地域密着型エリア広告配信リクルートの地域密着型広告ドコイク?アドネットワーク Ads by ドコイク?[無料でホームページを作成] [通報・削除依頼]
[無料でホームページを作成] [通報・削除依頼]

AMBER, GROMACS, NAMD

 (準備中)ここでは古典的な分子動力学法であるAMBER, GROMACS, NAMDのセットアップから基本的な計算までを解説する予定。
-------------------------------------------------------------------------------
■ Information
各種比較:
[1] http://blog.livedoor.jp/ag_plusplus/archives/67924399.html
[2] http://www.phonon.t.u-tokyo.ac.jp/publications/Kashika2013.pdf
[3] http://www.advancesoft.jp/topics/pdf/as_sim_magazine_v11.pdf
[4] http://www.hpc.co.jp/apply_chem.html
[5] http://www.csrp.riken.jp/2014/20140226_REIN_K%E8%B3%87%E6%96%99.pdf
書籍などの情報含む: http://tkkoba.blog.fc2.com/blog-category-1.html
名大: http://www2.itc.nagoya-u.ac.jp/center/ja/UserGuide.pdf
北大(並列化の情報もある):http://www.hucc.hokudai.ac.jp/iic-HPC/2013_28.pdf
各種価格
[1] http://www.fiatlux.co.jp/product/lifescience/bakusoku/bakusoku-index.html
ベンチマーク
[1] http://www.hpctech.co.jp/lib/wp-content/uploads/2013/05/20130527MDGPU.pdf
-------------------------------------------------------------------------------
■ AMBER (商用なのでこのHPでは取り扱わないことにした)
References
[1] 『すぐできる分子シミュレーションビギナーズマニュアル 』
[2] http://www2.rikkyo.ac.jp/web/tokiwa/menu/cps/md/md.html
[3] info.: http://www.conflex.co.jp/prod_amber.html
[4] info.: http://www.hpc.co.jp/amber.html
[5] info.: http://www.fiatlux.co.jp/product/lifescience/MFAMBER/MFamber-index.html]
[6] http://tsubame.gsic.titech.ac.jp/docs/guides/isv-apps/amber/pdf/Amber.pdf
[7] https://www.jstage.jst.go.jp/article/cicsj/24/5/24_5_162/_article/-char/ja/
-------------------------------------------------------------------------------
■ GROMACS (free)
References
Install
[1] win(install): http://winmostar.com/jp/gmx4wm_jp.html
[2] win: http://ibio.jp/index.php?Gromacs%A5%C1%A5%E5%A1%BC%A5%C8%A5%EA%A5%A2%A5%EB
[3] linux: http://bio-info.biz/tips/gromacs_install.html
[4] linux: http://www2.rikkyo.ac.jp/web/tokiwa/menu/cps/md/gromacs/gromacs.html
[5] intel(install): https://software.intel.com/en-us/articles/gromacs-for-intel-xeon-phi-coprocessor
[6] http://www.scls.riken.jp/scruise/software/gromacs.html
[7] http://www.imsbio.co.jp/md/1615/
[8] http://blog.livedoor.jp/ag_plusplus/archives/67928230.html
[9] http://tsubame.gsic.titech.ac.jp/node/164
[10] http://www.nersc.gov/users/software/applications/chemistry/gromacs/
[11] http://www.archer.ac.uk/documentation/software/gromacs/
[12] http://www.sk8tsoft.com/42/gromacs%E3%81%AE%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%A4%E3%83%AB/
[13] YouTube: https://www.youtube.com/watch?v=vOJsmtFeSGk , https://www.youtube.com/watch?v=BZNzYt_DUB0
[14] http://d.hatena.ne.jp/biochem_fan/20130806/1375789498
[15] http://www.sk8tsoft.com/492/gnu%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%A4%E3%83%A9%E3%82%92%E7%94%A8%E3%81%84%E3%81%A6gromacs4-6-x%E3%82%92%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%81%99%E3%82%8Bfedora/
[16] http://biokids.org/?GROMACS%2F%A5%A4%A5%F3%A5%B9%A5%C8%A1%BC%A5%EB (色々な情報がある)
Running
[1] https://staff.aist.go.jp/makoto-yoneya/funcPhysChem/MDflow.html
[2] http://www.arc.ox.ac.uk/content/running-gromacs
[3] https://umbc.rnet.missouri.edu/resources/How2RunGROMACS.html
GUI
[1] GISP: http://www.ueda-lab.ynu.ac.jp/software.html
-------------------------------------------------------------------------------
■ NAMD (free)
References
Install
[1] http://www2.rikkyo.ac.jp/web/tokiwa/menu/cps/md/namd/namd.html
[2] http://ywtao.pancakeapps.com/How-To-Compile-NAMD-MPI-Version.md
Running
[1] http://dna.engr.latech.edu/~bishop/Teaching/LASiGMA-MD/Docs-and-Man/NAMD-intro.pdf
[2] MIT: http://web.mit.edu/vmd_v1.9.1/namd-tutorial-unix.pdf
-------------------------------------------------------------------------------
■ Molby
[1] http://molby.sourceforge.jp/doc/ja/index.html
-------------------------------------------------------------------------------
■ MOE (分子モデリングパッケージ)
-------------------------------------------------------------------------------
■ Maestro (分子モデリングパッケージ)
-------------------------------------------------------------------------------

 
QRコード
携帯用QRコード
アクセス数
ページビュー数