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WIEN2k(Mac, MacBook Air)

  ここではMacでのWIEN2kのセットアップから基本的な計算までを解説する。
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■  WIEN2k Install (MacBook Air, OSX v10.8, 1.7GHz Intel Core i5, 4GB 1600 MHz DDR3, 11-inch, Mid 2012)

□ gfortran
1. http://hpc.sourceforge.net -> gcc-4.9-bin.tar.gz
2. sudo tar zxvf $HOME/Downloads/gcc-4.9-bin.tar -C /

□ make
0. Apple ID の登録をしてください
1. https://developer.apple.com/downloads/index.action# -> Xcode 4.4
2. double-click xcode446938108a.dmg
3. double-click Xcode.app
4. 開く
5. Agree
6. Install
7. パスワードを入力
8. Start Using Xcode
9. Xcode.app -> Xcode -> Preferences... -> Downloads -> command Line Tools
10. Install
11. デスクトップにあるXcode.appをアプリケーションに入れます
12. sudo xcode-select -switch /Applications/Xcode.app/Contents/Developer
References
[1] http://choreonoid.org/ja/install/build-macosx.html
[2] http://deepfolte.hatenablog.com/entry/20120225/1330129212

□ WIEN2k (WIEN2k_14.2)
1) mkdir WIEN2k_14

2) cd WIEN2k_14
3) cp $HOME/Downloads/WIEN2k_14.2.tar .
4) tar -xvf WIEN2k_14.2.tar
5) gunzip *.gz
6) chmod +x ./expand_lapw
7) ./expand_lapw
8) continue (y/n) y
9) ./siteconfig_lapw
10) 
continue or stop (c/s) c
11) v
12) gfortran
13) gcc
14)
Current settings:
 O   Compiler options:        -ffree-form -O2 -ffree-line-length-none
 F   FFTW options:            
 L   Linker Flags:            $(FOPT) -L../SRC_lib
 P   Preprocessor flags       '-DParallel'
 R   R_LIB (LAPACK+BLAS):     -llapack_lapw -lblas_lapw -llapack_lapw -lblas_lapw
 FL  FFTW_LIBS:  
15) 
   1. Shared Memory Architecture? (y/n): y

   2. (like taskset -c). Enter N / your_specific_command:
   3. You need to KNOW dedtails about your installed MPI and FFTW ) n
16) q
17) a
18) vi userconfig
19) set nu
  line 87
  < 
set usershell = `getent passwd ${user} | awk -F: '{print $NF}'`
  ---
  > #set usershell = `getent passwd ${user} | awk -F: '{print $NF}'`
  set usershell = bash
20) esc
21) :wq
22) ./userconfig
    emacs -> vi
23) 
Do you want to continue (Y/n)? y
24) Edit .rhosts file now? (y/N) N
25) vi ~/.bashrc
26) :set nu
  line 55
  < 
ulimit -s unlimited
  ---
  > #ulimit -s unlimited
27) esc
28) :wq
29) source ~/.bashrc
30) cd $HOME
/WIEN2k_14/SRC_w2web/htdocs/session
31) change.cgi が壊れている場合は、Linuxで解凍したものに置き換える。
32) cd $HOME//WIEN2k_14/SRC_w2web/htdocs/exec
34) executor.pl が壊れている場合は、Linuxで解凍したものに置き換える。
35) ./w2web

SCF
1. w2web
2. open HP
3. StrucutGen
4. source ~/.bashrc on terminal
5. init_lapw -b -numk 1000 -rkmax 7
6. run_lapw

DOS
1. x_lapw lapw2 -qtl
2. edit case.int
3. x_lapw tetra
case.dos1ev -> Igor
gnuplot -> plot 'adress/dos1ev' w l

Band dispersion
1. create case.klist_band
2. x_lapw lapw1 -band
3. edit case.insp
4. x_lapw spaghetti

Linus: x command(=lapw1, etc)

Mac: x_lapw command(=lapw1, etc)

□ gnuplot[1] 
1. gnuplot-4.6.6.tar.gz : 
http://www.gnuplot.info -> Download -> http://www.gnuplot.info/download.html
2. tar zxvf $HOME/Downloads/gnuplot-4.6.6.tar
3. ./configure -with-readline-builtin --enable-history-file
4. make
5. sudo make install

[1] http://macwiki.sourceforge.jp/wiki/index.php/gnuplot

□ ghostscript
1. download [Ghostscript 9.15 Source]: http://www.ghostscript.com/download/gsdnld.html
2. tar zxvf $HOME/Downloads/ghostscript-9.15.tar
3. cd ghost*
4. configure
5. make
6. sudo make install
7. which gs
8. vi ~/.bashrc
9. G
10. i
12. export PATH=/usr/local/bin/gs:$PATH
13. esc
14. :wq
gs dosplot_1.ps

◇ w2webの書き換え
x のCシェルプログラムが動かない。そのため、書き換えを強行した。
SRC_w2web/htdocs/exec での.plファイルで、「"x」 を 「"x_lapw」に置換する。

※ これはx と x_lapw が全く同じ内容のファイルだからである。
・ 置換するファイル: initlapw.pl, dos.pl, band.pl(変換後、"x_lapwcrysden"を"xcrysden"に置換する), fphonons.pl, optic.pl, optimize.pl, rho_save.pl, rho.pl, single.pl, telnes2.pl, telnes3.pl, xspec.pl(変換後、"x_lapwspec"を"xspec"に置換する)

◇ reload in reverse order が上手く動作しない場合
vi ~/.bashrc にて、alias tac=tail -r を追加するか、SRC_w2web/htdocs/util/dayfile.pl や stdout.plにて、$umps = qx( tac $DIR/$CASE.dayfile ); を $umps = qx( tail -r $DIR/$CASE.dayfile ); にする。
※ STDOUTはSTDOUTファイルが出力されていないので見れない。


◇ 毎回 source ~/.bashrc を入力するのが面倒な場合[1]
1. vi ~/.bash_profile
  if [ -f ~/.bashrc ]; then
    . ~/.bashrc
  fi
2. :wq
[1] https://gist.github.com/disktnk/4104284

□ perlプログラムでの引数
・ $DIR は プログラムを最初に解凍したフォルダ。ここの場合だとWIEN2k_14 となる。
・ DOSの画像ファイル(png)は w2webで表示されたアドレス/tmpに入れられる。

□ DOS画像の表示方法
  • dos.pl
    $umps = qx(cd $DIR;dosplot2_lapw $myspinopt 2>&1);
    $OUT .= "umps=$umps" if $debug;;
        if($umps =~ /STOP:/ ) {$OUT .= "umps=$umps"}
    $umps = qx(gs -sDEVICE=jpeg -sOutputFile=$plotfile.jpg -dBATCH -dNOPAUSE -r60 -g500x350 -c -20 450 translate 0.8 0.8 scale -90 rotate -f $tempdir/$SID-$$.ps);
    $OUT .= "<br><IMG SRC=/tmp/$SID-$$.jpg><br clear=all>";
    $OUT .= "<A HREF= /tmp/$SID-$$.ps>Download hardcopy in PostScript format</A
>";
  • dosplot2_lapw
#set terminal png
#set output "$out.png"
set terminal postscript
set output "$out.ps"
※ -r60 -g500x350:大きさと表示範囲を指定している。[1]
※ -c -20 800 translate 0.8 0.8 scale -90 rotate:原点位置と尺度、回転を指定している。[2]
[1] http://ghostscript.com/doc/7.07/Use.htm
[2] http://denki.nara-edu.ac.jp/~yabu/soft/ps.html
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■  WIEN2k Install ( + LAPACK + FFTW3 + OpenMP )
(MacBook Air, OSX v10.8, 1.7GHz Intel Core i5, 4GB 1600 MHz DDR3, 11-inch, Mid 2012)


□ gfortran
1. http://hpc.sourceforge.net -> gcc-4.9-bin.tar.gz
2. sudo tar zxvf $HOME/Downloads/gcc-4.9-bin.tar -C /

□ make
0. Apple ID の登録をしてください。
1. https://developer.apple.com/downloads/index.action# -> Xcode 4.4
2. double-click xcode446938108a.dmg
3. double-click Xcode.app
4. 開く
5. Agree
6. Install
7. パスワードを入力
8. Start Using Xcode
9. Xcode.app -> Xcode -> Preferences... -> Downloads -> command Line Tools
10. Install
11. デスクトップにあるXcode.appをアプリケーションに入れます
12. sudo xcode-select -switch /Applications/Xcode.app/Contents/Developer
References
[1] http://choreonoid.org/ja/install/build-macosx.html
[2] http://deepfolte.hatenablog.com/entry/20120225/1330129212

□ OpenMPI
1. http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.4/ -> openmpi-1.4.5.tar.gz
2. tar zxvf $HOME/Downloads/openmpi-1.4.5.tar
3. cd open*
4. ./configure
5. make
6. make check
7. sudo make install

□ FFTW3
1. http://www.fftw.org/download.html -> fftw-3.3.4.tar.gz
2. tar zxvf $HOME/Downloads/fftw-3.3.4.tar
3. cd fft*
4. ./configure  --enable-omp
5. make
6. make check
7. sudo make install 

□ LAPACK
1. 
http://www.netlib.org/lapack/ -> lapack-3.5.0.tgz
2. tar -zxvf $HOME/Downloads/lapack-3.5.0.tar
3. cp lapack-3.5.0
4. cp make.inc.example make.inc
5. make blaslib
6. make lapacklib
7. sudo ln -s ~/lapack-3.5.0/librefblas.a /usr/local/lib/libblas.a

  sudo ln -s ~/lapack-3.5.0/liblapack.a /usr/local/lib/liblapack.a
※ ~(=shift + ^) = $HOME

□ WIEN2k (WIEN2k_14.2)
1) mkdir WIEN2k_14

2) cd WIEN2k_14
3) cp $HOME/Downloads/WIEN2k_14.2.tar .
4) tar -xvf WIEN2k_14.2.tar
5) gunzip *.gz
6) chmod +x ./expand_lapw
7) ./expand_lapw
8) continue (y/n) y
9) ./siteconfig_lapw
10) 
continue or stop (c/s) c
11) g
12) gfortran
13) gcc
14) 
Current settings:
 O   Compiler options:        -ffree-form -O2 -ffree-line-length-none
 F   FFTW options:            -DFFTW3 -I/usr/local/include
 L   Linker Flags:            $(FOPT) -L/usr/local/lib
 P   Preprocessor flags       '-DParallel'
 R   R_LIB (LAPACK+BLAS):     -llapack -lblas -fopenmp
 FL  FFTW_LIBS:  -lfftw3_omp -lfftw3 -L/usr/local/lib 
15) 
   1. Shared Memory Architecture? (y/n): y

   2. (like taskset -c). Enter N / your_specific_command:
   3. You need to KNOW dedtails about your installed MPI and FFTW ) n
16) q
17) a
18) vi userconfig
19) :set nu
  line 87
  < 
set usershell = `getent passwd ${user} | awk -F: '{print $NF}'`
  ---
  > #set usershell = `getent passwd ${user} | awk -F: '{print $NF}'`
  set usershell = bash
20) esc
21) :wq
22) ./userconfig
    emacs -> vi
23) 
Do you want to continue (Y/n)? y
24) Edit .rhosts file now? (y/N) N
25) vi ~/.bashrc
26) :set nu
  line 55
  < 
ulimit -s unlimited
  ---
  > #ulimit -s unlimited
27) esc
28) :wq
29) source ~/.bashrc
30) cd $HOME
/WIEN2k_14/SRC_w2web/htdocs/session
31) change.cgi が壊れている場合は、Linuxで解凍したものに置き換える。
32) cd $HOME//WIEN2k_14/SRC_w2web/htdocs/exec
34) executor.pl が壊れている場合は、Linuxで解凍したものに置き換える。
35) ./w2web

-------------------------------------------------------------------------------
(No-Run-Check)

■  WIEN2k Install ( + LAPACK + FFTW3 + OpenMP + OpenMPI + ScaLAPACK)
(MacBook Air, OSX v10.8, 1.7GHz Intel Core i5, 4GB 1600 MHz DDR3, 11-inch, Mid 2012)


□ gfortran
1. http://hpc.sourceforge.net -> gcc-4.9-bin.tar.gz
2. sudo tar zxvf $HOME/Downloads/gcc-4.9-bin.tar -C /

□ make
0. Apple ID の登録をしてください。
1. https://developer.apple.com/downloads/index.action# -> Xcode 4.4
2. double-click xcode446938108a.dmg
3. double-click Xcode.app
4. 開く
5. Agree
6. Install
7. パスワードを入力
8. Start Using Xcode
9. Xcode.app -> Xcode -> Preferences... -> Downloads -> command Line Tools
10. Install
11. デスクトップにあるXcode.appをアプリケーションに入れます
12. sudo xcode-select -switch /Applications/Xcode.app/Contents/Developer
References
[1] http://choreonoid.org/ja/install/build-macosx.html
[2] http://deepfolte.hatenablog.com/entry/20120225/1330129212

□ OpenMPI
1. http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.4/ -> openmpi-1.4.5.tar.gz
2. tar zxvf $HOME/Downloads/openmpi-1.4.5.tar
3. cd open*
4. ./configure
5. make
6. make check
7. sudo make install

□ FFTW3
1. http://www.fftw.org/download.html -> fftw-3.3.4.tar.gz
2. tar zxvf $HOME/Downloads/fftw-3.3.4.tar
3. cd fft*
4. ./configure  --enable-mpi --enable-threads
5. make
6. make check
7. sudo make install 

□ LAPACK
1. 
http://www.netlib.org/lapack/ -> lapack-3.5.0.tgz
2. tar -zxvf $HOME/Downloads/lapack-3.5.0.tar
3. cp lapack-3.5.0
4. cp make.inc.example make.inc
5. make blaslib
6. make lapacklib
7. sudo ln -s ~/lapack-3.5.0/librefblas.a /usr/local/lib/libblas.a

  sudo ln -s ~/lapack-3.5.0/liblapack.a /usr/local/lib/liblapack.a

□ ScaLAPACK (BLACS)

ScaLAPACK : http://www.netlib.org/scalapack/
1) tar zxvf $HOME/Downloads/scalapack-2.0.2.tar
2) cd scalapack-2.0.2
3) cp SLmake.inc.example SLmake.inc
4) vi SLmake.inc
  BLASLIB       = /usr/local/lib/libblas.a
  LAPACKLIB     = /usr/local/lib/liblapack.a
5) esc
6) :wq

7) make lib
8) sudo ln -s ~/scalapack-2.0.2/libscalapack.a /usr/local/lib/libscalapack.a
※ ScaLapack ( is including Blacs )

□ WIEN2k (WIEN2k_14.2)
1) mkdir WIEN2k_14

2) cd WIEN2k_14
3) cp $HOME/Downloads/WIEN2k_14.2.tar .
4) tar -xvf WIEN2k_14.2.tar
5) gunzip *.gz
6) chmod +x ./expand_lapw
7) ./expand_lapw
8) continue (y/n) y
9) ./siteconfig_lapw
10) 
continue or stop (c/s) c
11) v
12) gfortran
13) gcc
14) 
Current settings:
 O   Compiler options:        -ffree-form -O2 -ffree-line-length-none
 F   FFTW options:            -DFFTW3 -I/usr/local/include
 L   Linker Flags:            $(FOPT) -L/usr/local/lib
 P   Preprocessor flags       '-DParallel'
 R   R_LIB (LAPACK+BLAS):     -llapack -lblas -fopenmp
 FL  FFTW_LIBS:    -lfftw3_mpi -lfftw3 -L/usr/local/lib 
15) 
   1. Shared Memory Architecture? (y/n): y

   2. (like taskset -c). Enter N / your_specific_command:
   3. You need to KNOW dedtails about your installed MPI and FFTW ) y
   4. Set MPI_REMOTE to 0 / 1:
   5. Your compiler: mpif90
   6. Please specify whether you want to use FFTW3 (default) or FFTW2  (FFTW3 / FFTW2)

     FFTW3
   7. Please specify the ROOT-path of your FFTW installation (like /opt/fftw3):

     /usr/local
   8. is this correct? enter Y (default) or n: y
   9. Current settings:
      FPOPT(par.comp.options) 
-ffree-form -O2 -ffree-line-length-none
      RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS): -lscalapack $(R_LIBS)
16) q
17) a
18) vi userconfig
19) :set nu
  line 87
  < 
set usershell = `getent passwd ${user} | awk -F: '{print $NF}'`
  ---
  > #set usershell = `getent passwd ${user} | awk -F: '{print $NF}'`
  set usershell = bash
20) esc
21) :wq
22) ./userconfig
    emacs -> vi
23) 
Do you want to continue (Y/n)? y
24) Edit .rhosts file now? (y/N) N
25) vi ~/.bashrc
26) :set nu
  line 55
  < 
ulimit -s unlimited
  ---
  > #ulimit -s unlimited
27) esc
28) :wq
29) source ~/.bashrc
30) cd $HOME
/WIEN2k_14/SRC_w2web/htdocs/session
31) change.cgi が壊れている場合は、Linuxで解凍したものに置き換える。
32) cd $HOME/WIEN2k_14/SRC_w2web/htdocs/exec
34) executor.pl が壊れている場合は、Linuxで解凍したものに置き換える。
35) ./w2web

※ lapwso_mpi のみエラーが表示される。
※ 他の部分でエラーが表示される場合には、Dで配列を同じ値で良いので設定してみると良い。
※ SRC_lapwso/modules.F にて、 
<
INTEGER,allocatable :: rc_index(:,:,:)
< INTEGER,allocatable :: rc_index_up(:,:,:),rc_index_dn(:,:,:)
-----
>
LOGICAL,allocatable :: rc_index(:,:,:)
> LOGICAL,allocatable :: rc_index_up(:,:,:),rc_index_dn(:,:,:)
にするとエラーが消える。
-------------------------------------------------------------------------------
(No-Run-Check)
■  WIEN2k Install ( + LAPACK + FFTW3 + OpenMP + OpenMPI + ScaLAPACK)
(MacBook Air, OSX v10.8, 1.7GHz Intel Core i5, 4GB 1600 MHz DDR3, 11-inch, Mid 2012)


□ gfortran
1. http://hpc.sourceforge.net -> gcc-4.9-bin.tar.gz
2. sudo tar zxvf $HOME/Downloads/gcc-4.9-bin.tar -C /

□ make
0. Apple ID の登録をしてください。
1. https://developer.apple.com/downloads/index.action# -> Xcode 4.4
2. double-click xcode446938108a.dmg
3. double-click Xcode.app
4. 開く
5. Agree
6. Install
7. パスワードを入力
8. Start Using Xcode
9. Xcode.app -> Xcode -> Preferences... -> Downloads -> command Line Tools
10. Install
11. デスクトップにあるXcode.appをアプリケーションに入れます
12. sudo xcode-select -switch /Applications/Xcode.app/Contents/Developer
References
[1] http://choreonoid.org/ja/install/build-macosx.html
[2] http://deepfolte.hatenablog.com/entry/20120225/1330129212

□ OpenMPI
1. http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.4/ -> openmpi-1.4.5.tar.gz
2. tar zxvf $HOME/Downloads/openmpi-1.4.5.tar
3. cd open*
4. ./configure
5. make
6. make check
7. sudo make install

□ FFTW3
1. http://www.fftw.org/download.html -> fftw-3.3.4.tar.gz
2. tar zxvf $HOME/Downloads/fftw-3.3.4.tar
3. cd fft*
4. ./configure  --enable-mpi --enable-threads
5. make
6. make check
7. sudo make install 

□ LAPACK
1. 
http://www.netlib.org/lapack/ -> lapack-3.5.0.tgz
2. tar -zxvf $HOME/Downloads/lapack-3.5.0.tar
3. cp lapack-3.5.0
4. cp make.inc.example make.inc
5. make blaslib
6. make lapacklib
7. sudo ln -s ~/lapack-3.5.0/librefblas.a /usr/local/lib/libblas.a

  sudo ln -s ~/lapack-3.5.0/liblapack.a /usr/local/lib/liblapack.a

□ BLACS

BLACS : http://www.netlib.org/blacs/
1) tar zxvf $HOME/Downloads/mpiblacs.tar
2) tar zxvf $HOME/Downloads/mpiblacs-patch03.tar
3) cd BLACS
4) cp BMAKES/Bmake.MPI-LINUX Bmake.inc
5) vi Bmake.inc
  BTOPdir = $(HOME)/BLACS
  openmpi case
  -----

  MPIdir = /usr/local/openmpi
  MPILIBdir =
  MPIINCdir = /usr/loca/include
  MPILIB =
  TRANSCOMM =-DUseMpi2
  F77 = /usr/local/bin/mpif77
  CC = /usr/local/bin/mpicc
  CCFLAGS        = -O2
  -----

6) make mpi
7) 
  sudo ln -s ~/BLACS/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a /usr/local/lib/libblacs.a
  sudo ln -s ~/BLACS/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a /usr/local/lib/libblacsF77init.a
  sudo ln -s ~/BLACS/LIB/blacsCinit_MPI-LINUX-0.a /usr/local/lib/libblacsCinit.a

□ ScaLAPACK
ScaLAPACK : http://www.netlib.org/scalapack/scalapack_home.html
1) tar zxvf $HOME/Downloads/scalapack-1.8.0.tar
2) cd scalapack-1.8.0
3) cp INSTALL/SLmake.LINUX SLmake.inc
4) vi SLmake.inc
    home = $(HOME)/scalapack-1.8.0
    BLACSdir = $(HOME)/BLACS/LIB
    SMPLIB  = 
    #SMPLIB = $(PVM_ROOT)/lib/$(PLAT)/libpvm3.a -lnsl -lsocket
    F77 = /usr/local/bin/mpif77
    CC  = /usr/local/bin/mpicc 
    CCFLAGS       = -O2
    BLASLIB       = /usr/local/lib/libblas.a
    LAPACKLIB     = /usr/local/lib/liblapack.a
    ◇ sudo apt-get install or yum install case
      BLASLIB = /usr/lib/libblas.a
      LAPACKLIB = /usr/lib/liblapack.a
    ◇ ATLAS case
      BLASLIB = /usr/local/atlas/lib/libf77blas.a /usr/local/atlas/lib/libatlas.a
      LAPACKLIB = /usr/local/atlas/lib/liblapack_netlib_atlas.a
    ◇ GotoBLAS case
      BLASLIB = /usr/local/lib/libgoto2.a
      LAPACKLIB = /usr/local/lib/libgoto2.a
5) make lib
6) sudo ln -s ~/scalapack-1.8.0/libscalapack.a /usr/local/lib/libscalapack.a

□ WIEN2k (WIEN2k_14.2)
1) mkdir WIEN2k_14

2) cd WIEN2k_14
3) cp $HOME/Downloads/WIEN2k_14.2.tar .
4) tar -xvf WIEN2k_14.2.tar
5) gunzip *.gz
6) chmod +x ./expand_lapw
7) ./expand_lapw
8) continue (y/n) y
9) ./siteconfig_lapw
10) 
continue or stop (c/s) c
11) v
12) gfortran
13) gcc
14) 
Current settings:
 O   Compiler options:        -ffree-form -O2 -ffree-line-length-none
 F   FFTW options:            -DFFTW3 -I/usr/local/include
 L   Linker Flags:            $(FOPT) -L/usr/local/lib
 P   Preprocessor flags       '-DParallel'
 R   R_LIB (LAPACK+BLAS):     -llapack -lblas -fopenmp
 FL  FFTW_LIBS: -lfftw3_mpi -lfftw3 -L/usr/local/lib 
15) 
   1. Shared Memory Architecture? (y/n): y

   2. (like taskset -c). Enter N / your_specific_command:
   3. You need to KNOW dedtails about your installed MPI and FFTW ) y
   4. Set MPI_REMOTE to 0 / 1:
   5. Your compiler: mpif90
   6. Please specify whether you want to use FFTW3 (default) or FFTW2  (FFTW3 / FFTW2)

     FFTW3
   7. Please specify the ROOT-path of your FFTW installation (like /opt/fftw3):

     /usr/local
   8. is this correct? enter Y (default) or n: y
   9. Current settings:
      FPOPT(par.comp.options) 
-ffree-form -O2 -ffree-line-length-none
      RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS): -lscalapack -lblacs $(R_LIBS)
16) q
17) a
18) vi userconfig
19) :set nu
  line 87
  < 
set usershell = `getent passwd ${user} | awk -F: '{print $NF}'`
  ---
  > #set usershell = `getent passwd ${user} | awk -F: '{print $NF}'`
  set usershell = bash
20) esc
21) :wq
22) ./userconfig
    emacs -> vi
23) 
Do you want to continue (Y/n)? y
24) Edit .rhosts file now? (y/N) N
25) vi ~/.bashrc
26) :set nu
  line 55
  < 
ulimit -s unlimited
  ---
  > #ulimit -s unlimited
27) esc
28) :wq
29) source ~/.bashrc
30) cd $HOME
/WIEN2k_14/SRC_w2web/htdocs/session
31) change.cgi が壊れている場合は、Linuxで解凍したものに置き換える。
32) cd $HOME/WIEN2k_14/SRC_w2web/htdocs/exec
34) executor.pl が壊れている場合は、Linuxで解凍したものに置き換える。
35) ./w2web

-------------------------------------------------------------------------------
(No-Run-Check)
■  WIEN2k Install ( + LAPACK + FFTW3 + OpenMP + OpenMPI + ScaLAPACK)
(MacBook Air, OSX v10.8, 1.7GHz Intel Core i5, 4GB 1600 MHz DDR3, 11-inch, Mid 2012)


□ gfortran
1. http://hpc.sourceforge.net -> gcc-4.9-bin.tar.gz
2. sudo tar zxvf $HOME/Downloads/gcc-4.9-bin.tar -C /

□ make
0. Apple ID の登録をしてください。
1. https://developer.apple.com/downloads/index.action# -> Xcode 4.4
2. double-click xcode446938108a.dmg
3. double-click Xcode.app
4. 開く
5. Agree
6. Install
7. パスワードを入力
8. Start Using Xcode
9. Xcode.app -> Xcode -> Preferences... -> Downloads -> command Line Tools
10. Install
11. デスクトップにあるXcode.appをアプリケーションに入れます
12. sudo xcode-select -switch /Applications/Xcode.app/Contents/Developer
References
[1] http://choreonoid.org/ja/install/build-macosx.html
[2] http://deepfolte.hatenablog.com/entry/20120225/1330129212

□ OpenMPI
1. http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.4/ -> openmpi-1.4.5.tar.gz
2. tar zxvf $HOME/Downloads/openmpi-1.4.5.tar
3. cd open*
4. ./configure
5. make
6. make check
7. sudo make install

□ FFTW3
1. http://www.fftw.org/download.html -> fftw-3.3.4.tar.gz
2. tar zxvf $HOME/Downloads/fftw-3.3.4.tar
3. cd fft*
4. ./configure  --enable-mpi --enable-threads
5. make
6. make check
7. sudo make install 

□ LAPACK
1. 
http://www.netlib.org/lapack/ -> lapack-3.5.0.tgz
2. tar -zxvf $HOME/Downloads/lapack-3.5.0.tar
3. cp lapack-3.5.0
4. cp make.inc.example make.inc
5. make blaslib
6. make lapacklib
7. sudo ln -s ~/lapack-3.5.0/librefblas.a /usr/local/lib/libblas.a

  sudo ln -s ~/lapack-3.5.0/liblapack.a /usr/local/lib/liblapack.a

□ BLACS

BLACS : http://www.netlib.org/blacs/
1) tar zxvf $HOME/Downloads/mpiblacs.tar
2) tar zxvf $HOME/Downloads/mpiblacs-patch03.tar
3) cd BLACS
4) cp BMAKES/Bmake.MPI-LINUX Bmake.inc
5) vi Bmake.inc
  BTOPdir = $(HOME)/BLACS
  openmpi case
  -----

  MPIdir = /usr/local/openmpi
  MPILIBdir =
  MPIINCdir = /usr/loca/include
  MPILIB =
  TRANSCOMM =-DUseMpi2
  F77 = /usr/local/bin/mpif77
  CC = /usr/local/bin/mpicc
  CCFLAGS        = -O2
  -----

6) make mpi
7) 
  sudo ln -s ~/BLACS/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a /usr/local/lib/libblacs.a
  sudo ln -s ~/BLACS/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a /usr/local/lib/libblacsF77init.a
  sudo ln -s ~/BLACS/LIB/blacsCinit_MPI-LINUX-0.a /usr/local/lib/libblacsCinit.a

□ ScaLAPACK
ScaLAPACK : http://www.netlib.org/scalapack/scalapack_home.html
1) tar zxvf $HOME/Downloads/scalapack-1.8.0.tar
2) cd scalapack-1.8.0
3) cp INSTALL/SLmake.LINUX SLmake.inc
4) vi SLmake.inc
    home = $(HOME)/scalapack-1.8.0
    BLACSdir = $(HOME)/BLACS/LIB
    SMPLIB  = 
    #SMPLIB = $(PVM_ROOT)/lib/$(PLAT)/libpvm3.a -lnsl -lsocket
    F77 = /usr/local/bin/mpif77
    CC  = /usr/local/bin/mpicc 
    CCFLAGS       = -O2
    BLASLIB       = /usr/local/lib/libblas.a
    LAPACKLIB     = /usr/local/lib/liblapack.a
    ◇ sudo apt-get install or yum install case
      BLASLIB = /usr/lib/libblas.a
      LAPACKLIB = /usr/lib/liblapack.a
    ◇ ATLAS case
      BLASLIB = /usr/local/atlas/lib/libf77blas.a /usr/local/atlas/lib/libatlas.a
      LAPACKLIB = /usr/local/atlas/lib/liblapack_netlib_atlas.a
    ◇ GotoBLAS case
      BLASLIB = /usr/local/lib/libgoto2.a
      LAPACKLIB = /usr/local/lib/libgoto2.a
5) make lib
6) sudo ln -s ~/scalapack-1.8.0/libscalapack.a /usr/local/lib/libscalapack.a

□ WIEN2k (WIEN2k_14.2)
1) mkdir WIEN2k_14

2) cd WIEN2k_14
3) cp $HOME/Downloads/WIEN2k_14.2.tar .
4) tar -xvf WIEN2k_14.2.tar
5) gunzip *.gz
6) chmod +x ./expand_lapw
7) ./expand_lapw
8) continue (y/n) y
9) ./siteconfig_lapw
10) 
continue or stop (c/s) c
11) v
12) gfortran
13) gcc
14) 
Current settings:
 O   Compiler options:        -ffree-form -O2 -ffree-line-length-none -mpc80 -fstack-arrays -m64 -fsignaling-nans -funroll-all-loops -mtune=native -ftree-vectorize -ffast-math -fno-protect-parens -msse4.2
 F   FFTW options:            -DFFTW3 -I/usr/local/include
 L   Linker Flags:            $(FOPT) -L/usr/local/lib
 P   Preprocessor flags       '-DParallel'
 R   R_LIB (LAPACK+BLAS):     -llapack -lblas -fopenmp
 FL  FFTW_LIBS: -lfftw3_mpi -lfftw3 -L/usr/local/lib 
15) 
   1. Shared Memory Architecture? (y/n): y

   2. (like taskset -c). Enter N / your_specific_command:
   3. You need to KNOW dedtails about your installed MPI and FFTW ) y
   4. Set MPI_REMOTE to 0 / 1:
   5. Your compiler: mpif90
   6. Please specify whether you want to use FFTW3 (default) or FFTW2  (FFTW3 / FFTW2)

     FFTW3
   7. Please specify the ROOT-path of your FFTW installation (like /opt/fftw3):

     /usr/local
   8. is this correct? enter Y (default) or n: y
   9. Current settings:
      FPOPT(par.comp.options) 
-ffree-form -O2 -ffree-line-length-none -mpc80 -fstack-arrays -m64 -fsignaling-nans -funroll-all-loops -mtune=native -ftree-vectorize -ffast-math -fno-protect-parens -msse4.2
      RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS): -lscalapack -lblacs $(R_LIBS)
16) q
17) a
18) vi userconfig
19) :set nu
  line 87
  < 
set usershell = `getent passwd ${user} | awk -F: '{print $NF}'`
  ---
  > #set usershell = `getent passwd ${user} | awk -F: '{print $NF}'`
  set usershell = bash
20) esc
21) :wq
22) ./userconfig
    emacs -> vi
23) 
Do you want to continue (Y/n)? y
24) Edit .rhosts file now? (y/N) N
25) vi ~/.bashrc
26) :set nu
  line 55
  < 
ulimit -s unlimited
  ---
  > #ulimit -s unlimited
27) esc
28) :wq
29) source ~/.bashrc
30) cd $HOME
/WIEN2k_14/SRC_w2web/htdocs/session
31) change.cgi が壊れている場合は、Linuxで解凍したものに置き換える。
32) cd $HOME/WIEN2k_14/SRC_w2web/htdocs/exec
34) executor.pl が壊れている場合は、Linuxで解凍したものに置き換える。
35) ./w2web

-------------------------------------------------------------------------------
(unsuccess)
■  WIEN2k Install ( + ACML+ FFTW3 + OpenMP )
(MacBook Air, OSX v10.8, 1.7GHz Intel Core i5, 4GB 1600 MHz DDR3, 11-inch, Mid 2012)


□ gfortran
1. http://hpc.sourceforge.net -> gcc-4.9-bin.tar.gz
2. sudo tar zxvf $HOME/Downloads/gcc-4.9-bin.tar -C /

□ make
0. Apple ID の登録をしてください。
1. https://developer.apple.com/downloads/index.action# -> Xcode 4.4
2. double-click xcode446938108a.dmg
3. double-click Xcode.app
4. 開く
5. Agree
6. Install
7. パスワードを入力
8. Start Using Xcode
9. Xcode.app -> Xcode -> Preferences... -> Downloads -> command Line Tools
10. Install
11. デスクトップにあるXcode.appをアプリケーションに入れます
12. sudo xcode-select -switch /Applications/Xcode.app/Contents/Developer
References
[1] http://choreonoid.org/ja/install/build-macosx.html
[2] http://deepfolte.hatenablog.com/entry/20120225/1330129212

□ FFTW3
1. http://www.fftw.org/download.html -> fftw-3.3.4.tar.gz
2. tar zxvf $HOME/Downloads/fftw-3.3.4.tar
3. cd fft*
4. ./configure  --enable-mpi --enable-threads
5. make
6. make check
7. sudo make install 

■ ACML 4.4.0
1) mkdir acml4.4.0
2) cd acml4.4.0
3) tar zxvf $HOME/Downloads/acml-4-4-0-gfortran-64bit.tar
4) sudo ./install-acml-4-4-0-gfortran-64bit.sh
5) vi ~/.bashrc
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/acml4.4.0/gfortran64_mp/lib:/usr/local/openmpi/lib

□ WIEN2k (WIEN2k_14.2)
1) mkdir WIEN2k_14

2) cd WIEN2k_14
3) cp $HOME/Downloads/WIEN2k_14.2.tar .
4) tar -xvf WIEN2k_14.2.tar
5) gunzip *.gz
6) chmod +x ./expand_lapw
7) ./expand_lapw
8) continue (y/n) y
9) ./siteconfig_lapw
10) 
continue or stop (c/s) c
11) v
12) gfortran
13) gcc
14) 
Current settings:
 O   Compiler options:        -ffree-form -O2 -ffree-line-length-none -mpc80 -fstack-arrays -m64 -fsignaling-nans -funroll-all-loops -mtune=native -ftree-vectorize -ffast-math -fno-protect-parens -msse4.2 
 F   FFTW options:            -DFFTW3 -I/usr/local/include -I/opt/acml4.4.0/gfortran64_mp/include
 L   Linker Flags:            $(FOPT) -L/opt/acml4.4.0/gfortran64_mp/lib
 P   Preprocessor flags       '-DParallel'
 R   R_LIB (LAPACK+BLAS):      -lacml_mp -fopenmp
 FL  FFTW_LIBS:  -L/usr/local/lib -lfftw3_omp -lfftw3 
15) 
   1. Shared Memory Architecture? (y/n): y

   2. (like taskset -c). Enter N / your_specific_command:
   3. You need to KNOW dedtails about your installed MPI and FFTW ) n
16) q
17) a
18) vi userconfig
19) :set nu
  line 87
  < 
set usershell = `getent passwd ${user} | awk -F: '{print $NF}'`
  ---
  > #set usershell = `getent passwd ${user} | awk -F: '{print $NF}'`
  set usershell = bash
20) esc
21) :wq
22) ./userconfig
    emacs -> vi
23) 
Do you want to continue (Y/n)? y
24) Edit .rhosts file now? (y/N) N
25) vi ~/.bashrc
26) :set nu
  line 55
  < 
ulimit -s unlimited
  ---
  > #ulimit -s unlimited
27) esc
28) :wq
29) source ~/.bashrc
30) cd $HOME
/WIEN2k_14/SRC_w2web/htdocs/session
31) change.cgi が壊れている場合は、Linuxで解凍したものに置き換える。
32) cd $HOME/WIEN2k_14/SRC_w2web/htdocs/exec
34) executor.pl が壊れている場合は、Linuxで解凍したものに置き換える。
35) ./w2web

http://www.isus.jp/article/fortran-special/sigsegv-or-sigbus-errors/
-------------------------------------------------------------------------------
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