クラスターの作り方(XcrySDen+VESTA+displat)

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■ クラスターの作り方
1. PWscfで構造最適化する
2. XcrySDenでoutファイルを読み込んで、最適化の構造を選択する。WIEN2k形式でsaveする
3. VESTAで読み、xyz形式にする
4. displatを用いる
 1) 3:Specailを選択
 2) 原子番号、X、Y、Zをそれぞれ1、2、3、4、と入力し、Angstromとして1を入力
 3) iボタンで中心にしたい原子を選択する
 4) ESCを押して、Selected Atom to Centerを選択
 5) ESCを押して、Search Selected Atoms Neighborを選択
  Search Lenght:に値を入力
  sを押して距離の小さい順に並べなおす
  Sは原子の種類を分けて表示
 6) Delete Atoms out of sphere を選択して欲しいクラスターを切り出す
 7) Make F01 (XYZ in double)を選択
  Select NEQ order はどれでもよいが3がよいと思う
  Deviation は 0.01%にすればよい
5. f01の中身を見て、XD, YD, ZDがほぼ同じものを同じ値にしてNEQの値も同じにする
6. dvxaで計算する
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■ Si system
1. PWscf (vc-relux, 2x2x2 supercell)
2. case.out (PWscf output file) > xcrysden > case.xsf or case.struct > VESTA (Edit > Edit Data > unitcell > Transform... > Origin shift p 0.5 0.5 0.5 > OK > apply > OK)> case.xyz > displat (change center and cut 5.5 Ang form center) > case.xyz > VESTA > case.cif > Winmostar (delete Si and add H, Si35H36) > MOL(*.mol, *.mdl) > VESTA > xyz > displat > f01
3. DVXa scat
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■ displat
・メニュー:Esc
・変化量の調整:shift + h, j, k or l
・回転:
 x軸中心:↑ or ↓
 y軸中心:← or →
 z軸中心:z or x
・画面の大きさ変更:w
・平行移動:h, j, k or l
・Detele Atomic on Screen-2で大きさを変更: a or z
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