分子動力学法

 以下には、セットアップが容易で入力ファイルの作成が容易な分子動力学コードから解説を進めていく。
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■ Windows OSの場合

□ Phase : http://www.ciss.iis.u-tokyo.ac.jp/dl/ 
Phase_v900.tar.gzを解凍するとwbinの中に実行ファイルがある。
マニュアルはdocとtoolsにある。
CISSPHASE-Viewer_v320_win.zipを解凍し、マニュアルに従えば良い。

□ TINKER :
Force Filed Explorer (GUI) : http://dasher.wustl.edu/ffe/
       Facioを用いれば計算が容易になる

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■ Linux OSの場合

□ Phase : http://www.ciss.iis.u-tokyo.ac.jp/dl/ 
結晶構造が空間群P1以外の物質は、TSPACEのHPにあるgenerator.tableを参考にして入力ファイルを作成して下さい。CISSPHASE-Viewerが利用可能なので、VESTAを用いてcifファイルを作ると良い。スーパーセルの作成で、空間群の設定に迷ったらP1とするとよい。
TSPACE : http://www.cmp.sanken.osaka-u.ac.jp/~yanase/ 
VESTA : http://www.geocities.jp/kmo_mma/crystal/jp/vesta.html 

□ PWscf : http://www.quantum-espresso.org/

□ CPMD : http://www.cpmd.org/ 

□ TINKER : 
Force Filed Explorer (GUI) : http://dasher.wustl.edu/ffe/

□ Gromacs : http://www.gromacs.org/ 
実践・液晶の分子シミュレーション:
http://staff.aist.go.jp/makoto-yoneya/MDforEKISHO/
GUI : http://resal.wordpress.com/gromacs-gui/ 
http://staff.aist.go.jp/makoto-yoneya/funcPhysChem/MDwork.html
http://www.youtube.com/watch?v=WizyCRDN0B0
http://www.emolec.com/training3.html

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出力結果ではVMDなどがお勧めとなる
VMD : http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
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下記のHPも参考になる(GAMESS)
https://sites.google.com/site/beiwangluzhendongwunonetazhang/gamess-dao-ru-shi-yong-fa-guan-lian
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