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タンパク質計算科学

 私はタンパクの専門家ではないので、私が第一原理計算を勉学する上で見つけたタンパクに関連する情報を列挙しておきます。書籍には計算方法もかなり詳しく書かれています。下記の文献に書かれていないことは、相談窓口や教官に相談する必要があります。大規模な分子をGaussianで計算するとスーパーコンピュータを用いても6ヶ月(岐阜大 教授 和佐田 先生がおっしゃっておりました)かかることがありますので、早め早めの相談が大切です。
 基底関数の選択に困ることも多いでしょうから、書籍を参考にしたり、早めに相談したりしておきましょう。初めての計算で相談できる人がいない場合は、必ずと言っていいほど超えられない壁に直面します。計算は(実験と同じように大変なので)それほど甘くないので、相談できる体制を必ず作って貰ってください。
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■ 参考図書 (下記の文献は大まかで良いので目を通しておきましょう)
・神谷成敏ら『タンパク質計算科学:基礎と創薬への応用』共立出版株式会社
・佐藤文俊ら『プログラムで実践する生体分子量子化学計算』森北出版株式会社
・平尾公彦ら『すぐできる量子化学計算 ビギナーズマニュアル』講談社サイエンティフィック
・長岡正隆『すぐできる分子シミュレーション ビギナーズマニュアル』講談社サイエンティフィック
・山口兆ら『物性量子化学入門』講談社サイエンティフィック
・堀憲次ら『Gaussianプログラムによる量子化学計算マニュアル 計算入力法から実験値との比較まで 』
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■ 相談窓口(Gaussian & Amber)
名古屋大学:http://www.icts.nagoya-u.ac.jp/ja/center/service/it.html 
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■ Gaussianのテキスト(その10程度まで存在する)
[1] 分子軌道法計算プログラム Gaussian 03 −その 1
http://ir.nul.nagoya-u.ac.jp/jspui/bitstream/2237/6476/1/169_185kouza.pdf#search=%27Gaussian+%E5%92%8C%E4%BD%90%E7%94%B0%27
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