: 」でEnterを入力。
  17) 「1. Skip prerequisites [default] 」を選択。
  18) 「space」 を押し続け、最後に 「accept」と入力してEnterを押す。
  19) 「3. I want to activate either remotely, or by using a license file, or by using a
license manager」を選択。
  20) 「2. Use a license file」 を選択。
  21) 「Applications」→「System Tools」→「Terminal」 で新しく開いた「Terminal」の中に、ライセンスファイルを入れる。' 'の中をコピーする。
  22) 前の「Terminal」に戻って、ペーストし、Enter を押す。
  23) 「Press "Enter" key to continue:」でEnterを押す。
  24) 「1. Start installation Now」を選択。
  25) 「Would you like to overwrite this directory? ( Yes/No ) [ Yes ] :」でEnterを押す。
  26) 「1. Skip prerequisites [default]」を選択。
  27) 「Please type a selection or press "Enter" to accept default choice [q]:」でqを押す。
    この後に表示されている。/home/...以後の情報をメモしておく。
  28) cd $home
  29) emaces .bashrc にて最後の行に下記を書き入れる(user_nameのところが人により異なる)。
    export PATH=$PATH:/home/user_name/intel/vtune_amplifier_xe_2011
    export PATH=$PATH:/home/user_name/intel/inspector_xe_2011
    source /home/user_name/intel/bin/compilervars.sh ia32
    ※ version 11.0 などでは、左欄のコンパイラの設定の Intel Fortran : を参考にすると良い。
  30) bash にて変更を反映させる(再起動させてもよい)。
  31) ifort -v にてFortran コンパイラの動作確認を兼ねてVersion情報を表示させる。
  32) icc -v にてC コンパイラの動作確認を兼ねてVersion情報を表示させる。
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第一原理計算に必要なライブラリの設定T(Parallel set up)(調査中)
  ◇ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)  
  MPICH (※下記の方法ではmpif90などが作成されなかったので、MPICH2の説明をこの後に入れる)
  1) googleで「mpich」と入力して検索する。下記のHPが得られる。
    http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/
  2) 「Downloads Page >>」に向かう。
  3) 一番下にあるMPICH-1をクリックして、ダウンロードする。
  4) tar zxvf と入力後、「Downloads」のフォルダを開いて、ダウンロードしたファイルをマウスで左クリックしながら「Terminal」 へ入れる。その後に、Enterを押す。
  5) cd と入力後、「Downloads」のフォルダを開いて、ダウンロードしたファイルをマウスで左クリックしながら「Terminal」 へ入れる。その後に、Enterを押す。
  6) ./configure -prefix=/usr/lib/mpich -opt=-O2 -c++=g++ -cc=gcc -fc=gfortran -f90=gfortran -f77=gfortran --with-arch=LINUX
  7) make
  8) su
  9) make install
  10) /usr/local/mpich/share/machines.LINUX にMPIで利用するマシン名の一覧を記入
  11) ホームフォルダでの .bashrc に下記を追加。
    export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib/mpich/lib
  12) 各コンパイルでのコマンドは下記のようになる。
    Fortran 77: /usr/local/mpich/bin/mpif77
    Fortran 90: /usr/local/mpich/bin/mpif90
    C : /usr/local/mpich/bin/mpicc

  MPICH2
  1) 「System」→「Administration」→「Add/Remove Software」
  2) 左上にある検索の欄で「mpich2」と入力する。
  3) 右側にインストールするソフトの候補が現れるので、全にチェックを入れて、「Apply」を押してインストールする。
  4) hosts に「 マシン名 cpu=2 」と各行にマシンの数だけ記入する。
5) 各コンパイルでのコマンドは下記のようになる。
    Fortran 77: /usr/lib/mpich2/bin/mpif77
    Fortran 90: /usr/lib/mpich2/bin/mpif90
    C : /usr/lib/mpich2/bin/mpicc
    C++ : /usr/lib/mpich2/bin/mpicxx
  6) 実行は下記のようになる
    mpirun -machinefile hosts -mca pls_rsh_agent rsh -np 2 abinit <case.files> case.log

  OpenMPI (インストール後は再起動すること!)
  1) 「System」→「Administration」→「Add/Remove Software」
  2) 左上にある検索の欄で「openmpi」と入力する。
  3) 右側にインストールするソフトの候補が現れるので、インストールしたいソフトにチェックを入れて、「Apply」を押してインストールする。
  4) hosts に「 マシン名 cpu=2 」と各行にマシンの数だけ記入する。
5) 各コンパイルでのコマンドは下記のようになる。
    Fortran 77: /usr/lib/openmpi/bin/mpif77
    Fortran 90: /usr/lib/openmpi/bin/mpif90
    C : /usr/lib/openmpi/bin/mpicc
    C++ : /usr/lib/openmpi/bin/mpicxx
  6) 実行は下記のようになる
    mpirun -machinefile hosts -mca pls_rsh_agent rsh -np 2 abinit <case.files> case.log

  ◇ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  MPICH
  1) googleで「mpich」と入力して検索する。下記のHPが得られる。
    http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/
  2) 「Downloads Page >>」に向かう。
  3) 一番下にあるMPICH-1をクリックして、ダウンロードする。
  4) tar zxvf と入力後、「Downloads」のフォルダを開いて、ダウンロードしたファイルをマウスで左クリックしながら「Terminal」 へ入れる。その後に、Enterを押す。
  5) cd と入力後、「Downloads」のフォルダを開いて、ダウンロードしたファイルをマウスで左クリックしながら「Terminal」 へ入れる。その後に、Enterを押す。
  6) ./configure -prefix=/usr/local/mpich -opt=-O2 -c++=icpc -cc=icc -fc=ifort -f90=ifort -f77=ifort --with-arch=LINUX
  7) make
  8) su
  9) make install
  10) /usr/local/mpich/share/machines.LINUX にMPIで利用するマシン名の一覧を記入
  11) ホームフォルダでの .bashrc に下記を追加。
    export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/mpich/lib
  12) 各コンパイルでのコマンドは下記のようになる。
    Fortran 77: /usr/local/mpich/bin/mpif77
    Fortran 90: /usr/local/mpich/bin/mpif90
    C : /usr/local/mpich/bin/mpicc

  OpenMPI (インストール後は再起動すること!)
  1) googleで「openmpi」と入力して検索する。下記のHPが得られる。
    http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.4/
  2) openmpi-1.4.3.tar.gz をダウンロードする。
  3) tar zxvf openmpi-1.4.3.tar.gz
  4) cd openmpi-1.4.3
  5) ./configure -prefix=/usr/local/openmpi CXX=icpc CC=icc FC=ifort F90=ifort F77=ifort
  6) make
  7) su
  8) make all install
  9) /usr/local/openmpi/etc/openmpi-default-hostfile にMPIで利用するマシン名の一覧を記入
  10) ホームフォルダでの .bashrc に下記を追加。
    export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi/lib
  11) 各コンパイルでのコマンドは下記のようになる。
    Fortran 77: /usr/local/openmpi/bin/mpif77
    Fortran 90: /usr/local/openmpi/bin/mpif90
    C : /usr/local/openmpi/bin/mpicc
    C++ : /usr/local/openmpi/bin/mpicxx
  12) 実行は下記のようになる
    mpirun -mca pls_rsh_agent rsh -np 2 abinit <case.files> case.log
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並列計算を実行する前に必要なrshの設定
  1) 「System」→「Administration」→「Add/Remove Software」
  2) 左上にある検索の欄で、「rsh-server」を入力して対応するソフトを探す。
  3) Querying が消えるまで待つ。
  4) 右側にインストールするソフトの候補が現れるので、インストールしたいrshと書かれたものにチェックを入れて、「Apply」を押してインストールする。
  5) rpm -qa rsh-server, rpm -qa xinetd
    rsh-server, eintedがインストールされていることを確認する
  6) su
  7) /sbin/chkconfig rsh on
    ブート時に rsh を自動的に起動するように設定する
  8) /sbin/chkconfig rlogin on
    ブート時にrloginを自動的に起動するように設定する
  9) /sbin/service xinetd restart
    ブート時にxinetd を自動的に起動するように設定する
  10) ホームディレクトリに .rhosts ファイルへ通信するマシン全てと localhost.localdomain を記述
    kwrite ~/.rhosts
    localhost.localdomain
    localhost
    host1
    host2
  11) .rhosts のパーミッションを600にする。chmod 600 ~/.rhosts
  12) rsh の動作確認
    rsh localhost.localdomain hostname
    rsh localhost hostname
参考HP : http://mase.itc.nagoya-u.ac.jp/~hirano/pukiwiki/index.php?CentOS5%A4%C7rsh%A4%F2%CD%AD%B8%FA%A4%CB%A4%B9%A4%EB
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並列計算を実行する前に必要な .mpd.conf の設定

  ホームフォルダでの設定 (PWscfで必要)

  1) mpd &
  2) cd $HOME
  3) touch .mpd.conf
  4) chmod 600 .mpd.conf
  5) emacs .mpd.conf で下記を書き入れる。*****はPCにより異なると思う。
    MPD_SECRETWORD=*****
  6) mpd &

 

  ルートでの設定 (ABINTIで必要)

  1) su
  2) cd /root
  3) touch .mpd.conf
  4) chmod 600 .mpd.conf
  5) emacs .mpd.conf で下記を書き入れる。*****はPCにより異なると思う。
    MPD_SECRETWORD=*****
  6) mpd &
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第一原理計算に必要なライブラリの設定U(Library set up)
  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
  1) 「System」→「Administration」→「Add/Remove Software」
  2) 検索で「blas」と入力して、出てきた項目全てにチェックを入れて、「Apply」を押してインストールする。
  3) 検索で「lapack」と入力して、出てきた項目全てにチェックを入れて、「Apply」を押してインストールする。
  4) 検索で「FFT」と入力して、出てきた項目全てにチェックを入れて、「Apply」を押してインストールする。
  ◇ 並列化 (現在、Ubuntu11.04では成功するが、CentOS 6では成功しない)
  FFT: 左欄の「ライブラリの設定」を参照

  GotoBLAS: 左欄の「ライブラリの設定」を参照
  BLACS: 左欄の「ライブラリの設定」を参照
  ScaLapack: 左欄の「ライブラリの設定」を参照

 

  ◇ 並列化 (CentOS 6 では上記の手法が成功しなかったので下記を行った)

  (「yum install」 や 「Add/Remove Software」 が使えればもっと楽だったのだが……)

  1) http://pkgs.org/ のHPの右上で、blacs を検索する。

  2) CentOS 6 (SL6, RHEL 6) にて下記を選択。

    blacs-common-1.1-39.puias6.1.i686.rpm

  3) 「Download Mirrors」の「select mirror.」を選択して、Packages from official mirrors: binary package, source package.にある binary package を選択。

  4) 「Terminal」にて、su を押してパスワードを入力

  5) rpm -i ダウンロードしたファイル

   ( 「Places」→「Downloads」を開いて、「Terminal」で、rpm -i と入力後に、ダウンロロードしたファイルを左クリックしたまま入れればよい)

  6) 同様にして下記をインストールする。

    blacs-openmpi-1.1-39.puias6.1.i686.rpm

    blacs-openmpi-static-1.1-39.puias6.1.i686.rpm

    blacs-openmpi-devel-1.1-39.puias6.1.i686.rpm

  7) 上記1)で scalapack を検索して、同様に下記をインストールする。

    scalapack-common-1.7.5-10.puias6.i686.rpm

    scalapack-openmpi-1.7.5-10.puias6.i686.rpm

    scalapack-openmpi-static-1.7.5-10.puias6.i686.rpm

    scalapack-openmpi-devel-1.7.5-10.puias6.i686.rpm

  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  ◇ 並列化
  FFT: 左欄の「ライブラリの設定」を参照

  GotoBLAS: 左欄の「ライブラリの設定」を参照
  BLACS: 左欄の「ライブラリの設定」を参照
  ScaLapack: 左欄の「ライブラリの設定」を参照

  付録:MKL FFTW3(Phase のインストールマニュアルを参考)
  1) cd opt/intel/Compiler/11.0/084/mkl/interfaces/fftw3xf
  2) sudo make lib32
  3) ライブラリファイルのlibfftw3xf_intel.a は /opt/intel/Compiler/11.0/084/mkl/lib/32 にある。
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第一原理計算のセットアップ PWscf
  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
  ◇ 並列化 (SCF計算まで動作確認 成功事例)
  MPICH2 version 1.2.1
  1) tar zxvf expresso-4.3.2.tar.gz
  2) cd expresso-4.3.2
  3) ./configure MPIF90=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 CXX=g++ CC=gcc FC=gfortran F77=gfortran F90=gfortran BLAS_LIBS="-L/usr/lib -lblas" LAPACK_LIBS="-L/usr/lib -llapack" FFT_LIBS="-L/usr/lib -lfftw3"
  4) make all
  5) mpirun -machinefile /home/*/hosts -np 2 /home/*/espresso-4.3.2/bin/pw.x <atom.in> atom.out にて計算が成功する。

  ◇ 並列化 (SCF計算まで動作確認 成功事例)
  OpenMPI
  1) tar zxvf expresso-4.3.2.tar.gz
  2) cd expresso-4.3.2
  3) ./configure MPIF90=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 CXX=g++ CC=gcc FC=gfortran F77=gfortran F90=gfortran BLAS_LIBS="-L/usr/lib -lblas" LAPACK_LIBS="-L/usr/lib -llapack" FFT_LIBS="-L/usr/lib -lfftw3"
  4) make all
  5) /usr/lib/openmpi/bin/mpirun -machinefile /home/*/hosts -np 2 /home/*/espresso-4.3.2/bin/pw.x <atom.in> atom.out 

  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  ◇ 並列化 (SCF計算まで動作確認 成功事例 2 Coreとも 5%→100%で計算)
  OpenMP
  1) tar zxvf expresso-4.3.2.tar.gz
  2) cd expresso-4.3.2
  3) ./configure CXX=g++ CC=gcc FC=ifort F77=ifort F90=ifort  --enable-openmp --with-internal-blas --with-internal-lapack --with-internal-fftw
  4) make all
  5) /home/*/espresso-4.3.2/bin/pw.x <atom.in> atom.out にて計算が成功する。
  ※ mpi に関するエラーが出る場合は、MPI_LIBS=" " とすると良い。

  ◇ 並列化 (SCF計算まで動作確認 成功事例)
  OpenMPI
  1) tar zxvf expresso-4.3.2.tar.gz
  2) cd expresso-4.3.2
  3) ./configure MPIF90=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 CXX=g++ CC=gcc FC=ifort F77=ifort F90=ifort --with-internal-blas --with-internal-lapack --with-internal-fftw
  4) make all
  5) /usr/local/openmpi/bin/mpirun -machinefile /home/*/hosts -np 2 /home/*/espresso-4.3.2/bin/pw.x <atom.in> atom.out
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第一原理計算のセットアップ CPMD
  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
  ◇ 並列化

  CPMD setup
  1) download CPMD : http://cpmd.org/ 
  2) tar zxvf cpmd-v3_15_1.tgz
  3) cd CPMD
  4) CONFIGUREの中から適した環境のファイル名を探す
    ./mkconfig.sh LINUX-i686-FEDORA-MPI > Makefile
    Makefile において
      LFLAGS='-L/usr/lib/ -llapack -lblas -lfftw'

      CC = /usr/local/openmpi/bin/mpicc 
      FC = /usr/local/openmpi/bin/mpif77
      LD = /usr/local/openmpi/bin/mpif77

      CPPFLAGS = -D__Linux -D__PGI -D__GNU -DFFT_FFTW -DPARALLEL -DMYRINET

      mpifcc を /usr/local/openmpi/bin/mpicc へ

      mpif77 を /usr/local/openmpi/bin/mpif90 へ
  5) make
References
[1] https://extras.csc.fi/chem/courses/cpmd/terminal-intro.pdf 

  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  ◇ 並列化

  CPMD setup
  1) download CPMD : http://cpmd.org/
  2) tar zxvf cpmd-v3_15_1.tgz
  3) cd CPMD
  4) CONFIGUREの中から適した環境のファイル名を探す
  5) ./mkconfig.sh PC-IFC-MPI > Makefile
    Makefile において
    FFLAGS で -axM -tpp6 を削除
    LFLAGS = -L/home/*/intel/*/mkl/lib/ia32 -lmkl_blas95 -lmkl_lapack95 -lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lifcore -lguide -lpthread -lsvml -L/usr/lib -lfftw -lfftw_mpi
    mpif77 を /usr/local/openmpi/bin/mpif90 へ
  5) make
References
[1] https://extras.csc.fi/chem/courses/cpmd/terminal-intro.pdf 
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第一原理計算のセットアップ ABINIT
  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
  ◇ 並列化 (GW計算まで動作確認 成功事例)
  MPICH2
  1) tar zxvf abinit-6.8.1.tar.gz
  2) cd abinit-6.8.1
  3) ./configure CC=gcc FC=mpif90 --enable-gw-cutoff --enable-gw-dpc --enable-gw-optimal --enable-gw-wrapper --enable-vdwxc --enable-mpi  LDFLAGS="-L/usr/lib" LIBS="-llapack -lblas -lfftw3" --with-trio-flavor="none" --with-dft-flavor="none"
  4) make multi multi_nproces=2

  5) su
  6) make install
  7) mpirun -machinefile /home/*/hosts -np 2 abinit <case.files> case.log

 

  ◇ 並列化 (GW計算まで動作確認 成功事例)
  OpenMPI
  1) tar zxvf abinit-6.8.1.tar.gz
  2) cd abinit-6.8.1
  3) ./configure CC=gcc FC=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 --enable-gw-cutoff --enable-gw-dpc --enable-gw-optimal --enable-gw-wrapper --enable-vdwxc --enable-mpi  LDFLAGS="-L/usr/lib" LIBS="-llapack -lblas -lfftw3" --with-trio-flavor="none" --with-dft-flavor="none"
  4) make multi multi_nproces=2

  5) su
  6) make install
  7) mpirun -machinefile /home/*/hosts -np 2 abinit <case.files> case.log

 

  ◇ 並列化 (GW計算まで動作確認 成功事例)
  OpenMPI
  1) tar zxvf abinit-6.8.1.tar.gz
  2) cd abinit-6.8.1
  3) ./configure --enable-gw-cutoff --enable-gw-dpc --enable-gw-optimal --enable-gw-wrapper --enable-vdwxc --enable-mpi CC=gcc FC=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 LDFLAGS="-L/home/*/intel/*/mkl/lib/ia32" LIBS="-lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread" --with-trio-flavor="none" --with-dft-flavor="none" --prefix=/home/user_name/abinit-6.8.1
  4) make multi multi_nproces=2

  5) su
  6) make install
  7) /usr/local/openmpi/bin/mpirun -machinefile /home/*/hosts -np 2 /home/*/abinit-6.8.1/bin/abinit <case.files> case.log

 
  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  ◇ 並列化 (GW計算まで動作確認 成功事例)
  OpenMPI
  1) tar zxvf abinit-6.8.1.tar.gz
  2) cd abinit-6.8.1
  3) ./configure --enable-gw-cutoff --enable-gw-dpc --enable-gw-optimal --enable-gw-wrapper --enable-vdwxc --enable-mpi CC=icc FC=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 LDFLAGS="-L/home/*/intel/*/mkl/lib/ia32" LIBS="-lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread" --with-trio-flavor="none" --with-dft-flavor="none" --prefix=/home/user_name/abinit-6.8.1
  4) make multi multi_nproces=2

  5) su
  6) make install
  7) /usr/local/openmpi/bin/mpirun -machinefile /home/*/hosts -np 2 /home/*/abinit-6.8.1/bin/abinit <case.files> case.log

 

Abinit Band Structure maker

  1) cd /home/*/abinit-6.8.1/util/users

  2) python AbinitBandStructureMaker.py case.out

  3) python AbinitBandStructureMaker.py case.out.dbs

  4) xmgrace case.out.dbs.agr

※ manual : /home/*/abinit-6.8.1/doc/users

EXC (準備中)
  OpenMPI
  1) tar zxvf
  2) cd
  3) ./configure F90=mpif90 F90FLAGS="-O2" CC=gcc --with-fftw3="/usr/lib/libfftw3.a" --with-blas="/usr/lib/libblas.a" --with-lapack="/usr/lib/liblapack.a"
  4) make 
  5) make tests
  6) make install

DP (準備中)
  OpenMPI
  1) tar zxvf dp-4.6.5.tar.gz
  2) cd dp-4.6.5
  3) make.inc
  ◆ gfortranの場合
    CC=mpicc
    FC=mpif90
  ◆ Intel Fortran Compilerの場合
    CC=icc
    FC=ifort
    または
    CC=/usr/local/openmpi/bin/mpicc
    FC=/usr/local/openmpi/bin/mpif90
  4) make
  5) make tests
  6) make install

BigDFT
  OpenMPI
  1) tar zxvf /home/*/Downloads/bigdft-1.5.2.tar.gz
  2) cd bigdft-1.5.2
 ◆ gfortranの場合 (gfortran でBLAS, LAPACKをコンパイルすることが必要)
 3) ./configure CXX=g++ CC=gcc F77=gfortran FC=mpif90 FCFLAGS="-fbounds-check -O2 -Wall" --with-ext-linalg="-llapack -lblas" --with-ext-linalg-path="-L/usr/lib" --with-libabinit-path="/home/*/abinit-6.8.1/lib"
 ◆ Intel Fortran Compilerの場合
 3) ./configure CXX=icpc CC=icc F77=ifort FC=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 FCFLAGS="-O2"  --with-ext-linalg="-lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread" --with-ext-linalg-path="-L/home/*/intel/*/mkl/lib/ia32" --with-libabinit-path="/home/*/abinit-6.8.1/lib"
  4) make
  5) cd tests
  6) export run_parallel='mpirun -np 2'
  7) make check
  8) cd ..
  9) su
  10) make install
※ --with-libabinit-path="/home/*/abinit-6.8.1/lib" は無い方が良いかもしれない。

------------------------------------------------------------------------------
第一原理計算のセットアップ Yambo
  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
  (NetCDF無しの場合) (*はユーザー名にして下さい)
  (/home/centos5/PWscfでexpresso-4.3.2を解凍した場合)
1) tar zxvf yambo-3.2.4-rev.17.tar.gz
2) cd yambo-3.2.4-r.855
  3) ./configure F77=gfortran FC=gfortran F90=gfortran MPIF=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 MPICC=/usr/local/openmpi/bin/mpicc --with-iotk='/home/*/espresso-4.3.2/iotk' --with-p2y=4.0
  4) make yambo interfaces ypp
  5) [X] PW (4.0) supportかを確認する。

 

 ◇ 並列化

  1) tar zxvf yambo-3.2.4-rev.17.tar.gz
2) cd yambo-3.2.4-r.855
  3) ./configure F77=gfortran FC=gfortran F90=gfortran MPIF=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 MPICC=/usr/local/openmpi/bin/mpicc --with-iotk='/home/*/espresso-4.3.2/iotk' --with-p2y=4.0 --with-blacs=/usr/lib/openmpi/lib --with-scalapack=/usr/lib/scalapack-openmpi
  4) make yambo interfaces ypp
  5) [X] PW (4.0) supportかを確認する。

  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  (NetCDF無しの場合)(*はユーザー名にして下さい)
  (/home/centos5/PWscfでexpresso-4.3.2を解凍した場合)
1) tar zxvf yambo-3.2.4-rev.17.tar.gz
2) cd yambo-3.2.4-r.855
  3) ./configure F77=ifort FC=ifort F90=ifort MPIF=/usr/local/openmpi/bin/mpif90 MPICC=/usr/local/openmpi/bin/mpicc --with-iotk='/home/*/espresso-4.3.2/iotk' --with-p2y=4.0
  4) make yambo interfaces ypp
  5) [X] PW (4.0) supportかを確認する。
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第一原理計算のセットアップ SPRKKR
  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)

 ◇ 並列化

  OpenMPI (下記で試したが、エラーが出る。コード自体を書き換えないと修正が無理のように思えた)
  1) tar zxvf PUB*
  2) 並列化のソフトによって下記のようにmake.incを書き換える
    LIB = -L/usr/local/lib -lblas -llapack -lpthread
    INCLUDE = -I/usr/local/openmpi/include

    FFLAGS = -O3
    FC = /usr/local/openmpi/bin/mpif90 -c $(FFLAGS) $(INCLUDE)
    LINK = /usr/local/openmpi/bin/mpif90 $(FFLAGS) $(INCLUDE)
  3) make scfmpi (並列化しない場合は、make scf)
      上記の作業で binary が作成される。PCが 4 core の場合は下記となる
      mpirun -np 4 kkrscf5.4MPI INPUT>OUTPUT
  4) この他にもプログラムを作成することができる
      a) make all
          gen, scf, embgen, embscf が作成される
      b) make allmpi
          scfmpi, embscfmpi, specmpi が作成される
      c) Makefile を見ると一応下記のコマンドがある
          make genmpi, make embscfmpi, make chi,
          make opm, make opmmpi, make spec
  5) 再度コンパイルする場合には、make clean を用いる

  http://linux.die.net/man/1/gfortran

 

 ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)

  ◇ 並列化

  OpenMPI の場合

  1) tar zxvf PUB*
  2) 並列化のソフトによって下記のようにmake.incを書き換える
    LIB = -L/home/*/intel/*/mkl/lib/ia32 -lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread
    INCLUDE = -I/usr/local/openmpi/include
    FC = /usr/local/openmpi/bin/mpif90 -c $(FFLAGS) $(INCLUDE)
    LINK = /usr/local/openmpi/bin/mpif90 $(FFLAGS) $(INCLUDE)
  3) make scfmpi (並列化しない場合は、make scf)
      上記の作業で binary が作成される。PCが 4 core の場合は下記となる
      mpirun -np 4 kkrscf5.4MPI INPUT>OUTPUT
  4) この他にもプログラムを作成することができる
      a) make all
          gen, scf, embgen, embscf が作成される
      b) make allmpi
          scfmpi, embscfmpi, specmpi が作成される
      c) Makefile を見ると一応下記のコマンドがある
          make genmpi, make embscfmpi, make chi,
          make opm, make opmmpi, make spec
  5) 再度コンパイルする場合には、make clean, make reset を用いる
      よく分からなければ、再度コンパイルする前に make clean を入力しておけばよい。

 

 ◇ 並列化

  OpenMPI +Scalapack の場合

  1) tar zxvf PUB*
  2) 並列化のソフトによって下記のようにmake.incを書き換える
    LIB = -L/home/centos6/intel/composerxe-2011.4.191/mkl/lib/ia32 -lmkl_intel -lmkl_scalapack_core -lmkl_blacs_openmpi -lmkl_solver -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_cdft_core -lpthread

    INCLUDE = -I/usr/local/openmpi/include
    FC = /usr/local/openmpi/bin/mpif90 -c $(FFLAGS) $(INCLUDE)
    LINK = /usr/local/openmpi/bin/mpif90 $(FFLAGS) $(INCLUDE)
  3) make scfmpi (並列化しない場合は、make scf)
      上記の作業で binary が作成される。PCが 4 core の場合は下記となる
      mpirun -np 4 kkrscf5.4MPI INPUT>OUTPUT
  4) この他にもプログラムを作成することができる
      a) make all
          gen, scf, embgen, embscf が作成される
      b) make allmpi
          scfmpi, embscfmpi, specmpi が作成される
      c) Makefile を見ると一応下記のコマンドがある
          make genmpi, make embscfmpi, make chi,
          make opm, make opmmpi, make spec
  5) 再度コンパイルする場合には、make clean, make reset を用いる
      よく分からなければ、再度コンパイルする前に make clean を入力しておけばよい。

参考文献:http://ebert.cup.uni-muenchen.de/index.php?option=com_remository&Itemid=4&func=startdown&id=155&lang=de

------------------------------------------------------------------------------
第一原理計算のセットアップ WIEN2k
  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
  ◇ 並列化 (クラスターPCの場合)
  1) tar -xvf WIEN2k_11.tar
  2) gunzip *.gz
  3) chmod +x ./expand_lapw
  4) ./expand_lapw
  5) ./siteconfig_lapw
  6) V gfortran + gotolib を選択
  7) gfortran, gcc を入力
  8) r を押して、-llapack_lapw -lblas_lapw -lblas -llapack

    l を押して、$(FOPT) -L../SRC_lib

  9) shared Memory Architecture? (y/n): n

  10)  Remote shell (defaults is ssh) = rsh
  11) ./userconfig_lapw 
  12) bash

  13) w2web

 

   ◆ gfortran + Scalapackの場合(業者様向け & 学生様向け)
   ◇ 並列化 (rpm で Scalapack をインストールした場合)

   OpenMPI (SCF計算まで動作確認 成功事例)
   1) tar -xvf WIEN2k_11.tar
   2) gunzip *.gz
   3) chmod +x ./expand_lapw
   4) ./expand_lapw
   5) ./siteconfig_lapw
   6) V gfortran + gotolib を選択
   7) gfortran, gcc を入力

   8) O   specify compiler options, BLAS and LAPACK

    O   Compiler options: -ffree-form -O2
    L   Linker Flags:  $(FOPT) -L/usr/lib -lpthread
    P   Preprocessor flags  '-DParallel'
    R   R_LIB (LAPACK+BLAS): -llapack -lblas

  9) shared Memory Architecture? (y/n): y

 10) Do you have MPI and Scalapack installed and......(y/n): y
    Your compiler: /usr/lib/openmpi/bin/mpif90
    RP  RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS): -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpiblacs -lmpiblacsF77init -L/usr/lib/scalapack-openmpi -lscalapack -L/usr/lib -lfftw_mpi -lfftw -llapack -lblas
     FP  FPOPT(par.comp.options): -ffree-form -O2
     MP  MPIRUN commando : mpirun -np _NP_ -machinefile _HOSTS_ _EXEC_

  11) ./userconfig_lapw 

 12) bash
 13) w2web

 

  ◆ gfortran + Intel MKLの場合(業者様向け & 学生様向け)
  ◇ 並列化 (コンパイル出来たが、lapw2でクラッシュする)

  OpenMPI
  1) tar -xvf WIEN2k_11.tar
  2) gunzip *.gz
  3) chmod +x ./expand_lapw
  4) ./expand_lapw
  5) ./siteconfig_lapw
  6) V gfortran + gotolib を選択
  7) gfortran, gcc を入力

  8) O   specify compiler options, BLAS and LAPACK

     O   Compiler options: -ffree-form -O2

     L   Linker Flags: $(FOPT) -L$(MKLROOT)/lib/$(MKL_TARGET_ARCH) -pthread
     P   Preprocessor flags '-DParallel'
     R   R_LIB (LAPACK+BLAS): -lmkl_intel -lmkl_lapack95 -lmkl_blas95 -lmkl_core -lmkl_sequential -lmkl_gf

  9) shared Memory Architecture? (y/n): y

 10) Do you have MPI and Scalapack installed and......(y/n): y
    Your compiler: /usr/lib/openmpi/bin/mpif90
    RP  RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS): -lmkl_scalapack_core -lmkl_solver -lmkl_blacs_openmpi -L/usr/lib -lfftw_mpi -lfftw $(R_LIBS)
     FP  FPOPT(par.comp.options): -ffree-form -O2

     MP  MPIRUN commando: mpirun -np _NP_ -machinefile _HOSTS_ _EXEC_
  11) ./userconfig_lapw 
  12) bash
  13) w2web

  ※ http://www.wien2k.at/reg_user/faq/ にて対策方法を検討中。

 
  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  ◇ 並列化

  OpenMP

  1) tar -xvf WIEN2k_11.tar
  2) gunzip *.gz
  3) chmod +x ./expand_lapw
  4) ./expand_lapw
  5) ./siteconfig_lapw
  6) ヴァージョンに合わせてI, J, K, K1 を選択(ここでは12 のIを選択してみる)
  7) ifort, icc を入力
  8) Current settings:
    O Compiler options: -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML -traceback
    L Linker Flags: $(FOPT) -L$(MKLROOT)/lib/$(MKL_TARGET_ARCH) -pthread

    P Preprocessor flags '-DParallel'
    R R_LIB (LAPACK+BLAS): -lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lpthread -openmp
   9) Shared Memory Architecture? (y/n): y
   10) Do you have MPI and Scalapack installed and......(y/n): n
   11) ./userconfig_lapw
   12) bash
   13) w2web
   ※ ./userconfig_lapwの後、.bashrc を開いて、export OMP_NUM_THREADS= の後にスレッドの数 を書き入れる。
参考HP : http://xinhuolin.web.officelive.com/Wien2kinUbuntu.aspx
参考文献 : http://www.ghfecher.de/Fecher_CompileIntel.pdf 

 

  ◇ 並列化 (SCF計算まで動作確認 成功事例)

  OpenMPI 

  1) tar -xvf WIEN2k_11.tar
  2) gunzip *.gz
  3) chmod +x ./expand_lapw
  4) ./expand_lapw
  5) ./siteconfig_lapw
  6) ヴァージョンに合わせてI, J, K, K1 を選択(ここでは 12 のIを選択する)
  7) ifort, icc を入力
  8) Current settings:
    O Compiler options: -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML -traceback
    L Linker Flags: $(FOPT) $(FOPT) -L$(MKLROOT)/lib/$(MKL_TARGET_ARCH) -pthread

    P Preprocessor flags '-DParallel'
    R R_LIB (LAPACK+BLAS): -lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -openmp -lpthread
  9) Shared Memory Architecture? (y/n): y
  10) Do you have MPI and Scalapack installed and......(y/n): y
    Your compiler: /usr/local/openmpi/bin/mpif90
    RP RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS): -lmkl_scalapack_core -lmkl_solver -lmkl_blacs_openmpi -L/usr/local/lib -lfftw_mpi -lfftw $(R_LIBS)

   FP FPOPT(par.comp.options): $(FOPT) -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML -traceback 

  11) ./userconfig_lapw 
  12) bash
  13) w2web

 

  BoltzTraP 

  1) tar xvf BoltzTraP_1.20.tar.bz2 

  2) cd boltztrap-1.2.0
  3) cd src

  4) 解凍されたファイルで、src と書かれたファイルを開く
  5) Makefileを書き換える
    A) gfortran

      a) Netlib

        LDFLAGS = -L/usr/lib

        LIBS = -llapack -lblas

      b) ATLAS

        LDFLAGS = -L/usr/local/atlas/lib

        LIBS = -llapack_netlib_atlas -lblas_atlas -latlas

      c) GotoBLAS

        LDFLAGS = -L/usr/local/lib

        LIBS = -lgoto2 -lpthread

    B) Intel compiler (調査中)

      FC = ifort

      FOPT = -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML
      LDFLAGS =  $(FOPT) -L/home/*/intel/mkl/lib/ia32 -pthread -i-static

      LIBS = -lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread
  6) make
------------------------------------------------------------------------------
 第一原理計算のセットアップ exciting (FLAPW)

  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
  ◇ 並列化

  1) tar zxvf exciting.helium.2010.12.17.gz

  2) cd exciting

  3) make

  4) 5 gfortran を選択

    Enter the number of the platform that suites your system best:  5

  5) Build MPI binary ? yes

    Select the mechanism to include MPI interface variables
    1 use MPI module (f90 interfaces) recommended if available

    にて 1 を入力

  6) Build SMP lib binary (yes/No) yes

    bin の中には、excitingmpi, excitingser が生成されている。

     
  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  ◇ 並列化

  1) tar zxvf exciting.helium.2010.12.17.gz

  2) cd exciting

  3) make

  4) 7 ifort.mpi.mkl を選択

    Enter the number of the platform that suites your system best:  5

  5) Build MPI binary ? yes

    Select the mechanism to include MPI interface variables
    1 use MPI module (f90 interfaces) recommended if available

    にて 1 を入力

  6) Build SMP lib binary (yes/No) yes

  7) exciting/build/make.inc にて

   LIB_LPK = -lmkl_lapack95 -lmkl_blas95 -lmkl_intel -lmkl_intel_thread  -lmkl_core -liomp5 -lpthread -lm
     SMP_LIBS= -mkl -parallel   $(LIB_ARP) $(LIB_LPK) $(LIB_FFT) $(LIB_BZINT)

  8) make

------------------------------------------------------------------------------
第一原理計算のセットアップ CASINO
  ◆ gfortran の場合(業者様向け & 学生様向け)
  ◇ 並列化

  CASINO(CASINO_v2.6_standard.tar.tar)
  1) tar zxvf CASINO*
  2) cd CASINO
  3) .bashrc にて下記を加える。QMC_ARCH ではREADME_ARCHから選択する。
CASINO/arch/make.inc の中にも対応する名称が.inc付きで書かれている。
       export QMC_ARCH="linuxpc-gcc-parallel"
       export PATH=$PATH:$HOME/CASINO/bin_qmc
  4) bash
  5) make

  ◆ Intel Compiler をインストールする場合(学生様向け)
  ◇ 並列化

  CASINO(CASINO_v2.6_standard.tar.tar)
  1) tar zxvf CASINO*
  2) cd CASINO
  3) .bashrc にて下記を加える。QMC_ARCH ではREADME_ARCHから選択する。
CASINO/arch/make.inc の中にも対応する名称が.inc付きで書かれている。
       export QMC_ARCH="linuxpc-ifort-parallel"
       export PATH=$PATH:$HOME/CASINO/bin_qmc
  4) bash
  5) make
------------------------------------------------------------------------------


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