地域密着型エリア広告配信リクルートの地域密着型広告ドコイク?アドネットワーク Ads by ドコイク?[無料でホームページを作成] [通報・削除依頼]
[無料でホームページを作成] [通報・削除依頼]

Akai KKR: input file (making)

Akai KKR input file (making)
------------------------------------------------------------------------------
■ ちょっとした注意点
・ 複雑な構造に対する入力ファイルを作る場合はxband(無償)を用いてください。またはxbandで確認してください。
・ xbandで作成した入力ファイルがより正確な結果を与えます。マフィンティン(TM)ポテンシャルを用いているために、TM間で大きな隙間(水素原子が入りそうな程度)が出来る場合には、何もないポテンシャル(Vc: Z=0)を置いて計算精度を高める必要があります(xbandは自動で作ってくれます)。
・ TM間で隙間が出来る場合の対処として、XCポテンシャルの最後にasa(MT球のオーバーラップを許す)をつけてみることも試してみると良いでしょう(例えば、mjwasa)。asaを付けない方がWIEN2kに近い結果を与えることもあります。
・ PCのスペックが低い場合は、xbandで作ったVcを削除し、同じ原子は纏め、XCポテンシャルにasaを付けます。
※ natmが大きすぎるとエラーがでます。コードを書き換えて対処することもできますが、このような場合には計算時間が数時間から数十時間となることもあるので、空間群を考慮したWIEN2kで計算した方が正確で速い場合もあります。
※ 「ねがてぃぶろぐ」さんの方で、VESTA(cif) > POSCAR(VASP用ファイル) > Akai KKRの入力ファイル作成手法を公開されています。私の手法よりもそちらのが簡単だと思います。
※ bzqltyについて
時間が無いとき(go):bzqlty = 4 * 5.44 / a, a=lattice constant (bohr)
時間がそこそこあるとき(go):bzqlty = 6 * 5.44 / a, a=lattice constant (bohr)
時間があるとき(go):bzqlty = 8 * 5.44 / a, a=lattice constant (bohr)
時間が無いとき(dos):bzqlty = 8 * 5.44 / a, a=lattice constant (bohr)
時間があるとき(dos):bzqlty = 10 * 5.44 / a, a=lattice constant (bohr)
格子定数が 10 bohrを超えるような場合は、まずbzqlty 1や2 から計算するのも良いと思います。
------------------------------------------------------------------------------
■ NIMS database (cif) > VESTA
1. NIMS database (http://mits.nims.go.jp/) > Atom Work (http://crystdb.nims.go.jp/)
  > Seach phase diagrams (for example, Na V)
  > Single crystal (for example Na):  > see Structure type (W for Na) at Search phase diagrams > Search mateials > input Structre type (W) > Chemical system (Na)
(rt = stable at room temperature, ht = stable at high temperature)
2. get cif file at Download crystal structure data
3. VESTA > drag & drop (cif)
4. Edit > Edit Data > Unit cell > see Space Group
5. bilbao crystallographic sever (http://www.cryst.ehu.es/) > MAXSUB > choose it -> other IT number > ...
6.  VESTA: Remove symmetry > Structure parameters dupliate atoms
  Remove P1 strucutre (trc) > Unit cell > New IT number > Apply > Structure parameters dupliate atoms
7. Edit > Edit Data > Unit cell > Space Group
  System or Space Group (VESTA) > brvtyp (Akai KKR input file)
  Space Grout = Bravais lattice (P, C, I, F) + Point group(HM symbol)
  Bravais lattice > brvtyp (Akai KKR input file)
  -----
  P1 > trc, sc (a=b=c and 90=90=90 degree) or ...
  PXXX > trc or sc (a=b=c and 90=90=90 degree)
  FXXX > fcc
  IXXX > bcc
  P6XX, P6XX > hcp
  P3XX, R3XX > rhb
  P4XX > st
  I4XX > bct
  P2XX > sm
  C2XX > bsm
  P22X > so
  I222X > bcp
  F222X > fco
  C222X > bso
  etc
  see http://kkr.phys.sci.osaka-u.ac.jp/pdf/akaikkr_j.pdf for brvtyp, https://www.physics.rutgers.edu/grad/506/materials%20crystal%20structure.pdf for bravais lattice type.
8. make Akai KKR input file
  (for example, No. 205; Pa-3 > No.1; P1 > sc)
a.  convert Angstrom > bohr (http://www.convertunits.com/from/angstrom/to/bohr)
b.  VESTA Output > copy > past Akai KKR input file
go: bzqlty 1 > bzqlty 3
dos: bzqlty 4
c----------------------NiS2------------------------------------
    go   data/NiS2
c------------------------------------------------------------
c   brvtyp     a        c/a   b/a   alpha   beta   gamma
     sc      10.727  ,     ,      ,      ,       ,      ,
c------------------------------------------------------------
c   edelt    ewidth    reltyp   sdftyp   magtyp   record
    0.001     1.2       sra      mjw      mag      2nd
c------------------------------------------------------------
c   outtyp    bzqlty   maxitr   pmix
    update     3        200   0.035
c------------------------------------------------------------
c    ntyp
      2
c------------------------------------------------------------
c   type    ncmp    rmt    field   mxl  anclr   conc
     S       1       1      0.0     2    16     100
     Ni      1       1      0.0     2    28     100
c------------------------------------------------------------
c   natm
     12
c------------------------------------------------------------
c   atmicx(in the unit of a)     atmtyp
    0.39454    0.39454    0.39454   S
    0.60546    0.60546    0.60546   S
    0.10546    0.60546    0.89454   S
    0.89454    0.39454    0.10546   S
    0.60546    0.89454    0.10546   S
    0.39454    0.10546    0.89454   S
    0.89454    0.10546    0.60546   S
    0.10546    0.89454    0.39454   S
    0.00000    0.00000    0.00000   Ni
    0.50000    0.00000    0.50000   Ni
    0.00000    0.50000    0.50000   Ni
    0.50000    0.50000    0.00000   Ni
c
c------ The following types of inputs and their combination
c       are also allowed.   
c------ In those cases a, b, b mean primitive unit vectors
c       and x, y, z mean conventionnal cell vectors along
c       x, y, and z axses. Bare numbers indicate cartesian
c       coordinate in the unit of lattice constant a.
c    1/2       1/2        1/2      Fe
c    0a        0b         0c       Fe
c    0x        0y         0z       Fe
c    1/2a      1/2b       1/2c     Fe
c------------------------------------------------------------

□ AkaiKKR (NiS2) (VXC option mjwasa + mag = LSDA)


□ AkaiKKR (NiS2) (VXC option mjw + mag = LSDA)


□ WIEN2k (NiS2) (VXC option 5=LDA + spin = LSDA)


■  Ni0.97Pt0.03S2
go: bzqlty 1 > bzqlty 3
dos: bzqlty 4
c----------------------NiS2------------------------------------
    go   data/NiS2Pt
c------------------------------------------------------------
c   brvtyp     a        c/a   b/a   alpha   beta   gamma
     sc      10.727  ,     ,      ,      ,       ,      ,
c------------------------------------------------------------
c   edelt    ewidth    reltyp   sdftyp   magtyp   record
    0.001     1.2       sra     mjw    mag      2nd
c------------------------------------------------------------
c   outtyp    bzqlty   maxitr   pmix
    update     1        100      0.035
c------------------------------------------------------------
c    ntyp
      3
c------------------------------------------------------------
c   type    ncmp    rmt    field   mxl  anclr   conc
     S       1       1      0.0     2    16     100
     Ni      1       1      0.0     2    28     100
     NiPt    2       1      0.0     3    28      88
                                         78      12
c------------------------------------------------------------
c   natm
     12
c------------------------------------------------------------
c   atmicx(in the unit of a)     atmtyp
    0.39454    0.39454    0.39454   S
    0.60546    0.60546    0.60546   S
    0.10546    0.60546    0.89454   S
    0.89454    0.39454    0.10546   S
    0.60546    0.89454    0.10546   S
    0.39454    0.10546    0.89454   S
    0.89454    0.10546    0.60546   S
    0.10546    0.89454    0.39454   S
    0.00000    0.00000    0.00000   NiPt
    0.50000    0.00000    0.50000   Ni
    0.00000    0.50000    0.50000   Ni
    0.50000    0.50000    0.00000   Ni
c
c------ The following types of inputs and their combination
c       are also allowed.   
c------ In those cases a, b, b mean primitive unit vectors
c       and x, y, z mean conventionnal cell vectors along
c       x, y, and z axses. Bare numbers indicate cartesian
c       coordinate in the unit of lattice constant a.
c    1/2       1/2        1/2      Fe
c    0a        0b         0c       Fe
c    0x        0y         0z       Fe
c    1/2a      1/2b       1/2c     Fe
c------------------------------------------------------------

■  +Vc
c----------------------NiS2------------------------------------
    go   data/NiS2V
c------------------------------------------------------------
c   brvtyp     a        c/a   b/a   alpha   beta   gamma
     sc      10.727  ,     ,      ,      ,       ,      ,
c------------------------------------------------------------
c   edelt    ewidth    reltyp   sdftyp   magtyp   record
    0.001     1.2       sra      mjw      mag      2nd
c------------------------------------------------------------
c   outtyp    bzqlty   maxitr   pmix
    update     2        100      0.035
c------------------------------------------------------------
c    ntyp
      3
c------------------------------------------------------------
c   type    ncmp    rmt    field   mxl  anclr   conc
     S       1       1      0.0     2    16     100
     Ni      1       1      0.0     2    28     100
     Vc      1       1      0.0     0     0     100
c------------------------------------------------------------
c   natm
     20
c------------------------------------------------------------
c   atmicx(in the unit of a)     atmtyp
    0.39454    0.39454    0.39454   S
    0.60546    0.60546    0.60546   S
    0.10546    0.60546    0.89454   S
    0.89454    0.39454    0.10546   S
    0.60546    0.89454    0.10546   S
    0.39454    0.10546    0.89454   S
    0.89454    0.10546    0.60546   S
    0.10546    0.89454    0.39454   S
    0.00000    0.00000    0.00000   Ni
    0.50000    0.00000    0.50000   Ni
    0.00000    0.50000    0.50000   Ni
    0.50000    0.50000    0.00000   Ni
0.80000    0.80000    0.80000 Vc
0.20000    0.20000    0.20000 Vc
0.70000    0.20000    0.30000 Vc
0.30000    0.80000    0.70000 Vc
0.20000    0.30000    0.70000 Vc
0.80000    0.70000    0.30000 Vc
0.30000    0.70000    0.20000 Vc
0.70000    0.30000    0.80000 Vc
c------------------------------------------------------------
dos: edelt  0.001 case


dos: edelt  0.0001 case

※ フルポテンシャルに近づけるには隙間を無くすようにVcを入れられれば良いのですが、これ以上は難しそうです。xbandのように入れられるともっと良いのですが……。AkaiKKRではなくSPRKKRはフルポテンシャルの計算ができますが、AkaiKKRよりも収束させるのが難しいときがあるので色々と悩むところはあります。
※ Vcを入れたこの方式だと、AkaiKKRでのgga91とWIEN2kのpbeで似た傾向の結果が得られます。
go and dos: sdftyp gga91
dos: edelt  0.0001 case


WIEN2k (PBE)

※ FWHM: 0.1 eV (UPS), 0.145 eV(BL27SU, 1.2 keV), 0.25 (BL47XU, 8keV)

------------------------------------------------------------------------------
■ xband   (for example, No. 205; Pa-3 > No.1; P1 > sc)
1. xband
2. DIRECTORIES > select irectory > directory name > create new + change directory > close
3. CREATE SYSTEM > Space group (205) > input a > CONFIRM > convert lattice parametes.... > input OK--GO ON > ...
4. click line to specify occupation > specify occupant 1 > ...
5.  suppress symmetry > set same R_WS... > adjust R_WS... > calculate R_WS + ...  (OK --RUN)
6. show structure > unit cell repated along primitive axes > XCrySDen > run visualizer... > exit > CLOSE > DONE RETURN
7. KKR-AKAI > create input > write inpfile quit > inp-file menu > edit input file
-----
#---------------------------------- 0 ----------------------------------
#  now # can be used as comment lines as well
#--------------------------------------------
go data/NiS2 sc  10.727029574168,1.0,1.0,90.0,90.0,90.0,
0.001  1.2  sra  vwn  nmag  2nd
update  5  100  0.020
 14
#--------------------------------------------
#  name of type, number of components, rtr,  
#  field, lmax, atomic number, concentration
#--------------------------------------------
 Ni_1  1  0  0.0  2   28     100
 Ni_2  1  0  0.0  2   28     100
 Ni_3  1  0  0.0  2   28     100
 Ni_4  1  0  0.0  2   28     100
 S_1  1  0  0.0  2   16     100
 S_2  1  0  0.0  2   16     100
 S_3  1  0  0.0  2   16     100
 S_4  1  0  0.0  2   16     100
 S_5  1  0  0.0  2   16     100
 S_6  1  0  0.0  2   16     100
 S_7  1  0  0.0  2   16     100
 S_8  1  0  0.0  2   16     100
 Vc_1  1  0  0.0  2    0     100
 Vc_2  1  0  0.0  2    0     100
 44
    0.00000000    0.00000000    0.00000000  Ni_1
   -0.00000000    0.50000000    0.50000000  Ni_2
    0.50000000    0.50000000    0.00000000  Ni_3
    0.50000000    0.00000000    0.50000000  Ni_4
    0.39454000    0.39454000    0.39454000  S_1
    0.60546000    0.89454000    0.10546000  S_2
    0.89454000    0.10546000    0.60546000  S_3
    0.10546000    0.60546000    0.89454000  S_4
    0.60546000    0.60546000    0.60546000  S_5
    0.39454000    0.10546000    0.89454000  S_6
    0.10546000    0.89454000    0.39454000  S_7
    0.89454000    0.39454000    0.10546000  S_8
   -0.29166667    0.29166667   -0.20833333  Vc_1
    0.29166667   -0.20833333   -0.29166667  Vc_1
    0.20833333    0.20833333    0.20833333  Vc_1
   -0.20833333   -0.29166667    0.29166667  Vc_1
    0.29166667   -0.29166667    0.20833333  Vc_1
   -0.29166667    0.20833333    0.29166667  Vc_1
   -0.20833333   -0.20833333   -0.20833333  Vc_1
    0.20833333    0.29166667   -0.29166667  Vc_1
   -0.16666667    0.00000000    0.33333333  Vc_2
    0.16666667    0.50000000    0.16666667  Vc_2
    0.33333333    0.50000000   -0.33333333  Vc_2
   -0.33333333    0.00000000   -0.16666667  Vc_2
    0.00000000   -0.16666667   -0.33333333  Vc_2
    0.50000000   -0.33333333    0.33333333  Vc_2
    0.50000000    0.16666667    0.16666667  Vc_2
   -0.00000000    0.33333333   -0.16666667  Vc_2
    0.16666667    0.16666667    0.50000000  Vc_2
    0.33333333   -0.16666667    0.00000000  Vc_2
   -0.16666667   -0.33333333    0.00000000  Vc_2
   -0.33333333    0.33333333    0.50000000  Vc_2
    0.16666667    0.00000000   -0.33333333  Vc_2
   -0.16666667    0.50000000   -0.16666667  Vc_2
   -0.33333333    0.50000000    0.33333333  Vc_2
    0.33333333   -0.00000000    0.16666667  Vc_2
    0.00000000    0.16666667    0.33333333  Vc_2
    0.50000000    0.33333333   -0.33333333  Vc_2
    0.50000000   -0.16666667   -0.16666667  Vc_2
    0.00000000   -0.33333333    0.16666667  Vc_2
   -0.16666667   -0.16666667    0.50000000  Vc_2
   -0.33333333    0.16666667   -0.00000000  Vc_2
    0.16666667    0.33333333   -0.00000000  Vc_2
    0.33333333   -0.33333333    0.50000000  Vc_2
-----
------------------------------------------------------------------------------
QRコード
携帯用QRコード
アクセス数
ページビュー数