andLinux

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■ andLinux : http://www.andlinux.org/ 
1) andLinus Beta 2 (final) KDE version をダウンロードしデフォルトの設定をしていく
  How do you want to access your Windows file system from andLinux? 
  において、CoFSにするかデフォルトの設定にするかを選択する
2) CoFSを選択した場合 (筆者としてはオススメ)
  分り易い名称のフォルダを作成して選択する
3) デフォルトの設定を選択した場合
  a) Program Files → andLinux → setting.txt で下記を加える(\は円マーク)
    cofs0=c:\
    cofs1=d:\
  b) /etc/fstab で下記を加える
    cofs0 /mnt/c cofs defaults 0 0
    cofs1 /mnt/d cofs defaults 0 0
  c) cd .. で上のフォルダに移動しlsでファイルを見る(ls -aで隠しファイル表示)
    その中で、mnt があり、そこでmkdir cとmkdir dを入力する
    (cとdのフォルダが作られる)
   d) 再起動をすると、Cドライブ及びDドライブのデータを得ることができる
4) sudo poweroff でシャットダウン、sudo rebootで再起動、ls -l | more でファイルの中身を調べることができる
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■ 日本語キーボード有効化
  1) sudo dpkg-reconfigure console-data
  2) configuring console-data <ok>で次に
  3) Select keymap from arch list を選択
  4) qwerty を選択
  5) Japanese を選択
  6) Standard を選択
  後藤先生のHP : http://www.aise.ics.saitama-u.ac.jp/~gotoh/FrontPage.html
□ 日本語キーボード有効化 (他の方法)
1) cd /etc
2) sudo emacs profile または sudo vi profile でprofileの最後に下記を加える
      ----------------------------
      # Japanese Key Settings (変更が分りやすくなるで入れるとよい)
      loadkeys jp106
      ----------------------------
3) 筆者が試したところ、確かに日本語キーボードになったが、loadkeys: could not deallocate keymap 2 などが表示されるようになった。
参考HP : http://blog.mmq.at/sb.cgi?eid=146
vi : o で書き込み、ESCでコマンドに戻る、:qで保存せず終了、:wqで保存して終了
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■ ファイルのサイズ変更
(andLinuxをC:ドライブにデフォルトでインストールした場合。\は円マーク)
C:\Program Files\andLinux\Drives にあるbase.vdiの容量を大きくします
1) アクセサリ → コマンドプロンプト → 右クリック → 管理者として実行
2) cd C:\Program Files\andLinux\にあるImageResizeTool.zipを解凍
3) 解凍して開いたファイルのフォルダ上の部分を右クリックしてアドレスをコピー
4) cd スペースの後に、コマンドプロンプトに貼り付けて、Enterを押す
5) その後に、下記のように入力 
  resize2fs.exe -f -p "C:\Program Files\andLinux\Drives\base.vdi 20G
6) 他の大きさの容量にしたい場合は上記の20Gを他の値に変えればよい
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■ Xmingを起動させると、Konquerorなどが利用可能となる。
  (Linux OS : ubuntu でも利用可能)
  sudo apt-get install grace (結果確認用のグラフを描くのに便利)
  sudo apt-get install rasmol (xbandの利用に便利)
  sudo apt-get install gnuplot (結果確認用のグラフを描くのに便利)
  sudo apt-get install gausssum (結果確認用のグラフを描くのに便利)
  sudo apt-get install emacs (テキストエディタ)
  sudo apt-get install openBABEL
  sudo apt-get abinit (ABINITを簡単にインストールする場合)
  sudo apt-get install libstdc++5 (Intel Compilerのインストールに必要)
  sudo apt-get install csh (WIEN2kのインストールに必要)
  sudo apt-get install tcsh
  sudo apt-get install tk
  sudo apt-get install python-numpy (GPAW, Phonopyに必要)
  sudo apt-get install python-dev (GPAW, Phonopyに必要)
  sudo apt-get install python-matplotlib (Phonopyに必要)
  sudo apt-get install python-tk (Phonopyに必要)
  sudo apt-get install python-lxml (Phonopyに必要)
  sudo apt-get install python-yaml (Phonopyに必要)
  sudo apt-get install python-scipy (Phonopyで用いる)
  sudo apt-get install mpichpython
  sudo apt-get install gfortran
  sudo apt-get install build-essential 
  sudo apt-get install libblas-dev
  sudo apt-get install liblapack-dev
  sudo apt-get install sfftw2
  sudo apt-get install fftw2
  sudo apt-get install fftw-dev
  sudo apt-get install libfftw3-3
  sudo apt-get install libfftw3-dev
  sudo apt-get install cl-fftw3
  sudo apt-get install mffm-fftw1
  sudo apt-get install mffm-fftw-dev
  sudo apt-get install netpipe-mpich
  sudo apt-get install rsh-client
  sudo apt-get install rsh-server
  sudo apt-get install blacs1-mpich (並列化に必要)
  sudo apt-get install blacs1gf-mpich (並列化に必要)
  sudo apt-get install blacs-mpich-dev (並列化に必要)
  sudo apt-get install scalapack-mpich-dev (並列化に必要)
  sudo apt-get install libblacs-mpi1 (並列化に必要)
  sudo apt-get install libblacs-mpi-dev (並列化に必要)
  sudo apt-get install libscalapack-mpi1 (並列化に必要)
  sudo apt-get install libscalapack-mpi-dev (並列化に必要)
  sudo apt-get install blacs1-lam (並列化に必要)
  sudo apt-get install blacs1gf-lam (並列化に必要)
  sudo apt-get install blacs-lam-dev (並列化に必要)
  sudo apt-get install blacsgf-lam-dev (並列化に必要)
  sudo apt-get install libclam-dev (並列化に必要)
  sudo apt-get install scalapack1-lam (並列化に必要)
  sudo apt-get install scalapack-lam-dev (並列化に必要)
  sudo apt-get install blacs-pvm (並列化に必要)
  sudo apt-get install blacs1-pvm (並列化に必要)
  sudo apt-get install blacs-pvm-dev (並列化に必要)
  sudo apt-get install libscalapack-pvm1 (並列化に必要)
  sudo apt-get install libscalapack-pvm-dev (並列化に必要)
  sudo apt-get install mpich-bin (並列化に必要)
  sudo apt-get install libmpich1.0-dev (並列化に必要)
  sudo apt-get install libmpich-mpd1.0-dev (並列化に必要)
  sudo apt-get install libmpich-shmem1.0-dev (並列化に必要)
  sudo apt-get install openmpi-bin (並列化に必要)
  sudo apt-get install libopenmpi-dev  (並列化に必要)
  sudo apt-get install mpichpython (並列化に必要)
  sudo apt-get install liblam4 (並列化に必要)
  sudo apt-get install lam4-dev (並列化に必要)
  sudo apt-get install lam-runtime (並列化に必要)
  sudo apt-get install lame (並列化)
  sudo apt-get install lampython (並列化に必要)
  sudo apt-get install wine (windowsのアプリケーション利用)
  sudo apt-get install root-system (解析ソフト)
  sudo apt-get install netCDF-bin
  sudo apt-get install libgsl0-dev (APEのインストールに必要)
  sudo apt-get install xutils-dev (FLEURのインストールに必要)
  sudo apt-get install subversion (acpypiのインストールに必要)
  sudo apt-get install flex (AmberToolsのインストールに必要)
  sudo apt-get install libqt4-gui libqt4-dev libqwt5-qt4 libqwt5-qt4-dev
  sudo apt-get install g++ make (gromacs gui)
  sudo apt-get install qt4-qmake (gromacs gui 必要か調査中)
  sudo apt-get install gromacs-lam
  sudo apt-get install gromacs-openmpi
  sudo apt-get install libatlas-base-dev (必要か調査中)
  sudo apt-get install libatlas-dev (必要か調査中)
  sudo apt-get install libatlas3gf-base (必要か調査中)
  sudo apt-get install libatlas-cpp-0.6-1 (必要か調査中)
  sudo apt-get install libatlas-cpp-0.6-dev (必要か調査中)
  sudo apt-get install mpqc-openmpi
andLinux以外でもubuntuを用いて必要なプログラムを入手する場合は、
http://packages.ubuntu.com/ のHPからkeywordで検索か apt-cache search 探したいファイル名 としてみるとよい。
Ubuntu11.04以後の場合は、左欄の WIEN2k または コンパイラの設定 を参照
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■ Konquerorで以下をダウンロード
  (*CoFSで共有しているファイル内で解凍したり、コンパイルするとエラーが発生する)
  Intel Fortran Compiler 11.1.064
  Intel C Compiler 11.1.075
  XCrySDen-1.4.1bin
  PWgui-4.2
  FFTW2
  FFTW3
  NetCDF-4.1.1
  CPMD-v3.15.1
  ABINIT-6.6.2
  PWscf-4.2.1
  Yambo-3.2.1-r.448
  GPAW-0.8.07895
  OpenMX 3.5
  Phase v900
  ABCAP
  exciting (Intel Fortran 11.1はお勧めしない。Intel Fortran 11.0 がよい)
  ELK-1.2.20
  FLEUR (v26bは成功, v26はコンパイルに失敗)
  WIEN2k 9 (version 10はubuntuで複雑な系の計算が無理か?)
  Phonopy
  WIEN2PHON
  APE
  CASINO_v2.6
  Gromacs (調査中)
  EDM (調査中)
  vine toolkit (調査中)
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■ コンソール(またはターミナル)での便利な方法
a) ファイル管理の方法は幾つかあるが、例えばC:\andLinuxとCoFSでファイルを指定したら、色々なファイルをフォルダーに纏めて、下記のようにして移動させることもできる
     mv /mnt/win/フォルダ名 /home/フォルダ名
     消去したい場合は、 rm -f -r フォルダ名
 b) また、ワイルドカード(*)を用いればファイル名を全て入力しなくてもよいので便利
     tar zxvf exc*
   cd exc*
 c) 入力途中にTabを押せば、補われる
 d) 過去に入力が成功したコマンドは十字キーの↑↓で探すことができる
*コンソール(ターミナル)でのファイル処理が煩雑な場合はandLinux Menu → Dolphinを用いればよい
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■ Intel Fortran Compiler setup
  ソフトダウンロードの為の登録の後に、ライセンスファイルが添付されたメールが届く
  1) tar zxvf l_cprof_p_11.1.064.tar.gz
  2) cd l_cprof_p_11.1.064
  3) ./install.sh
  4) accept と入力する場面があり、後はEnterを押していく。
  5) ライセンスファイルへのアドレスを入力する場面があり、アドレスを入力する。
  6) Enter を押していき、インストールが終了したら、kwriteやvi、emacsなどで.bashrcの一番下に下記を書き加える。
source /opt/intel/Compiler/11.1/064/bin/ifortvars.sh ia32
  source /opt/intel/Compiler/11.1/064/mkl/tools/environment/mklvars32.sh
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■ Intel C Compiler setup
  1) tar l_cproc_p_11.1.075.tar.gz
  2) cd l_cproc_p_11.1.075
  3) ./install.sh
  4) 後はIntel Fortran Compilerでのインストールを参考にすればよい。
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■ XCrySDen setup
  1) tar zxvf xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz
  2) cd XCrySDen-1.4.lbin-static
  3) ./xcConfigure
  4) Please specify XCRYSDEN_SCRATCH directory
     (default: /home/lecture/cp120/xcrys_tmp): (enter)
  5) Do you have a CRYSTAL package ([y]es/[n]o): n
  6) Specify print command (default: lpr -h): (enter)
  7) Do you want to enable the BABEL program ([y]es/[n]o): y
  8) Do you want to enable image conversion program ([y]es/[n]o): y
  9) Which image conversion program 
      (default: //bin/X11/convert): (enter)
  10) Do you want to enable whirlgif program ([y]es/[n]o): n
  11) Do you want to enable mpeg_encode program ([y]es/[n]o): y
  12) Which mpeg_encode program 
      (default: //bin/mpeg_encode): (enter)
  13) Is this correct ([y]es/[n]o): y
  14) Would you like to edit ~/.xcrysden/custom-definitions 
     file now ([y]es/[n]o): n
以上で終了。最新版の1.5でなくても十分に他のプログラムが使える。大変良い意味で枯れたプログラムである。これまでのところ、ユーザー側で明示的にパスを通さなくても、WIEN2kやPWguiは動作してくれる。
参考HP : http://cphys.s.kanazawa-u.ac.jp/~oda/butsuri-jikken-print/node5.html
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■ PWgui setup
  1) tar zxvf pwgui-4.2-linux-x86.tgz
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■ FFTW setup 
   (/uer/local/lib にライブラリが入る)
1) tar zxvf fftw-2.1.5.tar.gz
2) cd fftw-2.1.5
3) ./configure F77=ifort FC=ifort F90=ifort CC=icc CXX=icpc
4) sudo make
5) sudo make install

  (icc, icpcでの方法は調査中)
1) tar zxvf fftw-3.3.2.tar.gz
2) cd fftw-3.3.2
3) ./configure F77=ifort FC=ifort F90=ifort
      gromacs のインストールなどでCan't find fftw3f などと出る場合は
      ./configure F77=ifort FC=ifort F90=ifort --enable-threads --enable-float  
  4) sudo make
5) sudo make install
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■ NetCDF setup
  1) tar zxvf netcdf-4.1.1.tar.gz
  2) cd netcdf-4.1.1
  3) ./configure --prefix=/usr/local/netcdf F77=ifort FC=ifort F90=ifort CC=icc CXX=icpc
  4) sudo make check install
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■ CPMD setup
  1) download CPMD : http://cpmd.org/
  2) tar zxvf cpmd-v3_15_1.tgz
  3) cd CPMD
  4) CONFIGUREの中から適した環境のファイル名を探す
      a) gfortran
          ./mkconfig.sh PC-GFORTRAN > Makefile
          Makefile において
            LFLAGS で -static を削除
      b) intel fortran compiler
          ./mkconfig.sh PC-IFC > Makefile
          Makefile において
            FFLAGS で -axM -tpp6 を削除
            LFLAGS = -L/opt/intel/Compiler/11.1/064/mkl/lib/32 -i-static -lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread
            FC = ifort
            LD = ifort
  5) make
References
https://extras.csc.fi/chem/courses/cpmd/terminal-intro.pdf
http://156.17.103.207/kwanty-nowa/sites/default/files/cpmd-tutor.pdf
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■ ABINIT setup
  1) tar zxvf abinit-6.6.2.tar.gz
  2) cd abinit-6.6.2
  3) ./configure F77=ifort FC=ifort F90=ifort CC=icc CXX=icpc --with-linalg-libs="-lmkl_blas95 -lmkl_lapack95 -lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lifcore -lguide -lpthread -lsvml"
  4) make
  5) cd tests
  6) make help
  7) make tests_min
  8) cd ..
  9) sudo make install
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■ PWscf setup
  1) tar zxvf espresso-4.2.1.tar.gz
  2) cd espresso-4.2.1
  3) ./configure BLAS_LIBS='-lmkl_blas95 -lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lifcore -lguide -lpthread -lsvml' LAPACK_LIBS='-lmkl_lapack95'
4) make all xspectra
業者様の場合は http://xinhuolin.web.officelive.com/QuantumEspressoinUbuntu.aspx を参照
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■ Yambo setup (ifort及びiccでerrorが出るのでblas,lapackの指定無しにした)
  ($HOME = /home/ログイン名/PWscf)(NetCDF 無し)←↑(原因調査中)
1) tar zxvf yambo-3.2.1-r.448.tar.gz
2) cd yambo-3.2.1-r.448
  3) ./configure F77=ifort FC=ifort F90=ifort CC=icc CXX=icpc --with-iotk='$HOME/PWscf/espresso-4.2.1/iotk' --with-p2y=4.0 LOCAL_LIBS="-lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lifcore -lguide -lpthread -lsvml" >& configure.log
  4) sudo | make yambo interfaces ypp >& make.log
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■ GPAW setup
  ($HOME/ログイン名/GPAW/ 内にtar.gzファイルをおいた場合)
  1) tar zxvf gpaw-setups-0.8.929.tar.gz
  2) cd gpaw-setups-0.8.929
  3) gunzip *.gz
  4) cd ..
  5) tar zxvf python-ase.3.5.0.2101.tar.gz
  6) cd python-ase.3.5.0.2101
  7) sudo python setup.py install
  8) cd ..
  9) vi .bahsrc or emacs .bashrc として最後の行に下記を書き込む。
      export GPAW_SETUP_PATH=$HOME/GPAW/gpaw-setups-0.8.7929
  10) tar zxvf gpaw-0.8.07895.tar.gz
  11) cd gpaw-0.8.07895
  12) sudo python setup.py install
  13) gpaw-test -j 1
  計算の実行は、計算用のスクリプト case.py を作成し、python case.py となる。
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■ OpenMX setup
  ($HOME = /home/ログイン名)
1) tar zxvf openmx3.5.tar.gz
2) cd openmx3.5
3) cd source
4) source の makefile を下記の例のように書き換える。
5) vi makefile 又は emacs makefile 又は kwrite makefile で下のように書き換える 
     CC = icc -O3 -Dnompi -Dnoomp -I/usr/local/include -I/$HOME/intel/Compiler/11.1/075/mkl/include
LIB = -L/usr/local/lib -lfftw3 -L/opt/intel/Compiler/11.1/075/mkl/lib/32 -lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread -L/usr/lib -lpthread -i-static
6) make install
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■ exciting setup (Intel Fortran 11.1 ではエラーが出る。11.0.084では成功)
  1) tar xvf exciting.helium.2010.12.17.gz
2) cd exciting
3) make
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■ ELK setup
  1) download ELK : http://elk.sourceforge.net/ 
  2) tar zxvf elk-1.2.20.tgz
  3) cd elk*
  4) ./setup
     a) Intel Fortran 10 のヴァージョンをインストールしていた場合: 3 を選択
        (11.1 でも test ではPassed となった)
     b) gfortran の場合: 18 を選択
  5) make all
  6) make test でコンパイルしたプログラムのテストができる
References
http://elk.sourceforge.net/elk.pdf 
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■ FLEUR : http://www.flapw.de/fleur_features.shtml
  1) wannier90 : http://wannier.org/index.html
  2) tar zxvf wannier
  3) cd wannier* 
  4) Compiler によって下記のように入力が変わる
      a) Intel fotrtran の場合
          cp ./config/make.sys.ifort ./make.sys
          make.sys を開き、対応するパスを記入する
          LIBDIR = /opt/intel/Compiler/11.1/069/mkl/lib/32
          LIBS = -L$(LIBDIR) -lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread
      b) gfortran の場合
          cp ./confi/make.sys.gfort ./make.sys
          make.sys を開き、使いたいライブラリの#を除く。
          よく分からない場合は、NETLIB LAPACK and BLAS で
          #LIBDIRと#LIBSの#を削除してSAVE
  5) make
  6) make lib
  7) make doc
  8) make test

■ FLEUR : http://www.flapw.de/pm/index.php?n=Main.HomePage 
  1) tar zxvf v26b.tgz
  2) cd v26b
  3) Imakefile で、#define の後の部分を書き換える
      /usr/local/intel/mkl/current/lib/32 を書き換える
      /opt/intel/Compiler/11.1/064/mkl/lib/32
      /usr/local/intel/fc/current/lib を書き換える
      /opt/intel/Compiler/11.1/064/lib
      最初のFFLAGS を #FFLAGS にする
      LD_LIBRARY_PATH にある -lmkl を下記に書き換える
      -lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core
  4) Imakefile で、欲しい計算方法を#define の後の部分で書き加える
      #define apw (APW+lo法、場合によってはLAPWよりも50%速くなる)
      #define soc (spin-orbit coupling 計算を可能にする)
      などなど
  5) imake
  6) make fleur.x inpgen.x
  7) 再度コンパイルする場合は、make rmall の後に imake
  * Imakefile でのまとめ(書き換えは下記の通り)
      #FFLAGS= -cm -W0 -g -r8 -assume byterecl
      export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/Compiler/11.1/064/mkl/lib/32
      LDFLAGS= -L/opt/intel/Compiler/11.1/064/mkl/lib/32 -lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core -lguide -lpthread -i_dynamic \
-Wl,-rpath=/opt/intel/Compiler/11.1/064/mkl/lib/32 -Wl,-rpath=/opt/intel/Compiler/11.1/064/lib

References : http://nitrogen14.blog51.fc2.com/blog-entry-66.html
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■ WIEN2k  version 9 
  (最新版の11がweb上からダウンロードできなかったので9を入れる)
  1) tar -xvf WIEN2k_09.tar
2) gunzip *.gz
3) chmod +x ./expand_lapw
4) ./expand_lapw
5) ./siteconfig_lapw
6) ./userconfig_lapw
7) w2web
業者様の場合は http://xinhuolin.web.officelive.com/Wien2kinUbuntu.aspx を参照
  1) tar -xvf WIEN2k_9.tar
  2) gunzip *.gz
  3) chmod +x ./expand_lapw
  4) ./expand_lapw
  5) ./siteconfig_lapw
  6) V gfortran + gotolib を選択
  7) gfortran, gcc を入力
  8) r を押して、-llapack_lapw -lblas_lapw -lblas -llapack
  9) ./userconfig_lapw
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■ Phonopy (調査中)
  1) download phonopy : http://sourceforge.jp/projects/sfnet_phonopy/releases/
  2) tar zxvf ponopy-0.9.4.3-pre6.tar.gz
  3) cd phonopy*
  4) python setup.py install
Reference : http://phonopy.sourceforge.net/index.html
http://atztogo.users.sourceforge.net/
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■ WIEN2PHON(調査中)
  1) download WIEN2kPHON : 
      http://www.wien2k.at/reg_user/unsupported/WIEN2PHON.tgz
  2) フォルダを作成してWIEN2PHON.tgzを入れる
  3) tar zxvf WIEN2PHON.tgz
  4) cd WIEN2PHON
  5) cd WIEN2POSCAR
  6) WIEN2POSCAR にあるMakefileでFC = ifc をFC = ifort に書き換える
  7) make
  8) cd ..
  9) cd cellconv
  10) cellconvにあるMakefileでFC = ifc をFC = ifort に書き換える
  11) make
  12) cd ..
  13) 文献[1]を参考にperl-math-MatrixReal.pm を
       /usr/lib/perl5/math/へダウンロードする
       http://search.cpan.org/dist/Math-MatrixReal/
  PHON : http://www.homepages.ucl.ac.uk/~ucfbdxa/
  1) mkdir PHON
  2) phon.1.30.tar.Z をPHONに入れる
  3) cd PHON
  4) tar zxvf phon.1.30.tar.Z
  5) cd blas
  6) make
  7) cd ../lapack
  8) make
  9) cd ../src
  10) cp makefile.linux_ifort makefile
  11) make
References :
[1] http://www001.upp.so-net.ne.jp/hata/dowasure_perl.html#matrix01
[2] D. Alfe, Computer Physics Communications 180 (2009) 2622.
その他、google Scholar でPHON、WIEN2PHON, D. Alfeなどで検索してみるとよい
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■ APE setup
(gfortran, cc でのコンパイル)
libxcが要求される。下記HPを参照してインストールする。
http://www.tddft.org/programs/octopus/wiki/index.php/Libxc:download
  1) tar zxvf libxc-1.0.tar.gz
  2) cd libxc
  3) ./configure
  4) make
  5) sudo make install
  ape setup
  1) tar zxvf ape-1.1.0.tar.gz
  2) cd ape-1.1.0
  3) ./configure --with-libxc-prefix=/opt/etsf/
  4) make
  5) make install
  6) cd src
  7) sudo cp ape /usr/local/bin
Reference : http://xinhuolin.web.officelive.com/APEinUbuntu.aspx
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■ CASINO(CASINO_v2.6_standard.tar.tar)
  1) tar xvf CASINO*
  2) cd CASINO
  3) .bashrc にて下記を加える。QMC_ARCH ではREADME_ARCHから選択する。
      export QMC_ARCH="linuxpc-ifort"
      export PATH=$PATH:$HOME/CASINO/bin_qmc
  4) make
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■ Gromacs set up (並列は調査中)

  acpypi
  1) svn checkout http://acpypi.googlecode.com/svn/trunk acpypi

  AmberTools (AmberTools.pdf に分かりやすく書かれている)
  1) download AmberTools : http://ambermd.org/ 
  2) tar xvfj AmberTools-1.5.tar.gz
  3) .bashrc
      export AMBERHOME=$HOME/amber11
  4) cd amber11/AmberTools/src
  5) ./configure --help | more
      使用したい機能に対する追加するオプションを調べる 
  6) ./configure intel
  7) make install
      Error がかなり表示される
  8) cd ../test
  9) make test
MPI並列
  10) cd $AMBERHOME/AmberTools/src
  11) make clean
  12) ./configure -mpi 他のオプション コンパイラの選択
  13) make install
  OpenMP並列
  12) ./configure -openmp 他のオプション コンパイラの選択
  13) make nabonly
  14) cd ../test
  15 make test.parallel

  Gromacs
  1) tar zxvf gromacs-4.5.4.tar.gz
  2) cd gromacs-4.5.4
  3) ./configure
      並列 : ./configure MPICC=mpicc --enable-mpi --program-suffix=_mpi
  4) make
      並列 : make mdrun
  5) sudo make install
      並列 : sudo make install -mdrun
  6) /usr/local/gromacs インストールでのデータが格納される

  Gromacs GUI
  1) tar zxvf 47665-grogui052.tar.gz
  2) cd grogui*
  3) cd gui_withplotting
  4) grogui.pro で下記を確認
      Line 10, 15 : /usr/include/qwt-qt4
      Line 20 : LIBS += -lqwt-qt4
  5) qmake
  6) make
  7) ./grogui
References :
[1] http://nitrogen14.blog51.fc2.com/?q=gromacs#entry57
[2] http://ibio.jp/index.php?Gromacs%A5%C1%A5%E5%A1%BC%A5%C8%A5%EA%A5%A2%A5%EB
[3] http://ibio.jp/index.php?%A5%DE%A5%CB%A5%E5%A5%A2%A5%EB%CE%E0%2FGromacs%CF%C2%CC%F5
[4] http://masa.o.oo7.jp/howtogromacs.txt
[5] http://nano.cc.toin.ac.jp/~ysd/semi/gromacs.txt
[6] http://toranekosan.blogspot.com/2007/07/gromacs.html
[7] http://08thse.dip.jp/lab/gromacs_install_3.3.html
[8] http://extstrg.asabiya.net/pukiwiki/index.php?tar%A4%CE%BB%C8%A4%A4%CA%FD
[9] http://kde-apps.org/content/show.php?content=47665
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■ EDM setup (調査中。--x-includesや--x-libraries が不明。make時にエラーが出る)
  (windows用にedm-2.0.1.exeなどがある)
  edm-2.0.1.tar.tar
  1) tar zxvf edm-2.0.1.tar.tar
  2) cd edm-2.0.1
  3) ./configure --enable-both --x-includes=/usr/include/ --x-libraries=/usr/X11R6/
  4) make
  edm-3.0.tar.tar
  1) tar zxvf edm-3.0.tar.tar
  2) cd edm-3.0
  3) ./configure --enable-both --x-includes=/usr/include/ --x-libraries=/usr/X11R6/
  4) make
  2.0.1にあるfftwとformsを3.0にコピーする。
  1) cd edm-3.0
  2) make
  3) make install
  4) .bashrc にて、export PATH="/usr/local/edm/bin:$PATH"
この後に、sudo reboot でリブートする。
  1) edn と入力して起動
Reference : http://xinhuolin.web.officelive.com/CompileEDMinCygwin.aspx
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■ ABCAP&Phase
  十分な日本語のマニュアルがあるのでsetupについては省略する。
  PhaseでTDDFTが実装されたら、海外の人にも使って頂けるようにインストール手順と使用方法を解説したいと考えております。
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■ vine toolkit setup (以下はvine toolkit のセットアップ:調査中)
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■ JDK6 setup
  1) download JDK6 : http://java.sun.com/javase/ja/6/download.html 
  2) chmod +x jdk-*
  3) ./jdk*
  4) kwrite などを用いて.bashrcにPATHを書き入れる
      export JAVA_HOME=作成されたファイルのディレクトリ
      export PATH=$PATH:${JAVA_HOME}/bin:
  5) java -version
     Java(TM) SE Rutine Environment と表示されれば成功
References :
http://java.sun.com/javase/ja/6/webnotes/install/jdk/install-linux.html
http://www.whitemark.co.jp/tec/java/jdkInstallLin.html
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■ Apache-ant setup
  1) download Apache-ant-1.8.2 : http://ant.apache.org/bindownload.cgi
  2) tar zxvf apache-ant-1.8.2-bin.tar.gz
  3) kwrite などを用いて.bashrcにPATHを書き入れる
      export JAVA_HOME=作成されたファイルのディレクトリ
      export PATH=$PATH:${ANT_HOME}/bin:
  4) bash
  5) ant -v
      Apache Ant(TM) version 1.8.2 と表示されれば成功
Reference : http://ant.apache.org/manual/install.html
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■ Apache-tomcat setup
  1) download Apache-tomcat : http://vinetoolkit.org/software_releases
  2) tar zxvf apache-tomcat-5.5.26.tar.gz
  3) kwrite などを用いて.bashrcにPATHを書き入れる
      export TOMCAT_HOME=作成されたファイルのディレクトリ
      export PATH=$PATH:${TOMCAT_HOME}/bin:
      export CATALINA_HOME=作成されたファイルのディレクトリ
      export PATH=$PATH:${CATALINA_HOME}/bin:
  4) bash
  5) ./catalina.sh start
  6) sudo ifconfig
      lo での inet addr をメモしておく
  7) 以下の好きな方法で起動できる
      http://loでメモした値:8080/
      http://andLinux:8080/
      http://localhost:8080/
Reference : http://www.profaim.jp/tools/soft/tomcat/setup5-linux/install.php
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■ Flex SDK setup
  1) download flex sdk : http://vinetoolkit.org/software_releases
  2) mkdir コマンドで新しいフォルダを作成する
  3) 作成したフォルダの中に ダウンロードしたflex_sdk.....を入れる
  4) unzip flex*
  5) cd bin
  6) chmod +x * 
  7) 改行コードがCR+LFのため ^M bad interpreterとエラーが出るので対策を行う
      これはWindowsからLinuxへデータを転送したために起こっている
      cp -p mxmlc mxmlc.orig
      tr -d '\r' < mxmlc.orig > mxmlc
      他のスクリプトについても行うとよい
      (aasdoc, acompc, amxmlc, asdoc, compc, copylocale,
       digest, fcsh, fdb, optimizer)
  8) kwrite などを用いて.bashrcにPATHを書き入れる
      export FLEX_HOME=作成したファイルのディレクトリ
      export PATH=$PATH:${FLEX_HOME}/bin:
  9) mxmlc -help
Reference : http://www.revulo.com/blog/20090924.html
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GridSphere setup
  1) download GridSphere :
  2) tar zxvf Grid*
  3) cd Grid*
  4) ant install
  5) kwrite などを用いて.bashrcにPATHを書き入れる(GridSphereを使う場合)
      export CATALINA_HOME=$CATALINA_HOME:解凍されたファイルのディレクトリ/webapps
Reference : http://vinetoolkit.org/content/vine-and-gridsphere
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■ Liferay setup
  1) download Liferay : 
  2) unzip liferay-portral-5.2.3
  3) kwrite などを用いて.bashrcにPATHを書き入れる
      export CATALINA_HOME=作成したファイルのディレクトリ/tomcat-5.5.27
      export PATH=$PATH:${CATALINA_HOME}/bin:
  4) login ID : test@liferay.com 
      password : test
Reference : http://vinetoolkit.org/content/vine-and-liferay  
http://www.liferay.com/ja/community/wiki/-/wiki/Main/%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB;jsessionid=B336C3B7AA1DE14FDBC0DE7857F009BA.node-1#section-_E3_82_A4_E3_83_B3_E3_82_B9_E3_83_88_E3_83_BC_E3_83_AB-_E7_B0_A1_E5_8D_98_E3_81_AALiferay_E3_82_A4_E3_83_B3_E3_82_B9_E3_83_88_E3_83_BC_E3_83_AB_E6_89_8B_E9_A0_86
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■ vine toolkit setup
  1) download vine-1.3.1.tar.gz
  2) tar zxvf vine-1.3.1.tar.gz
  3) cd vine-1.3.1
  4) ant install
  5) [19] nano abinit project deployed to Liferay を選択
Reference : http://vinetoolkit.org/content/vine-toolkit-standalone-mode
http://gforge.man.poznan.pl/files/vine_docs/VineTutorials.pdf
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