ABINIT&PWscf+Yambo

  ここではABINITとPWscf+Yamboを用いてTDDFTやGW近似、Optical spectraの計算などを解説する。
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Yambo
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■ NetCDFをインストールする場合(これは必要ない)
NetCDF : http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/
NetCDF C/C++/Fortran Stable Releases 
Intel Fortran Compilerの場合
  tar zxvf netcdf-4.1.1.tar.gz
  cd netcdf-4.1.1
  ./condigure --prefix=/usr/local/netcdf F77=ifort FC=ifort F90=ifort CC=icc CXX=icpc
  sudo | make check install
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■ Yamboのコンパイル (NetCDF無しの場合)
Intel Fortran Compilerの場合
  (/home/centos5/PWscfでexpresso-4.2.1を解凍した場合)
 tar zxvf yambo-3.2.1-r.448.tar.gz
 cd yambo-3.2.1-r.448
  ./configure F77=ifort FC=ifort F90=ifort --with-iotk='/home/centos5/PWscf/espresso-4.2.1/iotk' --with-p2y=4.0 >& configure.log
  sudo | make yambo interfaces ypp >& make.log
  configure.logにデータが書き込まれているので[X] PW (4.0) supportかを確認する。
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参考HP:http://nitrogen14.blog51.fc2.com/blog-entry-45.html 
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基本的に下記のHPを参照すれば良い。
http://www.yambo-code.org/doc/index.php
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■ ABINITでの計算結果の変換
(調査中)
参考HP: http://www.yambo-code.org/doc/a2y_interface.php
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■ PWscfでの計算結果の変換
(下記は、PWguiを$HOMEで起動させた場合)
  GGA及びウルトラ擬ポテンシャルはyambo-4.3.1でサポートされていない。LDAで計算が必要。また、擬ポテンシャルにはNorm-Conserving(ノルム保存)pseudopotentials(PPs)が必要となる。http://www.quantum-espresso.org/pseudo-notes.php を参照して必要な擬ポテンシャルを得て下さい。
  1) PWgui → New → New PW.X.Input
  2) LDA及びノルム保存PPsでSCFの計算を走らせる。(左の欄のPWscfを参照)
    K-pointはAutomatic generation <automatic>にしておくとよいだろう。
  3) Control
    Type of calculation (calculation): Non-selfconsistent calculation <nscf>
    Make a single restart file (wf_collect): Yes
  4) System → Optional variables
    Do not use the symmetry (nosym): No
    Number of electronic states (nbnd): (include many unoccupied bands)にする
      case.outで出された電子数程度を入力か?
  5) Electrons
    Convergence threshold for ...... (diago_thr_init): 1.0e-6
    Diagonalize empty states as ...... (diago_full_acc): Yes
  6) Run
  7) cd $HOME/pwscf.save
  8) $HOME/yambo-3.2.1-r.448/bin/p2y -S -N
参考HP: http://www.yambo-code.org/doc/p2y_interface.php 
http://www.yambo-code.org/doc/getting_started.php
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■ Yamboの利用
  ALDAを用いたOptical absorption spectrumの計算の仕方
  1) 入力ファイルの作成
      $HOME/yambo-3.2.1-r.448/bin/yambo -o b -t a -y h
  2) yamboでの計算の実行
      $HOME/yambo-3.2.1-r.448/bin/yambo
  3) Optical spectrumの表示(qxxxはq=Γ点などに対応)
      xmgrace o.eps_qxxx-rpa
 その他の条件での計算は、下記のHPにあるRunlevel combinations [1]から必要なコマンドを選べばよい。例えば、GW近似での準粒子エネルギーを計算するのであれば、上記1)の入力ファイル作成のコマンドは yambo -g n -p p 、その後はyamboとなる。
[1] http://www.yambo-code.org/doc/runlevels.php
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上記の計算結果を待っている間に下記のHPを見ながら勉学するのが効率的であろう。
Free Lecture Notes : http://www.yambo-code.org/lectures.php
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